Três meses após Gul Dukat matar Jadzia Dax e fechar o buraco de minhoca, a vida na Deep Space Nine não é a mesma.

Sisko conhece Ezri, a nova hospedeira do simbionte Dax, antes de viajar da Terra para o planeta Tyree com seu pai e seu filho.

Além de lidar com lembranças das “vidas passadas”, Ezri Dax precisa contornar as diversas reações que sua presença causa.

A nave do Capitão Solok, do planeta Vulcano, é levada à Deep Space Nine para passar por reparos após combates.

Um grupo de humanos geneticamente modificados que estava aos cuidados de Bashir foge.

Odo é atraído para um encontro com Weyoun, o líder vorta do Dominion.

Worf é surpreendido pela visita de Kor, um klingon herói de guerra que admite ter ganhado muitos inimigos por ser ambicioso.

Sisko encontra a Frota Estelar dizimada durante a ocupação do maior posto de comunicação do Dominion no setor.

Um visitante inesperado entrega a Kira um cristal que a transporta a Empok Nor.

Após perder a perna em batalha, Nog volta à estação espacial para se recuperar. Mesmo com toda atenção da tripulação, ele ainda sofre com a perda.

Sisko fica furioso ao saber que O’Brien desapareceu em uma viagem secreta a Nova Sydney.

O Grande Nagus Zek, líder do Império Ferengi e namorado da mãe de Quark e Rom, desaparece em uma viagem a negócios ao Universo Espelho.

As investigações da morte de um jovem tenente revelam que o tiro saiu de uma arma desenvolvida pela Frota Estelar.

Ao voltar de uma conferência, Odo acaba trazendo consigo um transmorfo que o seguiu sorrateiramente.

Em um momento de relaxamento, O’Brien e Bashir se surpreendem com a chegada do mafioso Frankie Eyes.

Dr. Bashir recebe a visita de Sloan, líder da Seção 31, um grupo secreto extremista e não reconhecido pela Inteligência da Frota Estelar.

Quando Sisko revela que comprou terras em Bajor, a estação recebe a notícia de que Worf desapareceu após uma violenta batalha.

Kai Winn chega à estação para “ajudar” Sisko com o casamento, mas ele admite que os Profetas o alertaram de que o futuro não reservava boas coisas.

Worf e Ezri são pegos a bordo de uma nave Jem’Hadar, palco de um possível acordo de paz.

O alívio do retorno seguro de Worf e Ezri dura pouco com notícias de que os Breen atacaram o Quartel-General da Frota Estelar na Terra.

Para ajudar o movimento rebelde de Damar contra o Dominion, Sisko pede que Kira treine o grupo, deixando de lado a antipatia que ela tem pelo cardassiano.

Enquanto Kira analisa os planos táticos com os líderes da Resistência Cardassiana, Odo volta de uma missão enfraquecido por uma doença que está dizimando sua raça.

Quando Kira traz Odo de volta à estação para tratar sua doença já em estágio terminal, ele pede que ela o abandone para ajudar a Resistência Cardassiana.

Sisko assume o comando de uma nova nave batizada em homenagem à Defiant. Kira, Garak e Damar escapam por um triz de uma emboscada que o Dominion armou em Cardássia.

Com Sisko no comando, a Defiant passa a integrar a frota Federação-Klingon-Romulana no início da invasão de Cardássia.