O público agora está totalmente ciente da existência do clã Manhattan. Bluestone tenta acalmar o público, enquanto Xanatos esconde o clã. MacBeth vai à televisão para convencer a todos que as gárgulas não são mais perigosas do que os humanos e são igualmente inteligentes. O ex-caçador, John Castaway, aproveita o medo e a confusão das pessoas, criando um grupo anti-Gárgula chamado Quarrymen. Seu objetivo é erradicar toda e qualquer gárgula.

Alex Xanatos é sequestrado, incitando a ira de Xanatos e Lexington; o resgate é uma gárgula. Xanatos se recusa a ceder à demanda, pois isso mostrará a seus inimigos que ele pode ser manipulado; em vez disso, ele concentra todos os seus recursos em encontrar seu filho. Lexington rastreia o culpado, mas acaba preso em uma armadilha e para ser usado no discurso do candidato a prefeito Doyle ao público. Depois de escapar, Lexington salva Alex e o leva de volta para casa para Fox e Xanatos. O episódio termina com Lexingon se transformando em pedra enquanto embalava Alex; Alex deu um beijo na bochecha de Lexington.

Depois de uma acalorada discussão com Golias, Brooklyn foge do castelo e faz amizade com dois adolescentes fugitivos . Por meio de uma série de eventos, Brooklyn percebe que Golias estava apenas cuidando dele e tentando mostrar a ele como ser responsável, e os fugitivos se reencontram com seus pais.

Vendo que as gárgulas precisam de uma maneira de melhorar sua imagem para diminuir a preocupação do público com elas, Fox ajuda a Broadway a ir a Hollywood para uma entrevista na TV. Infelizmente, os Quarrymen contrataram alguns rostos antigos para garantir que eles falhem: Hyena e Jackal estão de volta! Eles amarram um jetpack e um laser de pulso na Broadway, na esperança de filmar a destruição que se seguiu para afastar ainda mais a opinião pública de aceitar gárgulas. No entanto, Fox o salva usando uma armadura de Hunter. De volta a Manhattan, a Broadway se reconcilia com Angela por ser tão egoísta.

Bronx torna-se amigo de um garoto Amish fugitivo enquanto ele e Lexington estão longe da cidade.

Hudson tem tido um pesadelo recorrente sobre quando o Arquimago cegou seu olho esquerdo, chegando à conclusão de que seu outro olho está ficando cego; Hudson está sofrendo de glaucoma . Visitando seu amigo cego Jeffery Robbins, Hudson descobre que Jeffery descobriu que ele era uma gárgula por causa de suas visitas noturnas e da recusa em apertar as mãos. Com o incentivo de Jeffrey, Hudson é apresentado ao optometrista de seu amigo, que revela que a visão de Hudson pode ser salva com alguma cirurgia e medicação. A cirurgia é bem-sucedida, mas os pedreiros descobrem a localização de Hudson e atacam o hospital. Embora aconselhado a fugir porque ele ainda não pode usar o olho, Hudson protesta, pois é o dever de uma gárgula proteger os outros. Com a ajuda de Jeffery, Hudson consegue montar armadilhas para os Quarrymen, que os deixam derrotados.

Depois de frustrar um roubo, Golias é injustamente acusado de ser um dos perpetradores e preso. Embora o resto do clã de Manhattan deseje tirá-lo da prisão, Golias explica que obedecer às leis humanas ajudará os humanos a temê-lo menos. Devido à natureza noturna de Golias, o julgamento é realizado à noite; Golias aponta várias falhas com as evidências que supostamente o designam como o culpado. Mais tarde, ele engana o verdadeiro culpado do roubo, fazendo-o revelar sua culpa, obtendo seu perdão e mostrando aos humanos que está disposto a cumprir suas leis e não recorrer à violência.

Thailog e seus clones de Gargoyle estão morrendo por petrificação lenta, devido a algum tipo de falha em seu DNA. Um simpático clã de Manhattan procura o Dr. Sevarius para ajudá-los. Embora Sevarius pegue amostras de DNA do clã para ajudar a curar os clones, ele acaba usando para dar vida a uma nova gárgula, que ele chama de Lil 'Anton. Thailog, tendo originalmente feito um acordo com Servarius para deixar o cientista em paz em troca de uma cura, dá o falso soro para Golias, que o usa em Lil 'Anton, petrificando-o. Infelizmente, todo o clã clone petrifica, com Servarius fugindo enquanto o clã Manhattan só pode esperar restaurar os clones um dia.

Depois de se desentender com Golias, Angela se refugia com sua mãe afastada, Demona. Demona mostra a Angela sua vida, como vários esconderijos secretos com dispositivos e armas de alta tecnologia nurmerous, em uma tentativa de tentar conquistar sua filha para seu lado.

Golias desperta em um universo alternativo onde é humano, casado com Elisa e filhos, e trabalha para Xanatos. As coisas estão realmente muito piores para o Clã de Manhattan; eles nunca conheceram Elisa ou Matt, deixando-os assim desconfiados de humanos. Xanatos também ainda é um vilão, pois todas as suas conspirações contra o Clã de Manhattan o levaram a encontrar Fox e encerrar a rivalidade. Golias é então revelado por ter vivido em um mundo de sonhos criado por Titânia. Ela revela que, embora às vezes ele duvide de si mesmo, Golias está fazendo um grande bem à custa dos desejos pessoais.

Os Illuminati capturam o Clã de Manhattan. Sabendo da grande força de Golias, eles decidem usá-lo como bode expiatório para matar um político cuja agenda ameaça desestabilizar a parte inferior de sua organização. Colocando um chip na cabeça de Golias, os Illuminati o levam a pensar que o clã foi exterminado e o alvo é o culpado. No entanto, o resto do Clã de Manhattan foge, revelando o ardil. Golias supera e destrói o chip. O político agradecido vê que as gárgulas não são tão diferentes das pessoas.

Proteu, o vilão do Novo Olimpo, foge do cativeiro e segue para Nova York para causar problemas para o clã e Elisa. Assumindo a forma de Golias, ele comete muitos crimes. Quando contestado por (seu carcereiro do Novo Olimpo) Touro, Elisa e Golias, Proteu assume a forma de Elisa para causar confusão. No entanto, Golias facilmente engana Proteu para se revelar perguntando se Elisa alguma vez duvidou de sua inocência; Proteu respondeu "não", o que é o contrário do que diria Elisa. Capturado, Proteus é levado de volta ao Novo Olimpo por Taurus. Elisa diz a Golias que foi bastante cruel da parte dele fazer essa pergunta.

O clã é atraído para uma armadilha por John Castaway e os Quarrymen, onde acredita-se que todos, exceto Angela e Bronx, foram mortos em uma explosão. Felizmente, é revelado que Xanatos salvou o Clã de Manhattan ao prever o plano de John e subornar o construtor da armadilha para construir uma armadilha secundária para salvá-los, embora permaneçam escondidos. Capturados, Ângela e Bronx são enviados em um trem para serem colocados em cativeiro adequado. No entanto, os Quarrymen atacam o trem, acelerando-o e planejando enviá-lo e os passageiros a bordo por uma ponte agora destruída. O público agora vê que os Quarrymen estão loucos e ficam ainda mais chocados quando o Clã de Manhattan salva o trem e captura os Quarrymen. O episódio chega ao fim com Golias repetindo a narração da 2ª temporada, mas termina com a forma como seu clã é agora aceito pelo mundo. Este foi o último episódio da série em formato animado.