Toha Yamashi é discípulo e filho adotivo de Tetsuzan, representante do clã ninja Togakure. Para defender a localização de Pako, uma dádiva vinda dos céus considerada o tesouro do século, Toha deve enfrentar ninjas de todo o mundo e impedi-los de usar esse grande poder para o mal.

Toha é confrontado pelo poderoso Barão Owl, do Império dos Ninjas. Ele aprende a história da inscrição e descobre que sua missão é mais difícil do que pensava.

O ninja turco Haburamu do Império dos Ninjas surge à procura da Chama Verde, uma preciosa esmeralda roubada de um palácio na Turquia.

Toha flagra os Karasutengu assaltando uma joalheria. Durante a perseguição é emboscado por Kanin Chang Kung Fu, um velho ninja que usa feitiços para acabar com a valentia do adversário.

Manabu está muito chateado porque todos o protegem. Para se provar ele rouba a espada olímpica e tenta usá-la, mas a Família de Feiticeiros estava à espreita.

A família Yamashi começa a desconfiar de Reiha. Logo são atacados por Otonin Uhaya, o ninja do som.

Manabu se revolta quando aprende na escola que vários animais já foram extintos por causa dos humanos. Logo depois Juunin Makunba, um ninja criminoso e caçador de animais em extinção, atenta contra a vida de Tetsuzan.

A embaixatriz da república de Amel, Maira, é alvo de uma tentativa de assassinato por seu próprio tio, o ninja Abdad. Jiraiya e Emiha se juntam para defendê-la.

Rei Yagyu é sequestrada pela Família dos Feiticeiro e o resgate exigido é a inscrição que revela Pako. Ryu pede ajuda a Toha e os dois traçam um plano para resgatá-la.

Uma menina oferece uma estranha droga a Manabu e acaba deixando-o internado no hospital. Rei, Ryu e Toha investigam quem está por trás da venda desta droga e chegam a Kanin Dragon, um especialista em kung-fu.

A batalha de Jiraiya com o filho de Chang Kung Fu e Kanin Dragon continua. Reiha revela um misterioso poder cósmico.

Toha encontra Mimura, um ex-adversário de Tetsuzan e desertor dos ninjas Kaminin. Mimura está sendo perseguido pelo clã pois não quer cometer os crimes que os Kaminin praticam. Ele então pede ajuda à família Yamashi.

A família Yamashi vai a um festival na terra onde nasceu a lenda de Jiraiya, mas logo são atacados por Gyuma, um habilidoso ninja cambojano.

Varias explosões acontecem em diversas fábricas e indústrias do Japão. Bakunin Homem Míssil é acusado de ser o responsável, mas Tetsuzan sabe que não pode ser ele.

O ninja turco Haburamu encontra uma espada macabra em catacumbas na Turquia. Sem querer, ressuscita a ninja bruxa Luana que quer transformar o mundo em um mar de sangue.

A Unidade de Ninjas Especiais da Família dos Feiticeiros é criada para derrotar Jiraiya definitivamente. Eles são FIre, Water, Tree, Land e Stormin. Ao mesmo tempo Toha recebe do Dr. Smith uma versão mais moderna de seu carro, o Black Storm.

Toha e Manabu fazem uma viagem em busca da diabólica armadura Satã que corrompe o espírito do usuário. Tetsuzan teme que algum mal possa estar próximo.

A batalha contra Satã se torna mais intensa. Tetsuzan aparece para ajudar Jiraiya e Agnes. Dokusai é traído por Satã e também jura vingança.

Dokusai recruta Kenin Parchis, o mestre dos disfarces, justamente quando Tetsuzan está no exterior participando de um torneio. Logo depois um ganancioso corretor de imóveis contacta o dojo Togakure.

A Família de Feiticeiros vai ao oeste americano e põe a cabeça de Jiraiya a prêmio. O ninja pistoleiro Rainin Wild sai em busca dessa recompensa.

Os carros e postos de gasolina da cidade estão tendo seus tanques esvaziados por um estranho dardo chamado Ira da Lua. O responsável é Seinin Alan, um ninja sagrado, protetor da natureza, que está sendo enganado pela Família dos Feiticeiros.

Kei salva uma menina das valentonas da rua e assim faz uma nova amiga. A Família de Feiticeiros percebe uma chance de atingir Kei e planeja uma emboscada.

Os Tetsunin são uma terrível organização criminosa que planeja sequestrar Dr. Smith com a ajuda de Dokusai. Tetsunin Steel é o perigoso ninja metálico que lidera esta organização.

Toha, seus irmãos e Ryu desconfiam que os Feiticeiros estão planejando algo em um resort próximo. Logo descobrem um tesouro submarino e são atacados por Suinin Tubarão-mór.

Ninguém sabe o que acontece. Os animais de estimação do bairro inteiro estão desaparecendo. O responsável é ninguém menos que Makunba, o ninja caçador. Mas ele não havia sido derrotado?

O homem que esconde o segredo de uma antiga ruína: Shintarou Yasaka. Procurando seu paradeiro Jiraya e os demais são atacados pelos Yonma. Durante a batalha, Kei é envenenada e para salvá-la, chega o pesquisador Shintarou. Os dois serão capazes de escapas das mãos dos Yonma? Voltando a ser quem era, Oruha corre.

Diante de Touha, surge um novo inimigo e seu nome, estranhamente, é Jiraiya. Qual a verdadeira identidade dele? Qual o segredo escondido por trás disso? Vestindo a Jiraiya Suit ele avança sobre o indefeso Touha. Touha terá chance de vencê-lo?

Afinal, quem sou eu? A chave é o homem misterioso que aparece em Shinshu, no tempo de Togakushi. Quem é o Akunobou Sugitani que esconde-se em meio à montanha? O segredo sobre o surgumento de Jiraiya e o mistério da inscrição que envolve Touha revelam-se através da lança de Akunobou.

Estão de volta Homem Míssil, Wild e Barão Owl diante de Manabu que se anima no aprendizado afim de superar a real força de Jiraiya. Ao mesmo tempo, um sussurro demoníaco aproximasse do pequeno Manabu, que se torna vítima de uma cilada. Storm ressuscita para salvá-lo.

Um dia a família Yamaji recebe a visita de um estranho velho. Qual passado sombrio esconde-se por trás dos incidentes na cidade? Um discípulo se afasta do mundo dos ninjas e abandona seu espírito e tornando-se maligno. Preparado para morrer ele avança rumo a sua ultima batalha.

Surge a famosa espada de Nobutora, sentindo o seu cheiro Beni Lagarto e Parchis voltam a vida. Novamente uma mulher ninja e um grupo internacional de investigadores se envolvem em uma batalha. É uma terrível e magnífica luta. Afinal, em que mãos cairá Nobutora?

Surge a misteriosa sombra de uma mulher. Será ela humana ou um fantasma? Estranhos acontecimentos na pousada das estudantes colegiais são investigados por Touha e Kei. Diante deles surge um conhecido nevoeiro. Para as estudantes que se divertem na praia o terror aproxima-se sorrateiramente.

Chega um telegrama de desafio do Rainin Wild. Uma covarde armadilha é montada pelos Yonma e assim começa uma luta decisiva. No limite da batalha entre a arma e a espada qual será a condição imposta?

Uma misteriosa luz envolve a família Yamaji . Qual será o maior perigo de todos que o pote de herança prevê? E qual será o segredo da inscrição?

Surge o Deus Jirai, que se manifestou para defender Toha da família de Feitceiros que invocou o monstro gigante Yonma. Deus Jirai seria a entidade protetora de Jiraiya? Algo extraordinário está para acontecer! Lute Jiraiya!

Em um canto obscuro da cidade grande uma sombra negra move-se sorrateiramente. Jiraiya investiga incidentes que ocorreram segundo as previsões de um médium suspeito. Será que este médium tem alguma previsão para nosso ninja?

Jiraya procura respostas sobre o paradeiro do tesouro do século através das escrituras do Deus Jirai. Porém, Dokosai também está atrás do tesouro e Jiraya fará de tudo para protegê-lo. Go Jiraya!

A família de Feiticeiros mais uma vez tentar exterminar Jiraya e é resgatado por seus amigos. Morgana retorna e se reúne com Dokosai para encontrar Pako e destruir o Deus Jirai.

A academia de Jiraya não vai muito bem e surge uma nova academia de ninjas. A diretora da escola é Morgana e aprisiona todas as crianças reprovadas para entrar na escola. O que será que ela está tramando? Jiraya conseguirá salvar as crianças?

Uma desconhecida ninja do império procura Tetsuzan Yamashi e encontrar sua localização de Pako. Jiraya então ajuda a nisei a encontrar o local nas minas.

Uchūnin Dell-Star tem um sonho e percebe que nunca combaterá Jiraya sem sua antiga espada, Satã, porque ela é a única que pode derrotar a espada Olímpica. O caçador de espadas também está a sua procura. O que acontecerá? Jiraya conseguirá esconder a espada?

É o aniversário da morte da mãe dos Yamashi e Marabu fica sentido por não guardar nenhuma lembrança, porém ela aparece misteriosamente depois de 8 anos. Será que a mãe deles não morreu? Será que pode ser mais um plano da família dos feiticeiros?

Strowver, um antigo desafiante Tetsuzan reaparece para vingar a perda de seu braço arrancado pelo nisei. Toha fica cego pela força do ninja tirano e as forças malignas se unem para destruir Jiraya enquanto está fragilizado.

O Homem Míssil pede ajuda de Jiraya para proteger Tao, uma menina criada como filha do herói depois da Guerra no Vietnã, mas eles são surpreendidos pela família de feiticeiros que sequestra a menina e levam a foguete do Homem Míssil . Caindo em uma cilada, agora ele depende de Jiraya para salvar a si e Jiraya.

Morgana e Dokosai planejam um atentado para acabar com Jiraya e finalmente destruir o Deus Jirai. Para isso eles sequestram Kasumi e a usam para conseguirem o que querem. Oruha se vê obrigada a obedecer as forças do mal para salvar a irmã.

Uchūnin Dell-Star se une a família dos feiticeiros para torturar destruir Jiraya. Ele utiliza de um ninja aposentado para espalhar o boato de que Pako está com os Yamashi e coloca a população contra eles.

Manabu conhece uma menina filha do professor Takai que acredita que o Senhor do Mal se esconde na mina e apenas ele pode decifrar a escritura. A família de feiticeiros consegue a confiança do professor para encontrar o Deus Jirai e destruí-lo

O planeta Mãe das Trevas se aproxima da Terra e Uchūnin Dell-Star finalmente quer a sua vingança. O centro terremoto é na mina em que esconde o Deus Jirai, então a família Yamashi vai até lá para saber o que aconteceu e encontra Pako.

Para exterminar Pako, o planeta das trevas se aproxima da Terra pouco a pouco e, nesse exato momento na mina, inicia-se uma magnífica batalha entre jiraya e seu velho inimigo Dell-Star.

Dokosai e Jiraya travam uma batalha inesquecível contra as forças dos feiticeiros.