Após matar Shang Tsung em Mortal Kombat, Kung Lao deve aprender que a vitória não é o fim, mas somente o começo. Depois de escapar da execução, Kung Lao corre com Siro e Taja para salvar o seu amor de um novo inimigo mortal: The Scorpion.

Kung Lao e seus amigos acham-se atacados pelos Lin Kuei e o guerreiro mais poderoso deles, conhecido como Sub-Zero.

Siro e Taja estão rapidamente descobrindo uma nova aliança.

Kung Lao conhece a misteriosa Princesa Kitana de Edenia, que vai para Earth Realm na procura de uma essência.

Siro e Taja conhecem um ser chamado Kiri, que diz sobre uma cidade subterrânea com um brilho guardado por dois guerreiros poderosos. Kiri diz que eles se fortalecerão se eles destruírem esses guardas, mas ela espera realmente que eles soltem Noob Saibot para matar Kung Lao.

O Black Dragon (Dragão Negro), uma organização do submundo, tem aparecido em Zhu Zin. Eles reivindicam a posse do posto de troca e demandam para Kung Lao, Siro e Taja saírem. Enquanto eles resistem ao Black Dragon, Jola fez um acordo com Shang Tsung de poder e vingança.

Taja é puxada para um portal por Shang Tsung. Kung Lao e Siro têm que salvá-la, mesmo que isso signifique entrar em uma emboscada.

Quan Chi envia um trio de mulheres para infectar Kung Lao, Taja e Siro com uma poção. A poção afeta os três e os deixa imobilizados. Com os três ficando fora de controle, Rayden tem que encontrar uma maneira de quebrar esse feitiço, antes que seja tarde demais.

Shang Tsung faz uma improvável aliança com Quan Chi para derrotar Kung Lao. Eles atraem Kung Lao para um reino com tudo o que ele poderia querer. Mas é tudo uma armadilha elaborada por Shang Tsung para capturá-lo e deixar o reino da Terra indefeso.

Um antigo amor do passado de Siro, Ana, transforma-se em Zhu Zin em busca de sua ajuda. Siro está relutante em ajudar até que Scorpion usa uma magia para fazer Cassar virar um de seus guerreiros.

Kung Lao é gravemente ferido em uma briga com Rain. Com ele praticamente indefeso, Shao Kahn envia Mileena disfarçada de Princesa Kitana para acabar com o enfraquecimento de Kung Lao.

Um guerreiro chamado Tomas chega, dizendo que ele quer se juntar a Kung Lao em defesa do reino da terra. Tudo parece bem, até que Tomas mata uma garçonete.

Um circo itinerante chega em Zhu Zin com Qali entre ele. Kung Lao, Siro e Taja suspeitam que algo está errado e eles estão certos. O circo acaba por ser uma forma de Quan Chi levantar um exército.

Shao Kahn manda Sub-Zero e Scorpion para destruir Kung Lao.

A Imperatriz Kreeya chega à Terra para construir um exército. Seu alvo é Outworld. Vorpax, revelou estar trabalhando para Kreeya, convida Kung Lao, Siro e Taja a se juntarem a eles.

Há muito tempo atrás, Mestre Cho foi traído por Shang Tsung para que ele pudesse lutar por Shao Kahn. Agora, com Shang Tsung na Terra, Mestre Cho tem a intenção de acertar o placar.

A rainha Kreeya busca uma aliança com os Suarianos, incluindo Reptile, com quem planeja acasalar, a fim de expandir seu exército, destruir Shao Kahn e reivindicar Outworld como seu.

Shao Kahn pede para Quan Chi encontrar os desaparecidos de Shang Tsung e devolvê-los para as minas de cobalto.

Como Shao Kahn está furiosamente em busca de seu traidor, o equilíbrio do poder está mudando rapidamente e colocando todos na Terra e em Outworld em perigo.

Quando um velho amigo de Taja, Dion, de repente aparece, Kung Lao e seus amigos estão na busca de uma cidade misteriosa que detém um segredo mortal.

Shao Kahn desencadeia sua fúria contra todos os seus inimigos, reais ou imaginários, e Raiden é o único que pode detê-lo.