Kara volta misteriosamente à Galactica, dizendo que achou o caminho para a Terra, mas ninguém acredita nela; suspeita-se que é uma cylon. Durante o ataque cylon, um raider visualiza Anders dentro do cockpit de seu viper e o ataque é cancelado para surpresa de todos. Os 5 finais não sabem o que fazer, acreditam que sua programação pode ser ativada a qualquer momento e que eles podem atentar contra a nave. Kara, em vão, tenta convencer o comandante a voltar à nebulosa para que ela "sinta" o caminho da Terra novamente; com a recusa dele, Kara acredita que sua única alternativa é matar Roslin.

Os Cylons entendem que os outros Cinco estão na frota Colonial. Alguns Cylons querem que o modelo Cavil pare de lobotomizar os Raiders. Starbuck tenta desesperadamente convencer os demais de que a Frota está no caminho errado para a Terra.

Kara Thrace segue o seu próprio caminho em busca da Terra enquanto os Cylons enfrentam a ameaça dos Centurions. Um membro da tripulação de Galactica descobre um terrível segredo sobre seu amado.

Gaius Baltar inicia um debate pela liberdade religiosa enquanto promove a sua crença em um Deus único.

O especialista Tyrol entra em depressão após sua recente perda. Ele fica curioso acerca dos sermões de Gaius Baltar e seus seguidores. A tripulação de Demetrius fica preocupada com a estabilidade mental de Kara e um velho inimigo retorna com uma oferta tentadora.

A Presidente Roslin e Kara Thrace tentam aceitar os novos termos da relação com os Cylons.

A Presidente Roslin encara o desafio de um plano para destruir o Centro de Ressurreição junto com os aliados Cylon.

Adama manda prender Athena e parte em uma busca pela nave-base onde estava Laura. Um raptor é encontrado e com ele também uma nave cylon, destruí­da. Adama não aceita a perda da Presidente e pela primeira vez confessa seu amor por ela. Com a perda de grande parte dos pilotos de combate, que estavam na nave base, Adama coloca Tigh no comando e parte com um raptor em uma busca solitária pela tripulação humana perdida. Ao mesmo tempo, Lee se torna presidente das colônias, pois os militares não aceitam Tom Zarek. A cylon presa a bordo, Seis, está grávida de Tigh, que é um dos cinco cylons finais. Romo Lampkin reaparece e se torna conselheiro de Lee, após colocar à prova sua determinação.

A nave base ataca o centro de ressurreição cylon e o destrói, humanos e cylons colaboram ainda que forçados. A Número Três é reativada, mas só revelará os cinco cylons finais quando estiver a salvo na Galactica. Laura descobre que Baltar entregou os códigos que levaram a raça humana ao quase extermínio e tenta matá-lo, mas uma crise de culpa a faz mudar de ideia. Ela tem visões nas quais se acha culpada por seu temperamento rigoroso e sua conduta ao longo da fuga, sempre optando pela sobrevivência a qualquer custo, mesmo sacrificando valores éticos. Hello descobre que a Número Oito da nave cylon possui as memórias de Athena e forma um laço afetivo com ela, sentindo pesar quando é obrigado a entregar a Três para a Presidente em vez de para os cylons, contrariando o plano estabelecido em acordo. Baltar é ferido no ataque e delira sob efeito da morfina, finalmente admitindo sua traição e revelando que se sente perdoado. Isso talvez explique o desaparecimento da Seis fantasma, ela poderia ser uma projeção da culpa subconsciente de Baltar. Todos atingem a salvo o ponto de encontro, onde Adama espera solitário. Aparentemente os cylons não podem mais ressuscitar, isso os obriga a ver a vida e a morte de outro modo.

A Número Três finalmente identifica os cinco cylons finais, ou melhor, dá margem para que eles mesmos se entreguem ao seu povo. Ela faz da tripulação humana da Galactica refém até que os cinco se entreguem, mas Tigh decide se entregar a Adama, que fica desconcertado e sem ação. Lee prende todos os quatro que estão na frota (pois ainda falta o Ultimo Cylon) e barganha com os cylon pelos reféns. Antes desse evento, os quatro ouvem novamente a música que os ativara e sentem que o viper de Kara é a chave para a Terra. Kara examina a nave e descobre que ela está captando um sinal vindo da Terra. Ela chega a tempo de impedir que Lee execute Tigh em cumprimento da ameaça aos cylons. Reunindo-se com a Três, Lee consegue um armistício, os quatro finais e os reféns são liberados e todos partem juntos para a Terra. Em cenas emocionantes, humanos e cylons chegam à Terra. Eles descem à superfície do planeta, mas uma terrível surpresa os espera: não há pessoas vivas, só se vê uma paisagem desolada de uma civilização destruída.

A frota encontra a Terra, mas o planeta está devastado por uma hecatombe nuclear. São encontrados ossos de cylons, o que leva a crer que a décima terceira tribo era formada de cylons e não de humanos. Kara descobre uma nave igual à sua, destruída e com um corpo carbonizado. Através de um medalhão, ela percebe que o corpo é seu, ou seja, ela morreu no episódio em que entra no vórtex e de alguma forma renasceu em outro corpo. Os quatro cylons da frota lembram vidas passadas no planeta que supostamente é a Terra. Eles viviam ali há 2.000 anos e também renasceram entre os humanos. O clima de desespero é total, ocorrem muitas brigas na Galactica e Dee se suicida. Mas eles decidem ir adiante e procurar outro mundo habitável, embora ainda sejam perseguidos pelas forças Cylons. Tigh volta a ser o XO da nave e descobre, ao lembrar sua vida anterior na Terra, que fora casado com Ellen. Lembra-se também de que ela prometeu que eles renasceriam e viveriam juntos outra vez, o que o leva a pensar que ela é o último cylon, ainda não revelado.

A frota fica tomada por um clima de desesperança e revolta contra os cylons. Zarek aproveita para liderar uma insurreição contra Adama e tomar o controle da frota. Laura não se importa com a situação política, ela só quer aproveitar os últimos dias de vida. Até mesmo Baltar muda sua pregação e profere ofensas contra Deus por tê-los abandonado. Sem a tecnologia cylon, que permite saltos FTL maiores, será difícil achar um planeta habitável; isso cria um impasse entre quem quer os cylons como aliados permanentes e quem os rejeita por completo, favorecendo o golpe de Estado encabeçado por Zarek, que conta com o apoio de Gaeta.

Explode a insurreição na Galactica. Gaeta liberta Zarek e lidera o motim. Os cylons a bordo, inclusive Anders, são presos. Um falso alarme de incêndio é usado para cortar as comunicações e permitir a organização da força rebelde. Adama é surpreendido na ponte de comando e aprisionado, mas consegue fugir. Gaeta assume como comandante na ponte. Laura tenta falar com a frota por meio da rádio-pirata de Baltar, mas o som é cortado a tempo. Lee e Kara conseguem se desvencilhar dos soldados e unem forças para ajudar Laura e Baltar a escapar da nave, rumo à nave base Cylon. Eles conseguem fugir graças a Tyrol, que tinha restaurado um hangar abandonado, mas Adama e Tigh não os acompanham, eles se mantêm no hangar de que o raptor decolou para evitar a invasão dos soldados amotinados, dispostos a sacrificar a vida.

Adama e Tigh são capturados e Gaeta submete o Almirante a um julgamento improvisado, ordenando logo sua execução. Laura está a bordo da nave base e ameaça destruir a Galactica, ao mesmo tempo em que consegue enviar transmissões de rádio com apelos à lealdade da frota. Zarek manda matar todo o Quórum dos Doze. Kara leva Anders, que foi ferido no resgate dos prisioneiros, para a enfermaria, enquanto Lee e os demais salvam Adama na hora do fuzilamento. Juntos, eles conseguem retomar o comando da Galactica. Gaeta e Zarek são executados. Tyrol descobre uma fratura no casco da nave.

O casco da Galactica está com fendas em vários pontos e Tyrol diz a Adama que só uma resina orgânica dos cylons pode cimentar e fortalecer a estrutura. Adama reluta, mas por fim concorda. Enquanto isso, fica-se sabendo que Ellen é o último cylon. Doze meses antes, logo após a fuga de New Caprica, ela havia renascido em uma nave base e lembrara todo o seu passado. Ela e os outros quatro fizeram os cylons humanoides quando encontraram os centuriões em guerra com os humanos, sob a promessa de acabar a guerra. Depois Cavil lançou novo ataque contra a humanidade e capturou seus criadores, reprogramando suas memórias e os enviando para a frota da Galactica, a fim de testemunharem as perversidades humanas pós-holocausto. Aparentemente esse era o plano cylon. Anders se recobra do ferimento e revela que lembrou todo o seu passado. Os cinco cylons viviam na Terra e planejaram sua fuga após o ataque nuclear. Eles renasceram em uma nave orbital e rumaram para as colônias, a fim de prevenirem os humanos de que escravizar os centuriões só perpetuaria o ciclo de violência. Como viajaram em velocidade subluz, levaram dois mil anos para chegar, mas o tempo passou mais devagar para eles e a guerra já havia começado quando da sua chegada. Eles encontraram os centuriões tentando fazer os híbridos e concordaram em criar os outros sete modelos humanoides com a condição de que a guerra parasse. Ellen consegue escapar da nave base com a ajuda de Boomer e ruma para a Galactica. Cavil queria que ela recriasse a tecnologia da ressurreição, mas ela se recusou, então ele pretendia examinar seu cérebro para descobrir as respostas.

Ellen chega à Galactica e deseja encontrar os outros cylons. Eles se reúnem e votam por abandonar a frota e seguir seu caminho com a possibilidade de gerar filhos e perpetuar sua espécie. No entanto, Caprica Seis aborta e novamente a única esperança de sobrevivência está nos híbridos como Hera. A resina cylon é infiltrada nas fendas da nave e isso cria nos cylons um sentimento de que a Galactica agora é um híbrido, no final do episódio eles são vistos colocando fotos dos seus mortos durante a guerra numa parede da nave, exatamente como os humanos vieram fazendo com seus mortos. Baltar convence suas seguidoras a dividir os alimentos da irmandade com todos os famintos da frota, mas os seguidores de Ares os assaltam e levam a comida. Então Baltar, influenciado pela Seis fantasma, convence Adama a fornecer armas ao grupo religioso, com o argumento de que o comandante logo perderá o controle se não houver uma milícia para manter a ordem.

Boomer é presa por ordem de Adama, mas consegue fugir com ajuda de Tyrol, que continua apaixonado por ela. Ele a ajuda a fugir em um raptor, sem saber que ela estava levando Hera consigo, provavelmente para dar a Cavil um elemento de barganha para recuperar os cinco cylons e com eles a tecnologia de ressurreição. Aparentemente seu retorno à Galactica era um plano para raptar a criança híbrida. Kara encontra um pianista no bar da Galactica e, com seu incentivo, ele a ajuda lembra uma música que costumava tocar com seu pai. Ao tocar essa música, ela atrai a atenção dos cinco cylons, que a reconhecem como a música que os ativou no fim da terceira temporada. Kara percebe que o pianista era na verdade a visão de seu pai e que a partitura tinha ligação inexplicável com um desenho que Hera lhe dera. Ao fugir da Galactica, Boomer provoca uma explosão no casco da nave, que coloca em risco as vidas de todos. Laura sente de algum modo a perda de Hera e cai no chão, possivelmente morta.

A Galactica está seriamente avariada e Adama ordena que a tripulação a abandone após um acidente na tentativa de reconstruir a parte estilhaçada na fuga de Boomer. Kara dá a Baltar uma amostra do tecido do seu suposto cadáver achado na Terra. Baltar examina o tecido e conclui que Kara realmente ressuscitou e que não é cylon. Ele a usa como exemplo em um discurso religioso que exorta as pessoas a crer na imortalidade da vida. Boomer leva Hera à colônia cylon que está na superfí­cie de um planeta ou asteroide. Anders é conectado a um equipamento semelhante ao do híbrido da nave base e, utilizando-se da resina que se espalhou pela Galactica e que possui fibras neurais, consegue controlar a nave como os hí­bridos fazem. Entretanto, ele ainda não recuperou sua consciência normal.

O episódio final começa com flashbacks do passado recente de vários personagens, dessa forma, ficamos sabendo que Laura perdeu parentes em um acidente de carro e que Baltar tinha problemas com seu pai, por exemplo. Na Galactica, tempo atual, Adama decide partir em uma missão arriscada para salvar Hera. Os tripulantes são recrutados pela própria vontade, pois há risco de ser uma viagem só de ida. A colônia cylon é descoberta em torno de um buraco negro, o que torna a missão ainda mais arriscada. Cavil pretende usar Hera em um experimento para garantir a sobrevivência da raça cylon.

Adama lidera uma missão heróica para libertar Hera. A Galactica literalmente invade a colônia cylon e os soldados humanos lutam ao lado dos centuriões da navebace rebelde, enquanto os vipers combatem os raiders. Os cinco cylons começam a partilhar suas memórias a fim de darem a tecnologia aos outros sete cylons, mas isso leva Tyrol a descobrir que sua esposa foi assassinada por Tori. Enfurecido, ele interrompe o processo e mata Tori. Isso faz os cylons se alarmarem e recomeça o tiroteio. Em meio à confusão, um dos raptors, cujos tripulantes estavam mortos, lança por acidente mísseis nucleares e a colônia é destruída.