Quando Usagi e suas amigas começam o Ensino Médio, uma força misteriosa liberta Nehellenia de seu espelho, incentivando-a a se vingar delas.

Enquanto a Rainha Nehellenia continua a exercer sua influência maligna sobre a Terra, Hotaru, que está crescendo rapidamente, desperta como Sailor Saturn.

Em Tóquio, todos, incluindo Mamoru, ficam fascinados pelos espelhos. Usagi se lembra de uma sombra que viu no espelho de Mamoru e sparte com as outras Sailor Guardiãs para encontrá-la.

Sailor Moon fica devastada ao ver Mamoru ser sequestrado bem diante de seus olhos. Para piorar a situação, as ações de Nehellenia começam a causar um paradoxo temporal, que ameaça acabar com a existência de Chibiusa.

Sailor Moon foge sozinha para salvar Mamoru de Nehellenia. As outras Sailor Guardiãs tentam ir atrás dela, mas uma a uma caem nas armadilhas de Nehellenia.

Sailor Chibi Moon e Sailor Saturn chegam ao palácio de Nehellenia, onde Mamoru está sendo mantido prisioneiro. Mas, apesar de seus melhores esforços, as duas Guardiãs não conseguem libertá-lo, e Sailor Chibi Moon desaparece da existência.

Mamoru diz para Usagi que aceitou uma oferta para estudar nos Estados Unidos, o que os obrigará a ter um relacionamento à distância. Triste a princípio, Usagi acaba decidindo torcer pelo sonho do namorado e se despede dele com um sorriso.

Minako está perto de realizar seu sonho de infância de se tornar uma idol após chegar à rodada final das audições em um concurso de talentos. Mas Minako agora está pensando em recusar a oferta, pois não pode ignorar seu dever como uma Sailor Guardiã.

Usagi e suas amigas estão ocupadas por conta dos preparativos para o Festival Escolar. Enquanto isso, Sailor Lead Crow encontra uma anotação escrita pela Aluminum Siren, sua amiga falecida, na qual possui informações sobre a verdadeira identidade de Sailor Moon.

A Princesa Kakyuu, na qual as Starlights estavam procurando, aparece diante das Sailor Guardiãs e explica que veio a Terra em busca da Luz da Esperança.

Usagi finalmente confessa a Rei que ela não foi capaz de manter contato com o Mamoru nos últimos meses. Enquanto isso, os Three Lights anunciam em público sua intenção em separar o grupo.

A Princesa Kakyuu foi derrotada por Galaxia e desaparece. Devastadas, as Sailor Starlights decidem ir atrás de Ga iniciamlaxia para se vingar da princesa caída, enquanto Sailor Moon e suas guardiãs se preparam para a batalha final para salvar a galáxia, porém Ami, Rei, Makoto e Minako são derrotadas por Sailor Galaxia.

Sailor Mars, Mercury, Jupiter e Venus perderam suas Star Seeds após proteger Sailor Moon e as Starlights do ataque de Galaxia. As outras Guardiãs deciem confiar Sailor Moon às Starlights enquanto tentam deter Galaxia.

Uranus e Neptune se voltaram contra as Sailor Guardiãs jurando lealdade a Galaxia. Apesar do apelo desesperado de Sailor Moon, elas continuam seu ataque, forçando Sailor Moon e as Star Lights a recuar.

Galaxia se revela como a Lendária Sailor Guardiã que selou o Chaos há muito tempo. No entanto, ela se corrompeu e pretende conquistar toda a galáxia.

No último episódio da série, a batalha final entre Sailor Moon e Chaos Galactica chega ao seu clímax. Depois de Chibi-Chibi restaurar a semente estelar de Eternal Sailor Moon, e se transformar na espada do destino, Usagi se recusa a matar a Sailor Galaxia ao acreditar que ela tem muita bondade no coração e decide usar seu poder para curar Galaxia e encerrar a "Guerra das Sailors" de uma vez por todas.