Um novo vilão chamado Mysterio surge e o Homem-Aranha terá que acabar com a "magia" dele.

Kraven, o Caçador está na cidade para caçar o Homem Aranha, mas, quando ele se funde ao sangue de um felino, o Homem Aranha terá que impedi-lo de destruir Nova York e matar o Cabeça de Teia. No final do episódio, Kraven aceita trabalhar para o Planejador Mestre.

No Natal, o Sexteto Sinistro se reconstitui com dois novos vilões: Mysterio e Kraven. Tudo que eles querem para o Natal é o Homem-Aranha morto. Enquanto isso, o Dr.Octopus tenta se livrar da sua identidade de vilão.

O Planejador Mestre rapta Gwen Stacy para forçar Capitão Stacy para conseguir o chip que da acesso a todos os computadores do mundo. Ao tentar impedi-lo, o Homem-Aranha descobre que o Planejador Mestre é na verdade o Dr.Octopus.

É volta as aulas e o Homem-Aranha terá que impedir mais uma vez o Homem-Areia de destruir um petroleiro. Enquanto isso, Eddie Brock tenta pegar o Simbionte de volta.

Venom está de volta e agora ele quer revelar a identidade do Homem-Aranha para toda a cidade de Nova York.

Venom consegue o que queria e agora o Homem-Aranha terá que destruí-lo de uma vez por todas.

O Cabeça de Martelo e uma nova vilã chamada Silver Sable disputam uma caixa com as chaves da cidade de Nova York, pois o Cabeça de Martelo quer que sejam do Rei do Crime, enquanto Silver Sable quer que sejam de seu pai, o Silverman. Ao mesmo tempo, o Homem-Aranha se une ao Rino para impedi-los.

O Homem-Aranha encontra um grupo de supervilões,. Enquanto isso, a vida de Peter Parker não está muito melhor.

O Cabeça de Martelo convoca uma reunião no Dia dos Namorados na tentativa de se tornar o novo Rei do Crime. Mas quando os outros vilões descobrem a verdade, começa uma guerra de gangues que o Homem-Aranha terá que impedir.

O irmão de Liz Allan acidentalmente se torna o Magma e, como não consegue controlar seus poderes, É forçado pelo Duende Verde a matar o Homem-Aranha e tenta destruí-lo, sem sucesso. Como parte dos planos do Duende Verde.

O Homem-Aranha é enviado a prisão para testar seu novo sistema de segurança, mas quando Rino e os outros vilões descobrem a presença do Homem-Aranha na prisão, eles vão tentar mata-lo a todo custo, tudo isso graças ao Duende Verde.

O Duende Verde está dominando a cidade e agora o Homem-Aranha terá que acabar com ele de uma vez por todas, enquanto Peter terá que decidir entre Gwen e Liz. No final, o Homem-Aranha descobre a verdadeira identidade do Duende Verde: Norman Osborn.