Quando Jaden chega atrasado para o exame de admissão para a Academia de Duelo, ele deve superar as expectativas para provar que ele merece entrar!

A classe de entrada é bem-vinda na Academia do Duelo, mas Jaden encontra uma recepção menos calorosa de Chazz quando ele é desafiado a um duelo de altas apostas!

Quando Syrus dá com o dormitório das meninas, ele a coloca si e Jaden sob o risco de serem expulsos, forçando Jaden a vencer um duelo para ganhar a liberdade.

No dia do teste na Academia do Duelo, o Dr. Crowler rouba uma nova remessa de cartas para que ele possa empilhar o baralho contra Jaden e constrangê-lo na frente de toda a escola!

Quando Jaden e a equipe se aproximam de um dormitório abandonado, eles encontram um misterioso duelista que afirma ter levado Alexis para o Reino das Sombras, e, a menos que Jaden o duele, ele vai mantê-la lá.

Jaden continua seu duelo com o misterioso Duelista Sombrio, lutando agora não apenas pela alma de Alexis, mas também por sua própria.

Tendo sido pegos por entrar no dormitório abandonado, Jaden e Syrus são sentenciados a um duelo por revezamento em que, se eles perderem, eles são expulsos. Portanto, para se preparar para a grande partida, eles decidem se enfrentar!

Syrus está planejando deixar a escola por causa do que seu irmão disse. Jaden sente pena dele e vai duelar contra o irmão de Syrus, Zane Truesdale – um duelista da Obelisk Blue e o melhor da escola. No entanto, o poderoso deck Cyber Dragon de Zane se mostra forte demais para Jaden, e ele perde o duelo. Apesar da derrota, Jaden mantém uma atitude positiva e diz que se divertiu duelando, o que também faz Syrus se sentir melhor.

O pai de Chumley acredita que ele é um duelista fraco por causa de suas notas e quer que ele deixe a Duel Academy para ajudar a administrar o negócio da família. Jaden e Syrus não querem que seu amigo vá embora, então o pai de Chumley faz um acordo com ele: se Chumley conseguir derrotá-lo em um duelo, poderá permanecer na Academia. Chumley perde, mas seu pai reconhece seu grande espírito e, com orgulho, permite que ele fique de qualquer forma.

Chegou o dia do duelo em dupla de Jaden e Syrus. Eles vão enfrentar duelistas profissionais em dupla, os Irmãos Paradox. O duelo começa. Syrus está perdendo a confiança e teme que possa fazer Jaden perder o duelo. Ele fica cada vez mais preocupado à medida que os Irmãos Paradox invocam seu monstro mais forte, o Guardião do Portal. Jaden, no entanto, está se divertindo como sempre e incentiva Syrus a se animar. Mas a situação não parece favorável para eles.

O duelo entre Jaden, Syrus e os Irmãos Paradox continua. Alexis e Chumley estão preocupados que seus amigos possam não conseguir vencer. Chazz, por outro lado, está ansioso para ver Jaden ser derrotado. Jaden e Syrus estão sendo duramente derrotados, mas Jaden ainda não perdeu a esperança. Ao ver isso, Syrus se sente motivado e consegue destruir o Guardião do Portal, vencendo o duelo ao usar Power Bond – provando ao irmão que é um duelista forte. Com a vitória, os garotos conseguem permanecer na academia, para grande desaprovação de Chazz e Crowler.

Chazz está sendo repreendido por Crowler por ter perdido para Jaden. Se Chazz quiser manter sua posição na Obelisk Blue, ele deve derrotar o melhor aluno de Ra, Bastion Misawa, em um duelo. Apesar de sua atitude arrogante, Chazz é derrotado. Bastion abre mão da oportunidade de se juntar ao dormitório Blue, pois acredita que só será realmente o melhor quando derrotar Jaden.

Syrus percebe que Chazz está pegando sua bagagem e deixando a escola após ser derrotado por Bastion. Jaden e Syrus saem escondidos da aula para tentar detê-lo, mas são pegos por Alexis e suas amigas, Jasmine e Mindy. Em vez de mandar Jaden e Syrus de volta à aula, Alexis decide se juntar a eles na busca por Chazz. Eles são interrompidos por um macaco experimental chamado Wheeler, que usa um Duel Disk e sequestra Jasmine. Jaden duela contra o macaco para resgatá-la, mas enquanto estão distraídos, Chazz deixa a ilha. Wheeler consegue escapar de seus donos e vai viver com sua própria espécie.

Apenas alguns alunos permanecem na ilha durante as férias de inverno, incluindo Jaden e seus amigos. Eles estão aproveitando o tempo livre na cafeteria do dormitório Slifer, quando um aluno da Obelisk entra correndo e explica que ele e alguns de seus amigos da Obelisk Blue tentaram reviver o espírito de Jinzo, o Psycho Shocker, sem realmente acreditar que funcionaria. No entanto, a tentativa foi bem-sucedida, e agora Jinzo tomou as almas de seus amigos. O grupo segue para a floresta e encontra Jinzo. Jaden o derrota em um duelo e, quando Jinzo tenta possuir o aluno da Obelisk para escapar, Jaden o apaga da existência; sua destruição libera as almas que havia capturado. Na manhã seguinte, todos pensam que foi apenas um sonho; mas Jaden sabe que não foi, e que os espíritos de duelo realmente existem, pois ele consegue ver o espírito de Winged Kuriboh.

Jaden e Syrus estão jogando tênis, e Jaden reclama que isso não tem nada a ver com duelos. Enquanto está distraído, ele acidentalmente bate a bola em direção a Alexis. Outro aluno, chamado Herrington Rosewood, desvia a bola, mas ela acaba atingindo o Professor Crowler. Alexis agradece ao outro aluno por tê-la salvado, e ele revela que está apaixonado por ela. Ele decide desafiar Jaden para um duelo em que o vencedor se tornará o noivo de Alexis. Jaden, sem entender exatamente o que isso significa, aceita o duelo e vence. Depois, ele pergunta a Alexis o que significa “noivo”, e ela responde que, por enquanto, significa apenas amigo.

Vários alunos da Obelisk foram atacados e forçados a duelarem usando a regra do ante, acabando por terem suas cartas raras confiscadas. Enquanto isso, Jaden está ocupado com muitos deveres de casa, mas o Professor Crowler promete aprová-lo se ele descobrir quem tem derrotado os alunos da Obelisk (embora perceba que isso poderia ser uma oportunidade para expulsar Jaden de uma vez por todas). Jaden, Syrus e Chumley saem no meio da noite para enfrentar o chamado "Gigante do Duelo", que na verdade se revela ser duas pessoas, ambos alunos do Ra Yellow que se uniram após serem ridicularizados por outros alunos da Obelisk Blue. Jaden os perdoa e os deixa ir embora, mas ainda assim acaba tendo que fazer os deveres para o Professor Crowler.

Jaden, Syrus, Chumley e Alexis ouvem falar de um aluno com uma habilidade incrível de sempre puxar a carta que deseja. Eles vão à floresta procurar esse duelista misterioso e descobrem que ele tem vivido na natureza há muito tempo, aperfeiçoando sua técnica de sorteio de cartas. Ele deseja duelar contra Jaden para mostrar suas habilidades. Jaden vence o duelo, dizendo que ele deveria aprender a aproveitar mais os duelos e não levar tudo tão a sério.

O famoso deck de Yugi Muto será exibido no Museu de Duelo da Academia. Syrus duela contra um aluno do Ra chamado Dimitri (um aluno que copia os decks dos outros) para ganhar ingressos para Jaden assistir à exposição. Dimitri fica desapontado por ter sido derrotado por um aluno do Slifer. Bastion o consola, mas ele ainda está determinado a se tornar um duelista muito melhor. Naquela noite, ele rouba o deck de Yugi, achando que isso o ajudará a vencer. Bastion, Jaden, Syrus e Chumley saem à procura dele, e Jaden acaba entrando em um duelo para recuperar as cartas de Yugi. Dimitri, entretanto, acredita ser o verdadeiro Yugi e ganha vantagem com as poderosas cartas do deck.

Jaden está tendo dificuldades para derrotar os poderosos monstros do deck de Yugi, mesmo quando eles estão nas mãos de um amador do Ra Yellow. Ele finalmente consegue vencer usando E-Hero Flame Wingman. Dimitri fica deprimido e acredita que não tem talento algum, já que não conseguiu vencer com cartas tão poderosas. Zane e Alexis aparecem ao final do duelo. Jaden fica surpreso e se pergunta como eles o encontraram. Zane explica que não foram apenas eles, muitos outros alunos também estavam assistindo. Jaden olha ao redor e só então percebe todos os espectadores. Ele diz a Dimitri que ele deveria criar seu próprio deck e não copiar os outros, mas Dimitri entende errado e começa a copiar Jaden de forma inadequada.

Uma nova aluna transferida, Blair Flannigan, se junta ao dormitório Slifer. Jaden nota que a nova pessoa parece um pouco com um menino e parece muito interessada em Zane. Jaden a confronta diretamente sobre isso e, acidentalmente, puxa seu chapéu, revelando seus longos cabelos e o fato de que na verdade é uma menina. Jaden duela com ela, querendo conhecê-la melhor. Blair começa a tomar o controle dos monstros de Jaden usando suas cartas. Ele consegue vencer, e Blair tem medo de que ele conte às pessoas que ela é uma menina. Jaden promete que não contará. Nesse momento, Zane aparece, e Blair admite que está apaixonada por ele. Ela também revela que está apenas na quinta série. No dia seguinte, ela deixa a Academia, prometendo voltar e se matricular novamente quando for mais velha, mas agora tem uma nova paixão por Jaden.

Foi anunciado que ocorrerá um duelo interescolar, com um aluno da Duel Academy Central enfrentando um aluno da North Academy. Crowler, o Chanceler Sheppard e os outros professores discutem sobre quem deve ser o representante da escola – Jaden ou Bastion. Decidem então fazer uma partida entre os dois, e o vencedor duelará contra o representante da North Academy. Bastion imediatamente começa a criar um deck capaz de derrotar os Elemental Heroes de Jaden. No dia seguinte, o duelo começa. A estratégia de Bastion parece perfeita – ele bloqueia o uso da Polimerização de Jaden, tornando seus melhores monstros inúteis.

Jaden está tendo dificuldades para derrotar o Water Dragon de Bastion, e Syrus teme que ele vá perder. Apesar de não conseguir usar seus E-Heroes de fusão, Jaden consegue se recuperar e invoca Wildheart, vencendo o duelo. Zane e Bastion ficam muito impressionados com a habilidade de Jaden nos duelos. Bastion diz a Jaden que fará um novo deck e duelará contra ele novamente, e que aguarda ansiosamente por esse dia. Jaden se torna, assim, o representante da Academia para o duelo interescolar.

Crowler ainda está determinado a se livrar de Jaden e recruta Belowski para ajudá-lo. Enquanto isso, Jaden está construindo seu deck para a próxima partida. Ele começa a se irritar com todas as interrupções e sobe ao telhado da Academia em busca de paz e tranquilidade. No telhado, ele encontra Belowski, que consegue ver o espírito de Winged Kuriboh. Jaden fica surpreso com isso. Belowski pede a Jaden para duelar contra ele, pois nunca duelou com alguém capaz de se comunicar com os espíritos dos monstros. Os amigos de Jaden também são influenciados pela personalidade calma e concentrada de Belowski. Jaden consegue superar os monstros Moke Moke de Belowski e vence o duelo, frustrando mais uma vez os planos de Crowler.

Chazz, ainda irritado por suas derrotas para Bastion e Jaden, chega à North Academy. Nos esgotos da academia, o diretor (disfarçado de estranho) entrega a Chazz uma carta Ojama Yellow, revelando que ela pode falar com ele, assim como Jaden se comunica com Winged Kuriboh. Esta academia possui regras diferentes das que ele conhece. Ele deve duelar contra cinquenta alunos e, depois, enfrentar o campeão da escola, se quiser provar seu valor e entrar para a North Academy. Chazz não tem dificuldade em derrotar todos os seus desafiantes e, finalmente, vence o campeão. Ele se torna o novo campeão da escola e, assim, o representante da North Academy no duelo interescolar contra a Central Academy.

Chega o dia do duelo interescolar. Jaden diz aos seus E-Heroes para darem o melhor de si na batalha que se aproxima. Quando seu oponente chega da North Academy, ele fica chocado ao descobrir que não é outro senão Chazz, que retorna com um novo deck, traje e apelido, "The Chazz" ("Manjoume Thunder" na versão japonesa). Os irmãos de Chazz chegam para assistir ao duelo, aumentando ainda mais a pressão sobre ele. A batalha começa, com Chazz invocando o Armed Dragon LV3 e, eventualmente, evoluindo-o para o poderoso Armed Dragon LV7.

"The Chazz" está dizimando os monstros de Jaden com seu Armed Dragon LV7. Jaden finalmente consegue vencer usando uma combinação de Flame Wingman e Hero Kid, conquistando o duelo. Chazz fica desapontado por ter perdido novamente, e seus irmãos ficam furiosos com ele. Quando o barco parte de volta para a North Academy, Chazz decide permanecer na Central Academy, pois ainda tem coisas que deseja fazer lá. No entanto, devido à sua ausência de três meses, ele não é permitido de voltar ao dormitório Obelisk e, em vez disso, deve se juntar ao dormitório Slifer com Jaden e Syrus, para seu grande descontentamento.

O Professor Banner, Jaden, Syrus, Chumley e Alexis estão em uma excursão no vulcão, observando antigas ruínas. O gato de Banner, Pharaoh, está explorando e encontra um objeto brilhante no chão. Três sóis aparecem no céu, e a luz incide sobre o grupo. Jaden perde a consciência e acorda encontrando-se, junto de Winged Kuriboh, em frente a uma pirâmide gigante. Uma garota misteriosa se aproxima e explica que aquele é um túmulo sagrado e que ele não deveria estar ali. Os guardas do túmulo chegam e cercam Jaden. O líder deles o desafia para um duelo, e apenas se ele vencer será permitido escapar com seus amigos.

A carta mágica Necrovalley do Gravekeeper está causando grandes problemas para Jaden, pois ele não consegue fazer tributos de monstros devido aos monstros serem enviados para o cemitério. Ele utiliza a habilidade do Elemental Hero Necroshade para invocar Blade-Edge sem precisar fazer tributos, vencendo assim o duelo. O Gravekeeper, aceitando a derrota, entrega a Jaden metade de um misterioso amuleto. Os espíritos de Winged Kuriboh e Des Koala guiam Jaden e seus amigos de volta ao seu próprio mundo.

Jaden, Chazz, Bastion, Zane, Alexis, Banner e Crowler são todos convocados ao escritório do Chanceler Sheppard. O Chanceler explica sobre três cartas lendárias e poderosas, as "Bestas Sagradas", que foram seladas sob a Duel Academy. Ele diz que um grupo maligno chamado Seven Shadow Riders planeja quebrar o selo e usar seu poder. Ele entrega a cada um uma das sete "Chaves do Espírito", que possuem o poder de desbloquear o selo, e instrui-os a protegê-las dos Shadow Riders, pois as chaves só funcionam quando conquistadas de seus guardiões em um duelo. Não demora para que o primeiro Shadow Rider, Nightshroud, apareça e desafie Jaden para um duelo, oferecendo a chave do espírito em troca das vidas de Syrus e Chumley. Além disso, se Jaden perder, sua alma será selada dentro de uma carta.

Jaden está sendo lentamente derrotado por Nightshroud e seu deck Red-Eyes. Mas, com seus amigos e o mundo inteiro em perigo, Jaden não pode se dar ao luxo de desistir. Combinando Wildheart, Blade-Edge e Skyscraper, ele consegue vencer o duelo. A alma maligna de Nightshroud é selada em uma carta e, quando sua máscara é retirada, sua verdadeira identidade é revelada – o irmão perdido de Alexis, Atticus Rhodes, que desapareceu no dormitório abandonado e havia sido possuído pelo espírito maligno Nightshroud.

Enquanto Jaden ainda se recupera do duelo contra Nightshroud, o Professor Crowler enfrenta a segunda Shadow Rider — uma vampira chamada Camula. Usando seu Immortal Werewolf, Camula derrota Crowler com facilidade, selando sua alma em uma boneca de brinquedo. Revoltados, Jaden e Zane se preparam para enfrentá-la e salvar seu professor. O título do episódio em inglês é um trocadilho com o filme Field of Dreams.

Zane enfrenta Camula para tentar recuperar a alma de Crowler, mas é forçado a tomar uma decisão terrível quando ela ativa a carta mágica das trevas Illusion Gate. O preço para usá-la é alto: se o dono perder o duelo, terá sua alma levada. Camula, no entanto, oferece a alma de Syrus em seu lugar. Zane não permite que nada aconteça ao irmão e decide perder de propósito para protegê-lo. Sua alma é então selada em uma boneca, assim como a de Crowler, mas dessa vez Camula a mantém. Jaden jura vingança contra Camula e promete salvar Zane e Crowler.

Atticus desperta do coma e entrega a Jaden a segunda metade de seu pingente, que havia conseguido durante seu tempo com os Cavaleiros das Sombras. Enquanto isso, todos discutem sobre quem deverá duelar contra Camula para libertar Zane e Crowler. Jaden decide assumir o risco — e vence. A alma de Camula é levada pelo Illusion Gate, enquanto Zane e Crowler retornam ao normal.

Enfrentando ansiedade sobre os próximos duelos contra os Cavaleiros das Sombras, Jaden tenta relaxar nas águas termais da Academia com Syrus, Chazz e Chumley. Os espíritos de Kuriboh Alado, Ojama Amarelo e Des Koala aparecem, puxando todos para debaixo da água e levando-os ao mundo dos espíritos dos monstros de duelo. Um desses monstros é Kaibaman, que possui a voz, a forma e o baralho de Seto Kaiba. Ele desafia Jaden a um duelo para ajudá-lo a recuperar seu espírito de luta. Apesar do esforço, Jaden é derrotado, mas recupera sua confiança e se prepara para enfrentar os próximos Cavaleiros das Sombras. No final, Jaden e seus amigos retornam ao mundo real.

Os irmãos de Chazz, Slade e Jagger, querem assumir a Academia de Duelos. O atual dono da Academia, Seto Kaiba, propõe um acordo: um dos estudantes duelaria contra Slade e, se ele vencesse, Slade e Jagger poderiam comprar a Academia. O escolhido é Chazz, mas com uma condição: ele deve usar monstros com menos de 500 pontos de ataque. Chazz monta um novo deck com monstros aparentemente fracos, utilizando cartas descartadas por outros, incluindo o Trio Ojama (reencontrando os irmãos de Ojama Yellow, Ojama Green e Ojama Black, que também conseguem falar com Chazz). Ele enfrenta seu irmão e vence, salvando a escola e provando que a força de um duelista não vem apenas de suas cartas, mas também do seu coração.

Bastion está preocupado com a chegada do terceiro Cavaleiro das Sombras e leva Jaden, Syrus e Chumley para uma sessão de prática de duelos. Mais tarde, na aula, Banner percebe que a maioria de seus alunos está desaparecida. Ele leva Jaden e os outros para investigar a situação. Eles se deparam com o terceiro Cavaleiro das Sombras, a Amazona Tanya, que escolhe Bastion para duelá-la. Bastion se apaixona por Tanya durante o duelo, distraindo-se e perdendo não apenas o duelo, mas também sua Spirit Key.

Bastion está muito preocupado e abalado após ser derrotado por Tanya. Desta vez, Jaden decide enfrentá-la. Depois de um duelo extremamente difícil, Jaden sai vitorioso. Tanya, reconhecendo Jaden como um grande duelista, é liberada de seu corpo humano e revela sua verdadeira forma — um tigre branco. Jaden agradece pelo duelo excelente, enquanto Bastion fica chocado ao perceber que perdeu para um tigre.

Jaden e Syrus estão discutindo quando, de repente, um submarino chega à Ilha da Academia. O capitão do submarino afirma estar ali para um duelo. Jaden acredita que ele é um dos Cavaleiros das Sombras e o enfrenta a bordo do submarino. No entanto, descobre-se que o capitão não é um Cavaleiro das Sombras; foi apenas um mal-entendido. Seu sonho é construir uma Academia de Duelos Subaquática e ele quer que Jaden se torne professor da escola, já que é um duelista tão poderoso. O submarino parte da ilha com Jaden ainda a bordo. Ele vence o duelo, mas seus amigos, pensando que ele havia ficado para trás, seguem para a ilha de barco. Syrus fica triste por ter brigado com o amigo como última lembrança do encontro. Uma semana depois, Jaden retorna à ilha, explica a situação e Syrus fica feliz novamente.

As quatro chaves restantes são roubadas, e Chazz junto aos Ojamas decide descobrir quem está por trás do crime. Após uma série de deduções incorretas, eles se deparam com Don Zaloog, o quarto Cavaleiro das Sombras e líder dos "Escorpiões das Sombras", um grupo de espíritos de monstros de duelo. Don Zaloog percebe que precisa derrotar Chazz para usar o poder das Spirit Keys, e assim um duelo entre eles começa. Chazz triunfa ao fundir seu trio Ojama em Ojama King. Os Escorpiões das Sombras decidem se juntar a Chazz, ficando no quarto dele junto com os Ojamas e os outros espíritos de monstros, para grande irritação de Chazz.

Jaden é desafiado por Abidos, o quinto Cavaleiro das Sombras. Segundo o Professor Banner, Abidos foi um lendário faraó que nunca perdeu um duelo. Durante a disputa pelas Spirit Keys, Jaden descobre que Abidos não é tão forte quanto parece, o que leva Abidos a perceber que seus servos o deixavam vencer por medo de seu poder. Jaden o derrota usando sua combinação H-E-R-O Flash e promete que talvez duelarão novamente algum dia.

Atticus perdeu a memória, e Alexis vai até o dormitório proibido de onde ele havia desaparecido. Ela é sugada para um misterioso reino sombrio, onde duela contra Titan, que desapareceu após seu duelo com Jaden e agora se tornou o sexto Cavaleiro das Sombras. Seus monstros das trevas estavam dominando Alexis, mas ela consegue se recuperar e derrota Titan, sendo então enviada de volta ao Reino das Sombras. Depois disso, Atticus lembra-se de quem o chamou para ir ao dormitório originalmente: o Professor Banner.

Banner desapareceu, mas os estudantes aproveitam o Festival do Dia dos Espíritos, onde se vestem como seus monstros de duelo favoritos e duelam em comemoração. Jaden duela contra o espírito da Maga Negra Garota, mas, ao derrotá-la, percebe que ela era de fato um espírito real.

Um antigo colega de classe de Alexis da infância retorna para duelar com ela. O Jogador (Pierre) roubou o pano vermelho da mãe de Alexis, e ela duela contra ele para recuperá-lo. Alexis vence Pierre e recupera seu pano.

Os portadores das chaves começam a procurar por Banner e descobrem que ele deixou um pedaço de papel com a marca de Amnael, um famoso alquimista de duelo. Alexis também está à procura de Atticus, que misteriosamente desapareceu novamente. Quando Chazz e Alexis veem a marca na floresta, são desafiados por um estranho a um duelo e ambos perdem instantaneamente, desaparecendo dentro do livro de Amnael.

Jaden e seus amigos encontram a marca de Amnael e a seguem até um local escondido, onde descobrem o corpo mumificado do Professor Banner. Amnael, o estranho mascarado e o Sétimo Cavaleiro das Sombras, aparece para desafiar Jaden, que se mostra um adversário formidável com seu deck de alquimia. Amnael então remove a máscara e revela ser o Professor Banner.

Banner explica que, há muito tempo, descobriu as Cartas das Bestas Sagradas. Ao examiná-las, inalou um veneno que debilitou seu corpo. Para transferir sua alma, ele criou um Homúnculo, um corpo artificial, mas precisa das Cartas das Bestas Sagradas para sobreviver devido à fragilidade de seu corpo. Durante o duelo, Banner continua a derrotar Jaden com seus monstros Cosmo, alegando que todos os duelos de Jaden foram combinados. Jaden não acredita e funde quatro de seus monstros heróicos em Electrum para vencer. Após a derrota, Banner começa a se desfazer e admite que havia mentido: os duelos de Jaden foram testes para prepará-lo para a batalha final. Banner se juntou aos Cavaleiros das Sombras para derrotar o líder deles e, antes de se desfazer completamente, entregou a Jaden um tomo antigo para ajudá-lo. O espírito de Banner é então consumido por seu gato, Pharaoh. Chazz, Alexis e Atticus são libertados e retornam ao seu mundo.

Chazz percebe que está apaixonado por Alexis. Com uma ajudinha de seu irmão Atticus, Chazz rouba as Chaves do Espírito para atraí-la a um duelo contra ele. Ele usa diferentes cartas para demonstrar seu amor, mas Alexis não dá atenção e o derrota, dizendo que a única coisa de que realmente gosta é de duelar. Após o duelo, as 7 chaves são ativadas e toda a ilha começa a tremer.

As sete chaves finalmente desbloquearam as cartas das Bestas Sagradas do subsolo. Kagemaru, líder dos Shadow Riders e superintendente da Duel Academy, aparece para roubar as cartas. Como as cartas das Bestas se alimentam da energia dos duelos, ele construiu a escola e escondeu as cartas embaixo dela para que ficassem mais poderosas. Ele duela contra Jaden usando duas das bestas, Uria e Hamon, e depois utiliza seu poder para rejuvenescer a si mesmo.

Durante o duelo entre Kagemaru e Jaden, as cartas das Bestas Sagradas continuam drenando a energia de todos os monstros do mundo. Se Jaden não derrotar as bestas, todas as cartas serão perdidas para sempre. Kagemaru revela a terceira besta, Raviel, e continua ganhando vantagem, mas Jaden é visitado pelo espírito do Professor Banner, cuja alma agora está aprisionada no corpo de seu gato, Pharaoh. Banner havia escondido uma carta especial no tomo que entregou a Jaden, então Jaden usa seu poder para invocar Electrum e vencer o duelo. Após isso, Sheppard decide proteger as cartas pessoalmente por enquanto.

Chumley vence um concurso de desenho com a Industrial Illusions, e Pegasus deseja contratá-lo como designer de cartas. Crowler não acredita que Chumley mereça o emprego devido às suas habilidades de duelo inadequadas, mas está disposto a dar uma recomendação se Chumley conseguisse derrotá-lo em um duelo. Com um pouco de ajuda de Jaden, Chumley participa do duelo e aprende a usar suas cartas de forma mais eficaz. Crowler ainda o derrota, mas concede a recomendação mesmo assim, e Chumley se despede dos amigos enquanto parte para seu novo trabalho.

O duelo de formatura de Zane está chegando, e ele escolheu Jaden como adversário devido às suas habilidades. Jaden fica nervoso por duelar contra o melhor aluno da escola, mas mantém a calma e aceita o desafio. Durante o duelo, Jaden parece duelar de maneira diferente do normal; na verdade, ele está tentando duelar mais com a cabeça do que com o coração. Zane considera isso uma perda de tempo e prepara seu Cyber End Dragon com Power Bond para encerrar o duelo.

Jaden inicia o duelo do jeito que sempre duelou, tornando a partida emocionante. Tudo se resume a um confronto entre Shining Flare Wingman e Cyber End Dragon. Após várias trocas de armadilhas e magias para manter seus monstros no campo, a partida termina em empate. Zane fica satisfeito por ter tido um bom duelo antes de se formar e se despedir da Duel Academy.

É o segundo ano de Jaden na Duel Academy, e muitas coisas mudaram. O chanceler Sheppard deixou o cargo, e agora o Dr. Crowler e seu assistente, o vice-diretor Bonaparte, estão no comando da escola. Enquanto estava em seu dormitório, Jaden é desafiado por um novo aluno conhecido como "A.P.". O duelo foi orquestrado por uma misteriosa vidente que queria que A.P. perdesse para testar as habilidades de Jaden. Jaden vence o duelo e depois descobre que "A.P." é na verdade Aster Phoenix, um duelista profissional da liga — ainda mais habilidoso que Zane. Jaden fica empolgado por ter derrotado um profissional, até descobrir com Dorothy que Aster usou um baralho formado apenas por cartas aleatórias de pacotes, o que deixa Jaden ainda mais animado para desafiá-lo novamente.

O vice-diretor Bonaparte quer demolir o dormitório Slifer, acreditando que um alojamento de estudantes fracos mancha a reputação da Duel Academy. Crowler discorda e decide atrair atenção positiva para a escola organizando um duelo entre Chazz Princeton e Reginald Van Howell III, um estudante Obelisk Blue que despreza cartas e duelistas fracos. Com a promessa de ser promovido novamente ao dormitório Obelisk caso vença, Chazz aceita o desafio. Durante o duelo, Chazz percebe que Reggie é exatamente como ele era no passado — arrogante e preconceituoso contra os mais fracos. Inspirado por seus amigos Slifer e pela ligação com seus Ojamas, Chazz invoca Mecha Ojama King e derrota Reggie. Comovido pela reação dos alunos Slifer, Crowler decide manter o dormitório e permite que Chazz permaneça lá. No final, Chazz manda reformar o Slifer Red ao seu próprio estilo.

Jaden descobre por Syrus que um novo aluno está desafiando os estudantes para duelos e roubando seus Duel Disks. Após saber que Syrus também perdeu o seu, Jaden decide enfrentar o valentão em uma ponte na floresta. O desafiante se apresenta como Tyranno Hassleberry, um novo aluno do dormitório Ra Yellow que usa um deck de Dinossauros. Apesar de ter passado em todos os exames de admissão, ele foi colocado em Ra em vez de Obelisk Blue por não ter conexões influentes. Para provar seu valor, ele formou um pequeno exército de seguidores e começou a roubar os Duel Disks dos outros. Durante o duelo, Jaden tenta ensinar a Hassleberry que um verdadeiro duelista aprende com o passado e evolui, em vez de repetir os mesmos erros. Usando seu novo monstro de fusão, Elemental HERO Wild Wingman, Jaden vence a batalha. Reconhecendo seu erro, Hassleberry devolve todos os Duel Disks roubados e decide se mudar para o dormitório Slifer, acreditando que poderá aprender muito com Jaden.

Após ouvir de Alexis que o Dr. Crowler quer transformá-la em uma cantora pop duelista, o grupo percebe que Crowler está tentando usar os alunos para conquistar fama e decidem impedi-lo. No entanto, Bastion anuncia que Crowler quer que Syrus enfrente Missy, uma duelista do dormitório Obelisk Blue com um poderoso deck de insetos — e uma queda por Zane. Crowler promete que, se vencer, Syrus será promovido para o dormitório Ra Yellow. Mas Syrus duvida de si mesmo e teme nunca alcançar o nível dos outros. Com o incentivo de Hassleberry, que até empresta a Jaden sua carta mágica Power Bond antes do duelo, Syrus decide aceitar o desafio. Mesmo sem o Power Bond, Syrus supera os monstros Inseto de Missy e conquista a vitória, garantindo sua promoção para o dormitório Ra Yellow e provando que está crescendo como duelista.

A notícia se espalha de que Zane (Kaiser) vai duelar contra Aster Phoenix (Ed Phoenix) em uma batalha oficial da Liga Profissional. Enquanto se prepara, Zane presencia um duelista ser derrotado por um misterioso “Demônio”, que desaparece após dizer: “Você não pode fugir do destino.” Todos na Academia assistem ao duelo em um telão, ansiosos para ver o melhor aluno da escola enfrentar a mais nova sensação do circuito profissional. Durante o duelo, Aster revela seu verdadeiro Deck Hero, muito semelhante ao de Jaden, mas com fusões diferentes — como o poderoso Phoenix Enforcer, uma carta similar ao Flame Wingman, porém com habilidades distintas. Apesar dos esforços de Zane e do poder do Cyber End Dragon, Aster domina o duelo e vence com seu Shining Phoenix Enforcer. Após a derrota, Zane percebe que o “Demônio” que atacou o duelista anteriormente era, na verdade, o Phoenix Enforcer de Aster, concluindo que Aster é o próprio Demônio.

Após seu duelo com Zane, Aster conta a vários jornalistas que está atrás de um duelista que copiou seu deck de Heróis. Mais tarde, ele se encontra com Sartorius, que lhe diz que a rivalidade entre Aster e Jaden foi determinada pelas cartas do tarô — ou pelo destino. Aster viaja até a Duel Academy para desafiar Jaden a uma revanche na arena. Sartorius comenta que, quando Jaden perder, ele “verá a luz”. Jaden e Aster duelam usando seus Elemental Heroes, até que Jaden derrota o Shining Phoenix Enforcer com o Shining Flare Wingman. Aster então revela novos monstros, os Destiny Heroes — uma série de cartas ainda não lançadas publicamente — e afirma usar essas cartas para lutar por justiça, dizendo que a falta de propósito de Jaden será sua ruína.

Usando o Card de Campo Clock Tower Prison junto das habilidades de seus Destiny Heroes, Aster demonstra que, não importa o que Jaden faça, o próprio destino está no controle. Jaden consegue destruir o Clock Tower, mas Aster já havia se preparado e invoca um Herói ainda mais poderoso: Destiny Hero - Dreadmaster. Aster revela que seu pai foi o criador dos Destiny Heroes, mas foi levado quando ele ainda era jovem. Desde então, jurou encontrar o responsável e usa seus Heróis para cumprir essa missão. Dreadmaster finaliza Jaden, e Aster repete: “Você não pode se esconder do destino.” Após a derrota, Jaden começa a se sentir tonto e percebe que suas cartas ficaram em branco.

Desde que perdeu para Aster Phoenix, Jaden está deprimido, pois não consegue mais ver suas cartas (sem saber que é por causa dos feitiços de Sartorius). Seus amigos decidem permanecer unidos, cientes de que Crowler tentará usar a ausência de Jaden como desculpa para demolir o dormitório Slifer. Atticus aparece para avisar Alexis que Crowler quer transformá-los em uma dupla pop de irmãos cantores, mas quando ela se recusa, eles decidem resolver isso em um duelo. Alexis derrota o deck de Guerreiros de seu irmão, e Jaden decide abandonar a Academia de Duelos.

Chazz tenta desafiar Jaden para um duelo a fim de animá-lo, mas Jaden não está no clima. Enquanto isso, os planos de Sartorius não saem como o esperado. Ele havia colocado seu poder nas cartas de Aster, acreditando que, ao perder, a alma de Jaden seria purificada e ele se tornaria seu servo, mas Jaden apenas perdeu a capacidade de ver as cartas. Sartorius prevê que há outro indivíduo que pode ser útil a ele e viaja até a Academia de Duelos. Apresentando-se a Crowler e Bonaparte como o empresário de Aster, ele afirma estar em busca de um novo cliente. Após Syrus alertar que Jaden desapareceu, seus amigos saem para procurá-lo, e Chazz acaba encontrando Sartorius na floresta. Ele aproveita a oportunidade para mostrar suas habilidades, mas os jogos mentais de Sartorius o afetam profundamente. Chazz perde o duelo, e Sartorius sela sua alma na carta de tarô O Enforcado antes de deixar a ilha.

Enquanto Jaden está em alto-mar, seu barco é atingido por uma estrela cadente. Ele acorda em um mundo estranho, habitado por criaturas misteriosas. Um golfinho chamado Aquos lhe diz que ele precisa salvar o universo. Uma organização conhecida como a Sociedade da Luz está desequilibrando as dimensões ao tentar destruir completamente as trevas. Jaden é desafiado por um robô alienígena para um duelo, mesmo sem ter seu baralho. Aquos então mostra a ele um satélite lançado pela KaibaCorp que continha um baralho criado por Jaden anos antes, como parte de um concurso de desenho patrocinado pela empresa. Usando esse novo baralho, Jaden derrota o alienígena e redescobre sua paixão pelos duelos. Ele é enviado de volta à Ilha da Academia, levando consigo seu novo deck, agora infundido com o poder do Neo Espaço — e seu novo parceiro, Elemental Hero Neos.

Com o desaparecimento do Professor Banner, a qualidade da comida no dormitório Slifer despencou. Um misterioso chef aparece oferecendo-se para cozinhar — mas apenas se Tyranno Hassleberry conseguir vencê-lo em um duelo. Se perdesse, os alunos de Ra que estavam hospedados no dormitório Slifer teriam que voltar ao dormitório Ra. Durante o duelo, o chef utiliza cartas baseadas em monstros culinários e, eventualmente, revela sua verdadeira identidade: ele é o Professor Sartyr, o diretor do dormitório Ra. Ele desafiou Hassleberry porque o dormitório Ra estava quase vazio, já que muitos alunos haviam sido promovidos ou preferiam ficar no Slifer. Hassleberry vence o duelo, mostrando que pode evoluir mesmo sendo um aluno do Slifer, e que ninguém deve ser forçado a deixar o lugar onde se sente em casa. Sartyr reconhece isso e prepara uma refeição deliciosa para os estudantes, prometendo visitá-los com frequência.

Depois de discutirem por tanto tempo, Syrus e Hassleberry decidem resolver suas diferenças em um duelo. O vencedor ganharia o título de “melhor amigo do Jaden”, enquanto o perdedor se tornaria subordinado do outro. Hassleberry assume a vantagem graças às habilidades especiais de seus dinossauros, mas Syrus revela sua carta Cyber Summon Blaster e usa os efeitos de seus monstros Vehicroid para prender Hassleberry em um ciclo contínuo de dano. Mesmo tentando virar o jogo com uma carta virada para baixo, Hassleberry percebe, ao ouvir sobre a dedicação de Syrus em encontrar Jaden e como isso o afetou, que ele realmente merece o título de melhor amigo. Ele decide encerrar o duelo por conta própria, perdendo seus Pontos de Vida e reconhecendo a vitória de Syrus.

Desde que perdeu para Aster, a carreira profissional de Zane vem desmoronando. Após perder outro duelo simples e ser dispensado por seu patrocinador, ele é abordado por um empresário chamado Sr. Shroud, que o apresenta ao mundo dos duelos subterrâneos — batalhas perigosas onde os derrotados sofrem consequências reais. Zane é levado a um restaurante onde enfrenta Mad Dog, o campeão local, em uma arena cercada por grades. A regra é brutal: cada Ponto de Vida perdido resulta em um choque elétrico. Mad Dog provoca Zane o tempo todo, destruindo suas máquinas e drenando seus pontos de vida. Quando tudo parece perdido, Zane abandona qualquer traço de compaixão e passa a duelar com frieza e crueldade. Ele invoca seu novo monstro de fusão, Chimeratech Overdragon, e vence de forma devastadora.

Enquanto ainda procurava a Academia de Duelos, Jaden reencontra Wheeler, o macaco duelista que ele havia salvado no episódio 13. Exausto e faminto, Jaden desmaia e começa a alucinar, imaginando que seus amigos estão por perto para ajudá-lo. Durante o delírio, ele relembra seus duelos passados contra Chazz, Bastion, Crowler e Zane, revivendo os momentos mais marcantes de sua trajetória. Quando Wheeler lhe traz algumas bananas, Jaden recupera as forças e decide continuar sua jornada em busca da escola — sem perceber que acabou de passar por uma placa indicando exatamente onde ela fica.

Ainda à procura da Academia de Duelos, Jaden vê um meteoro cair na floresta. Ao se aproximar, ele encontra outros Neo-Espaciais, como Aquos, que desejam conceder-lhe seu poder para fortalecer seu deck. Enquanto isso, Bonaparte decide organizar um duelo entre Aster e Alexis, cujo resultado decidirá o destino do dormitório Slifer. Aster hesita em aceitar, mas Sartorius o convence ao afirmar que suas cartas de tarô previram um perigo iminente. Quando o duelo começa, Jaden retorna à Academia e oferece-se para substituir Alexis, determinado a se vingar de sua derrota anterior e demonstrar o poder dos Neo-Espaciais. Aster invoca Destiny Hero – Dread Master, mas Jaden responde com Neo-Espacian Aqua Dolphin e Elemental Hero Neos. Os dois realizam uma Fusão por Contato, criando Elemental Hero Aqua Neos, que destrói Dread Master antes de retornar à mão de Jaden no fim do turno.

Enquanto o duelo entre Jaden e Aster (Edo) chega ao seu ponto decisivo, Jaden tenta mostrar ao rival que os Heróis devem ser usados para o bem, e que o pai de Aster também desejaria isso. Determinado a provar sua força, Aster invoca seu monstro mais poderoso: Destiny Hero – Dogma, deixando Jaden em uma situação difícil. Mas Jaden não desiste e conta com a ajuda de seus novos aliados, os Neo-Espaciais. Ele invoca Neo-Spacian Flare Scarab e realiza uma Fusão por Contato com Elemental Hero Neos, criando Elemental Hero Flare Neos. Graças ao aumento do poder de ataque de Flare Neos, Jaden consegue derrotar Dogma e vence o duelo. Após a batalha, Aster reconhece a força do espírito de Jaden e começa a desconfiar das verdadeiras intenções de Sartorius e da Sociedade da Luz. Ele decide entrar para a Academia de Duelos, acreditando que Sartorius está escondendo algo — tanto sobre Jaden quanto sobre o próprio destino que tenta impor.

O Reitor Crowler e o Vice-Reitor Bonaparte entram em um conflito sobre a demolição do dormitório Slifer Vermelho. Para decidir o destino do dormitório, eles concordam em resolver a disputa através de um duelo. Bonaparte utiliza seus Soldados de Brinquedo, colocando Crowler em uma situação difícil, ainda mais com a carta Tratado Desigual. Porém, Crowler consegue libertar seu Ancient Gear Golem da armadilha de Bonaparte, graças à Ancient Gear Engineer, e derrota os pontos de vida restantes do oponente. Com isso, o dormitório vermelho é salvo, mostrando que, no fundo, Crowler realmente se importa com seus alunos.

Chazz enfrenta os alunos do dormitório Obelisk e, ao vencê-los, os transforma em membros da Sociedade da Luz, chegando a pintar o dormitório de branco para simbolizar a organização. Para pôr fim a essa loucura, Alexis decide duelar contra Chazz. Ele afirma ter a habilidade de prever o futuro e até usa uma carta mágica que permite que Alexis veja todas as cartas em sua mão. Embora Alexis acredite ter vantagem, a estratégia de Chazz, que “joga xadrez e não damas”, a confunde. Após equipar seu Armed Dragon LV10 com a carta mágica White Veil, Chazz vence o duelo e Alexis se torna membro da Sociedade da Luz.

Chazz tenta convencer Bonaparte a permitir que o dormitório branco da Sociedade da Luz permaneça. Para garantir que o dormitório vermelho seja demolido e que Jaden “veja a luz”, Chazz e Alexis contratam Lorenzo, um campeão de fliperama que duela usando monstros B.E.S. (Battleship Energy System). O duelo acontece no planetário da escola, e Lorenzo domina o início da partida com a combinação de Boss Rush, Cyber Summon Blaster e seu exército de naves de guerra, desgastando Jaden rapidamente. Porém, Jaden vira o jogo ao invocar seu novo Neo-Espacial, Grand Mole, que desmantela a estratégia de Lorenzo. Em seguida, ele usa Elemental Hero Neos para finalizar o duelo e conquistar a vitória, frustrando mais uma tentativa da Sociedade da Luz de convertê-lo.

Chazz, ainda determinado a se livrar de Jaden, contrata outro duelista: X, o advogado pessoal de Sartorius. X atrai Jaden para uma caverna isolada, onde o desafia para um duelo. Aster explica que X jamais perdeu — ele é famoso por derrotar seus oponentes destruindo seus decks, em vez de reduzir seus Pontos de Vida. Durante o duelo, X usa uma série de cartas mágicas e armadilhas para esvaziar rapidamente o deck de Jaden. No entanto, com a ajuda do Neo-Spacian Glow Moss, Jaden consegue virar o jogo e fazer X perder todas as cartas de seu próprio deck antes que ele o fizesse. Assim, Jaden vence mais uma vez, frustrando os planos da Sociedade da Luz e provando que o verdadeiro poder de um duelista vem da fé em suas cartas — e não do controle do destino.

Sartorius prevê que Jaden e Aster uniram forças, mas que ainda há outro duelista que não pode ser controlado e que pode arruinar seus planos: Hassleberry (Kenzan). Determinado a enfrentar essa ameaça, Sartorius viaja até a Academia de Duelos para desafiá-lo. O duelo começa, e mesmo com a confiança dos amigos de Hassleberry (exceto Jaden, que mantém cautela), Sartorius demonstra novamente seu estilo manipulador, usando cartas cujos efeitos dependem das próprias decisões de seu oponente — exatamente como fez com Chazz. No final, Sartorius vence, mas para sua surpresa, Hassleberry não é afetado por seu poder de conversão à Sociedade da Luz. Hassleberry então revela o motivo: quando criança, ele sofreu um grave acidente e, durante a cirurgia, seu osso da perna (tíbia) foi substituído por um osso de dinossauro, o que lhe deu o que chama de “DNA de dinossauro” — algo que o torna imune ao controle mental de Sartorius.

Sartorius se matricula oficialmente na Academia de Duelos, a fim de continuar seus planos em um local mais “conveniente”. Durante a escolha do destino da excursão escolar, os membros da Sociedade da Luz tentam decidir para onde a escola deve ir, mas Jaden intervém e exige uma disputa justa. Para resolver o impasse, é proposto um duelo entre Jaden e Rose, uma aluna do dormitório Obelisk Azul e membro da Sociedade da Luz. Rose afirma conseguir ver espíritos de duelo, assim como Jaden e Chazz, e utiliza um deck baseado em sapos, afirmando ser a “princesa” deles. Apesar das estratégias de Rose e de seus monstros como Revival Frog, Des Frog e T.A.D.P.O.L.E., Jaden consegue superar o baralho anfíbio e vence o duelo. Como prêmio, ele decide que o destino da viagem será Domino City, a cidade natal de Yugi Muto.

Durante a excursão escolar para Domino City, os membros da Sociedade da Luz seguem seus próprios objetivos secretos, enquanto Jaden e seus amigos aproveitam para explorar a cidade. Enquanto isso, Aster acredita que Sartorius está mirando em alguns dos duelistas mais fortes do mundo para recrutá-los à Sociedade. Durante o passeio, o grupo conhece Solomon Motou, o avô de Yugi, que se oferece para guiá-los e mostrar alguns pontos históricos da cidade. No entanto, nas cavernas fora de Domino, uma feiticeira misteriosa observa Jaden e lança um feitiço para cercar a cidade com um campo de força formado por espíritos de duelo gigantes. Ela envia dois ninjas mascarados — Frost e Thunder — para capturar Jaden. Os dois sequestram o Sr. Motou, forçando Syrus e Hassleberry a enfrentá-los para salvá-lo. O duelo acontece no topo de um arranha-céu — o mesmo onde Kaiba e Yugi enfrentaram Lumis e Umbra no passado.

Chazz viaja até uma caverna nos arredores de Domino City para encontrar a misteriosa feiticeira Sarina, irmã de Sartorius. Ele havia sido enviado por Sartorius, que naquele momento estava em reunião com Seto Kaiba na Kaiba Corp, pedindo permissão para usar o parque de diversões Kaiba Land por um dia. Kaiba aceita, mas ordena a seus seguranças que fiquem de olho em Sartorius, desconfiado de suas verdadeiras intenções. Enquanto isso, Jaden encontra o Sr. Motou em um beco e é surpreendido pela chegada de Aster, que veio ajudar. Aster revela que consegue ver os espíritos de duelo gigantes que cercam a cidade, os mesmos criados pelo feitiço de Sarina. No topo de um edifício, Syrus e Hassleberry continuam seu duelo contra os ninjas Frost e Thunder.

Após o fracasso de Frost e Thunder, a feiticeira Sarina os pune selando suas almas em cartas através de um espelho mágico. Determinada a capturar Jaden, ela convoca dois novos membros de sua Brigada da Luz: Blaze e T-Bone, e os envia para cumprir a missão que os outros falharam. Enquanto isso, Jaden e os alunos do dormitório Slifer Vermelho acampam fora da cidade, quando o Sr. Motou retorna trazendo sanduíches para todos. Blaze e T-Bone aparecem fingindo serem duelistas comuns, mas, ao descobrirem quem é Jaden, o desafiam para um duelo. Antes do confronto, Sarina sela Blaze em uma carta para conceder seu poder a T-Bone, que utiliza um deck baseado em monstros da Terra. No decorrer da partida, T-Bone combina as forças dos outros decks da Brigada da Luz — fogo, vento, água e terra — ganhando uma vantagem esmagadora.

Jaden e Aster chegam ao Kaiba Land, onde descobrem que o local foi transformado em um mundo virtual controlado por Sarina. Dentro desse ambiente digital, eles encontram Syrus e Hassleberry, que foram transformados em avatares virtuais — Syrus em um carro de brinquedo e Hassleberry em um dinossauro. Sarina então aparece e desafia os dois a um duelo em dupla. O verdadeiro objetivo, segundo ela, é cumprir as ordens de Sartorius, que deseja descobrir qual dos dois duelistas é digno de permanecer ao seu lado. Para equilibrar o duelo, Sarina cria uma cópia espelhada de si mesma, transformando o combate em uma batalha de duplas: Jaden e Aster contra Sarina e seu clone. Logo no início, fica claro que Jaden e Aster possuem forças equivalentes, e a falta de cooperação entre eles dá vantagem às oponentes. Aster, determinado a provar que é o escolhido de Sartorius, se recusa a trabalhar em equipe com Jaden.

Sarina ativa o verdadeiro poder de Full Moon Mirror e invoca seu monstro mais poderoso — Dark Creator. Com a energia do espelho, ela cria várias cópias idênticas do monstro, lançando uma ofensiva implacável contra Jaden e Aster. Diante do perigo, os dois decidem finalmente deixar suas diferenças de lado e unir forças. Jaden utiliza as habilidades dos Heróis do Destino de Aster para invocar um novo Neo-Espacial — Dark Panther. Em seguida, ele realiza uma Fusão por Contato com Elemental Hero Neos, dando origem ao poderoso Elemental Hero Dark Neos. Com a habilidade de copiar os poderes e efeitos dos monstros adversários, Dark Neos consegue anular o exército de clones e destruir o Dark Creator, garantindo a vitória da dupla. Após o duelo, Sarina revela a verdade sobre Sartorius: ele não é completamente mau. Antes de se tornar o líder da Sociedade da Luz, ele era um vidente, até receber uma carta misteriosa de um estranho.

Após retornarem à Academia de Duelos, Jaden e seus amigos encontram uma nova moradora no dormitório Slifer Vermelho — uma garota chamada Alice. Gentil e prestativa, ela cozinha e limpa para todos, conquistando rapidamente a simpatia do grupo, especialmente de Hassleberry, que começa a se apaixonar por ela. No entanto, naquela mesma noite, Hassleberry desaparece misteriosamente. Jaden o encontra inconsciente perto do rio, com Alice ao seu lado — mas algo estava errado. Ela revela sua verdadeira identidade: Alice não é humana, mas sim o espírito de uma boneca que se revoltou após ver inúmeros duelistas maltratarem suas cartas e desrespeitarem os espíritos dos duelos. Determinada a “punir” os duelistas impuros, Alice desafia Jaden para um duelo usando seu deck de bonecas sombrias, repleto de armadilhas e manipulações. Embora ela leve vantagem no início, Jaden consegue reagir e invoca Winged Kuriboh Nível 10, cuja força o leva à vitória.

Quando Jaden resolve dar conselhos amorosos pela internet a um estudante do dormitório Obelisk Azul, o rapaz — chamado Bob Banter — leva as dicas a sério demais e decide usá-las para tentar fazer Alexis se apaixonar por ele. Ao descobrir que Bob está espionando Alexis, Jaden tenta intervir, mas ela o flagra e acredita que ele é o espião. Furiosa, Alexis o ameaça com expulsão da Academia, a menos que ele derrote Bob em um duelo. O duelo começa, e Bob revela um deck inusitado baseado em quiz e jogos de perguntas, no qual o tema do duelo se transforma em um verdadeiro programa de auditório. Cada jogada depende das respostas certas — e a cada erro, Jaden perde um de seus monstros. Mesmo em desvantagem, Jaden mantém o bom humor e a confiança. Usando sua carta favorita, Elemental Hero Flame Wingman, ele vira o jogo e vence o duelo.

Bastion Misawa percebe que todos os alunos do dormitório Ra Amarelo foram convertidos em membros da Sociedade da Luz. Sentindo-se deixado de lado e sem reconhecimento, ele conclui que a razão pela qual não foi “recrutado” é que a Sociedade não o considera digno. Determinando-se a provar seu valor, Bastion passa dias elaborando um deck perfeito, baseado em seus Guerreiros de Plasma, e desafia Sartorius para um duelo. No entanto, quem responde ao desafio é Chazz (Manjoume), agora um dos seguidores mais leais da Sociedade da Luz. Durante o duelo, Chazz utiliza um novo baralho focado em monstros União, combinando-os com os excêntricos Irmãos Ojama. O embate entre lógica e instinto é intenso, e em determinado momento, Bastion tem a vitória garantida. Porém, tomado pelo desejo de finalmente ser aceito, ele abandona a chance de vencer e deliberadamente perde o duelo, permitindo ser absorvido pela influência da Sociedade.

Após demitir o Sr. Shroud como seu empresário, Zane Truesdale (Ryo) recebe um misterioso convite para encontrar um velho amigo “no topo do mundo”. Seguindo as instruções, ele viaja até um dojo nas montanhas nevadas, onde reencontra Samejima (Sheppard), o antigo chanceler da Academia de Duelos. Lá, é revelado que Sheppard foi o mestre que ensinou Zane a duelar, além de ter lhe transmitido o valor da honra e do respeito pelos oponentes. Foi também nesse dojo que Zane recebeu o lendário Cyber End Dragon, símbolo de que havia completado seu treinamento. Porém, Sheppard percebe que o antigo Zane — aquele que duelava com coração e respeito — desapareceu desde que ele se tornou o implacável Hell Kaiser. Para fazê-lo lembrar de quem realmente era, Sheppard o desafia para um duelo de mestre e discípulo.

Sheppard retorna à Academia de Duelos e anuncia oficialmente o início do Torneio GX (Genex Tournament) — uma competição inédita que reunirá estudantes e duelistas profissionais em busca do título de “número um do mundo”. Cada participante recebe uma medalha, e o objetivo é simples: derrotar o maior número de oponentes possível para acumular medalhas. Ao final, aquele que tiver mais medalhas será coroado o grande campeão. O anúncio causa alvoroço na Academia, com alunos duelando entre si em todos os cantos do campus. No entanto, por trás da empolgação, Sartorius executa seus próprios planos sombrios. Ele envia um convite para o Príncipe Ojin, um duelista profissional da Liga Pro, afirmando possuir as cartas Destiny Hero, despertando o interesse do príncipe. Quando Ojin chega à Academia, ele é recebido diretamente por Sartorius — que o desafia para um duelo.

Chumley retorna à Academia de Duelos, acompanhado de seu chefe — ninguém menos que Maximillion Pegasus, o criador das cartas de Duel Monsters. Porém, a visita tem um motivo sério: o projetista-chefe da Industrial Illusions, Frantz, roubou a Carta dos Deuses – O Dragão Alado de Rá e está usando seu poder indevidamente durante o Torneio GX. Antes do confronto, Chumley entrega a Jaden uma nova carta criada por ele — um presente especial para ajudá-lo a vencer duelos difíceis. Determinado a recuperar Rá, Jaden desafia Frantz para um duelo. Frantz, tomado pela inveja do sucesso de Chumley, revela que sempre se sentiu esquecido e desvalorizado, acreditando que ninguém reconhecia seu talento. Usando uma carta mágica poderosa, ele aprisiona o Dragão Alado de Rá em correntes místicas, controlando seu poder artificialmente. Mesmo diante do poder divino de Rá, Jaden mantém a calma e ativa sua nova carta de campo — Arranha-Céu 2: Cidade dos Heróis (Skyscraper 2 – Hero City).

Durante o Torneio GX, Jaden ainda não havia encontrado um oponente digno — até ser desafiado por Orlando, um duelista profissional e ator da Broadway, famoso por transformar seus duelos em verdadeiros espetáculos teatrais. Orlando utiliza um deck temático de teatro, repleto de monstros e magias baseados em peças e palcos, trocando constantemente seus Campos Kabuki, que mudam o cenário e os efeitos do duelo. Ele explica que, para ele, duelar é uma forma de arte, e que sua missão é entreter o público, não apenas vencer. Jaden, por outro lado, afirma que duela por diversão e paixão, e que o verdadeiro brilho de um duelo vem da conexão entre o duelista e suas cartas. O confronto se transforma em um verdadeiro espetáculo, com efeitos, dramatizações e trocas rápidas de cenário. No clímax, Jaden invoca seu herói principal — Elemental Hero Neos — e, em um grandioso “ato final”, encerra o duelo com uma vitória triunfante digna dos aplausos do público imaginário de Orlando.

Após testemunhar Chazz (Manjoume) derrotar um duelista profissional usando um novo deck entregue por Sartorius, Jaden percebe que o antigo amigo está completamente dominado pela Sociedade da Luz. Determinado a trazê-lo de volta, ele sai em busca das únicas cartas capazes de reacender a verdadeira personalidade de Chazz: o Trio Ojama. Com a ajuda do espírito de Professor Banner e do fiel gato Pharaoh, Jaden consegue localizar as cartas perdidas e desafia Chazz para um duelo decisivo. Durante a batalha, Chazz invoca seu exército de monstros White Knight, refletindo sua lealdade à Sociedade da Luz. Apesar da força dos inimigos, Jaden usa os trapalhões Ojama Amarelo, Preto e Verde para resistir aos ataques, fazendo com que lembranças do passado com seus amigos comecem a ressoar dentro de Chazz. Por um breve momento, Chazz hesita — os Ojamas o chamam, tentando fazê-lo lembrar quem ele realmente é.

Com a ajuda do Trio Ojama, Jaden continua lutando contra Chazz (Manjoume), determinado a libertá-lo da influência da Sociedade da Luz. Durante o duelo, os Ojamas falam diretamente ao coração de Chazz, relembrando-o de suas amizades, de sua antiga vida na Academia e do quanto ele valorizava duelar por diversão — não por controle. Aos poucos, as lembranças de Chazz começam a retornar, e a manipulação mental de Sartorius começa a enfraquecer. Finalmente, o verdadeiro Chazz desperta e retoma a consciência, embora não se lembre de tudo que aconteceu desde que foi “convertido”. Decidido a recuperar sua honra, Chazz escolhe encerrar o duelo por vontade própria: ele se rende, destruindo seu próprio White Knight Lord, símbolo de sua submissão à Sociedade. Após a batalha, Chazz agradece Jaden por tê-lo libertado e jura salvar Alexis (Asuka) do mesmo destino — prometendo lutar contra Sartorius e derrubar a Sociedade da Luz de dentro para fora.

O diretor Sheppard começa a temer que Zane Truesdale (Ryo Marufuji) tenha sido corrompido pelas trevas após seus duelos brutais e impiedosos. Para tentar salvá-lo, ele pede ajuda a Atticus (Fubuki Tenjoin), acreditando que apenas alguém que já enfrentou a escuridão seria capaz de entender o que está acontecendo com Zane. Atticus aceita o pedido e desafia Zane para um duelo, mas para equilibrar as forças, ele decide invocar novamente o poder de Nightshroud, seu antigo alter ego das trevas. Ele acredita que só poderá libertar Zane se combater as trevas com as próprias trevas. Durante o confronto, Zane revela sua nova estratégia e apresenta seu deck Cyberdark, uma versão distorcida e cruel do antigo estilo Cyber. Usando monstros que se fundem com os corpos de criaturas do cemitério, ele demonstra a verdadeira extensão de sua nova filosofia: “Vencer é tudo — e a misericórdia é uma fraqueza.

Após analisar a lista de duelistas restantes no Torneio GX, o diretor Sheppard percebe que apenas alguns alunos ainda estão ativos — entre eles Jaden, Syrus, Hassleberry, Chazz, Alexis e Bastion. Preocupado com a reputação da Duel Academy diante dos duelistas profissionais convidados, Sheppard envia Crowler e Bonaparte em busca de reforços. Os dois acabam encontrando Damon (que voltou aos seus modos “primitivos”) e Belowski, e pedem que representem a Academia enfrentando duelistas profissionais. Para surpresa de todos, ambos conseguem vitórias impressionantes, trazendo de volta um pouco do prestígio perdido da escola. Enquanto isso, as amigas de Alexis, Jasmine e Mindy, são desafiadas por um duelista profissional conhecido como Maitre D, e estão prestes a perder quando Alexis intervém. Ela duela em nome delas e derrota o oponente com determinação e clareza — uma atitude que surpreende a todos.

O boato sobre um duelista que participa do Genex e derrota seus oponentes com um One Turn Kill se espalhou. A verdadeira identidade dessa pessoa, que fez um pacto com a carta do Ceifador da Morte (The Grim Reaper), é Lucien Grimly, que obteve um grande poder de compra (draw power). Jaden precisa duelar contra Lucien, cuja alma já foi vendida ao Ceifador.

Enquanto o Dr. Crowler e o Vice-diretor Bonaparte levam uma bronca do Chanceler Sheppard, eles interpretam tudo errado e acreditam que foram demitidos. Isso acontece justamente quando Pegasus, o presidente da Corporação I2, aparece para uma reunião com o Chanceler Sheppard. Desesperados, Dr. Crowler e Bonaparte imploram para que Pegasus os contrate, e então é sugerido um duelo para decidir se eles conseguirão ou não o emprego.

Sartorius possui duas personalidades em conflito. Uma deseja conquistar o mundo e fazer com que todos “vejam a luz”. A outra é seu lado bom, que tenta impedir que o lado maligno alcance esses objetivos. A personalidade boa entrega uma chave importante para Jaden e outra para Aster. O lado maligno quer recuperar essas chaves, então envia Alexis para duelar com Jaden. O baralho de Alexis se tornou muito poderoso sob a influência da luz. Será que Jaden conseguirá salvar Alexis?

O Deck de Alexis, fortalecido por Sartorius, vai gradualmente encurralando Jaden. Ele luta para trazer Alexis de volta ao seu verdadeiro eu. No entanto, Alexis, que não ouve Jaden, finalmente invoca seu monstro mais poderoso: White Knight Dragon. Jaden é colocado em uma situação difícil, até que compra a carta que Chazz e Atticus lhe confiaram para ajudar a trazer Alexis de volta à sua antiga personalidade.

Syrus desafia seu irmão para um duelo, na esperança de trazê-lo de volta ao normal. Zane aceita o desafio e o duelo entre os irmãos começa. Syrus se lembra do que seu irmão lhe ensinou sobre respeitar o oponente. No entanto, Zane esqueceu tudo o que um dia soube — e ensinou a Syrus — e ataca o irmão usando seu único e peculiar Cyber Tail Deck.

Sartorius, que precisa recuperar uma chave importante, envia o Dr. Eisenstein para enfrentar Jaden. Ele é um médico brilhante que cria um deck feito especificamente para anular o estilo de Jaden. O duelo começa com o doutor ativando Relativity Field e invocando um monstro capaz de negar as habilidosas fusões de Jaden, permitindo que ele rapidamente assuma a vantagem no duelo.

O verdadeiro propósito do torneio GX é revelado: o Chanceler Sheppard e Pegasus estão procurando a pessoa que possui a carta Ultimate Destiny Hero. Acontece que Aster também está em busca dessa carta. Enquanto isso, o guardião legal de Aster, conhecido como “The D”, está prestes a defender seu título de campeão mundial. Porém, “The D” guarda um segredo muito importante para Aster.

Aster descobre que D é quem roubou a carta Ultimate Destiny de seu pai. Ele desafia D para um duelo usando a chave que recebeu de Sartorius. Aster inicia a partida com seus D-Heroes, mas o campeão mundial se mostra um adversário difícil até mesmo para ele. D então ativa a carta Ultimate D, colocando Aster em uma situação complicada. Será que Aster conseguirá derrotar D e finalmente descobrir o que aconteceu com seu pai?

Jaden descobre, através de Linda — a secretária do Príncipe Ojin —, o segredo da chave. Essa chave é capaz de ativar o Laser Satellite. Para recuperá-la de Jaden, Sartorius ordena que o Príncipe Ojin o desafie para um duelo. O príncipe consegue atacar Jaden usando três Satellite Cannons separados. Jaden invoca o Flame Wingman, mas acaba ficando em uma situação extremamente complicada.

Aster enfrenta Sartorius para confirmar as palavras de seu pai, que dizia que a Onda de Luz se apega a Sartorius e o escraviza. Aster vai ao Campo de Duelo Privado da Sociedade da Luz e exige respostas de Sartorius. Sartorius, que absorveu a Onda de Luz a ponto de criar outra personalidade, exige que Aster devolva a chave do Laser Satellite. Aster já tomou sua decisão e inicia seu duelo contra Sartorius. Sartorius, acreditando ter visto completamente tudo o que o Destino lhe reserva, traz à tona as cartas dos “Arcana”.

O duelo de Aster contra Sartorius continua. Sartorius faz o 21º Arcana Force, “The World”, explodir. Aster recebe uma quantidade enorme de dano, mas acredita que, dentro de Sartorius — mesmo estando controlado pela Onda de Luz —, o “Verdadeiro Sartorius” ainda existe. Diante do ataque implacável de Sartorius, Aster começa a perder as esperanças. Porém, algo acontece que permite a Aster iniciar sua contraofensiva. No fim, Aster consegue finalmente fazer com que o “Sartorius de bom coração” reapareça.

Sartorius, controlado pela Onda de Luz, derrotou Aster em sua batalha. Ele então exige de Jaden a chave do Laser Satellite em troca de Aster. Jaden fica em uma situação extremamente difícil. Nesse momento, Neos aparece para intervir justamente quando a chave está prestes a ser entregue a Sartorius. Furioso, Sartorius decide duelar com Jaden para encerrar tudo de uma vez. Assim como em sua batalha contra Aster, Sartorius lê o futuro e se torna a força dominante no duelo. Apesar disso, Jaden invoca seus monstros usando sua especialidade: Fusão.

Sartorius, controlado pela Onda de Luz, ativa a Carta de Magia de Campo Light Boundary. Essa Barreira tem um efeito negativo sobre os Espíritos das Cartas, e os monstros de Jaden são arrastados para dentro dela. Em seguida, Sartorius invoca o Arcana Force “The World” e o coloca contra Jaden. Enquanto isso, o Príncipe Ojin, controlado pelo Sartorius maligno, obtém as duas chaves do Laser Satellite e o coloca em operação. Kenzan chega tarde demais para impedir — o Laser Satellite já mirou na Terra e dispara exatamente como planejado...

Jaden invoca Glow Neos e destrói o Light Boundary. Com a situação virando a seu favor, Jaden lança um ataque direto contra o Sartorius maligno. Encurralado, o Sartorius controlado sacrifica The Material Lord, The Spiritual Lord e The Heaven’s Lord para invocar Arcana Force EX – The Light Ruler, sua carta suprema, com a intenção de desferir um golpe devastador. Mas Jaden realiza uma Contact Fusion de Ground Mole com Neos para invocar Ground Neos, retomando a contraofensiva...

Jaden reflete sobre o que lhe aconteceu no ano passado e como sua vida mudou por causa dessa experiência (Episódio de flashback/recapitulação).

Quatro alunos transferidos e o Professor Thelonius Viper chegam à Academia de Duelos. Jaden faz amizade com um novo aluno que também consegue ver Espíritos de Duelo. Quando os novos alunos são apresentados, um deles, Jesse Anderson, está desaparecido. Por fim, o novo amigo de Jaden aparece, alegando ter se perdido a caminho da cerimônia, e revela ser Jesse, que possui um raro deck de "Bestas de Cristal". O Professor Viper coloca Jaden e Jesse para duelar em uma partida de exibição.

Jaden e Jesse duelam, Jesse usando seus monstros besta de cristal e Jaden usando Neoespaciais. Lá, ele aprende sobre o Dragão Arco-Íris. No entanto, depois de enganar a todos fazendo-os acreditar que o possui, Jesse admite que Pegasus ainda está procurando o tablete que pode ser usado para criá-lo. Após a partida, os dois vão para o telhado, onde discutem seus decks, enquanto Chazz, Aster, Syrus e Hassleberry concordam que os dois são como gêmeos.

Sob as ordens de Viper, Axel Brodie sequestra Syrus para desafiar Jaden. De volta ao dormitório, Jesse está importunando um frustrado Hassleberry para que ele veja seu baralho, quando Jaden cai direto na armadilha de Axel e sai correndo para resgatar Syrus. Se ele perder, Syrus cairá do penhasco.

Jaden continua o duelo com Axel enquanto Jesse, com a ajuda de Hassleberry, tenta resgatar Syrus. Durante o duelo, Axel começa a repensar sua lealdade a Viper. Ele decide jogar limpo e liberta Syrus para poder se concentrar na luta. No fim, Jaden vence, mas a um preço alto. Ele acaba desmaiando e Axel fica sem energia, mas ainda consegue se manter de pé e vai descobrir o que Viper está tramando.

Com seu novo amigo Jim Cook ao lado, Jaden e a turma investigam um estranho sinal de onda. Hassleberry se transforma em dinossauro por causa do sangue de dinossauro que possui e duela com Jim. Mas, no fim, ambos ficam sem energia e acabam no hospital.

Chazz sente inveja de Adrian e decide desafiá-lo. Para não ser expulso e não perder energia, Adrian organiza uma festa para duelos, garantindo assim que Chazz possa lutar em segurança. Chazz enfrenta Adrian Gecko, herdeiro do grupo financeiro Gecko. Ele os leva de helicóptero para duelar nos céus.

Os Monstros das Nuvens de Adrian provam ser demais para Chazz. Ele perde a partida e ambos desmaiam, assim como a maioria da Academia de Duelos. Enquanto isso, Axel tenta descobrir o que Viper está tramando.

Com a maior parte da escola, incluindo Blair, na enfermaria, Jaden e seus amigos vão procurar Viper. Enquanto investigam o complexo de Viper, o grupo acaba se separando. Jaden duela contra o Professor Stein e seu Cavaleiro da Cicatriz, o que faz com que seus monstros se voltem contra ele.

Jaden enfrenta um inimigo improvável: seus próprios Monstros! Ele também se encontra em uma situação difícil, pois Alexis se afoga quando Stein perde pontos de vida. Jaden acaba vencendo por uma pequena margem, mas Stein cai no fosso e Jaden desmaia novamente.

Enquanto investigavam o complexo, Jesse e Syrus encontram Jaden inconsciente. Enquanto Syrus vai buscar ajuda, Jesse fica para trás com Jaden, que finalmente acorda. Eles se deparam com Trapper, um homem cruel que caça cartas com espíritos e cujo objetivo é roubar as Bestas de Cristal. Jesse revela a Jaden que vem caçando Trapper há vários anos, desde que encontrou um garoto cuja carta foi roubada por ele e prometeu devolvê-la. Trapper usa Sapphire Pegasus como isca para capturar as outras Bestas de Cristal.

Trapper continua aprisionando as Bestas de Cristal de Jesse, até que Jaden vem em seu socorro. Ele havia usado um cartão infantil para que Jesse não pudesse atacar ou quebrar a promessa feita anos atrás ao dono do cartão, mas Jaden salvou o cartão, permitindo que Jesse vencesse.

Com a ajuda de Axel, Jaden e a turma chegam ao coração do complexo de Viper.

Durante seu duelo com Viper, Jaden tenta impedir que seus monstros sejam envenenados com a ajuda de Jesse.

Jaden consegue vencer Viper com a ajuda do Herói Elemental Magma Neos, mas toda a Academia de Duelos acaba em outro mundo.

Após chegarem a este mundo estranho, nossos heróis percebem que aquilo não é mais um jogo e que os espíritos são reais. Eles então descobrem que suas Bio Bands ainda estão drenando energia.

Quando Blair adoece, Jaden, Jesse, Axel, Jim e Adrian procuram remédios em um submarino avistado por Bastion, mas sua busca é bloqueada pelo Espírito da Rocha. Mesmo conseguindo escapar e chegar ao submarino, eles ficam presos lá dentro.

Na Academia, uma revelação sobre as Bio Bandas é feita. Conforme os alunos perdem energia, eles se transformam em Duelistas zumbificados, incluindo Chazz e Syrus.

Jaden e Jesse retornam com o remédio para Blair, mas Jaden precisa lutar contra um exército de Duel Ghouls enquanto Jesse escapa com Blair.

Conforme os alunos restantes começam a ficar sem comida, Marcel, possuído, propõe um desafio. Se Jaden conseguisse vencer um duelo, eles teriam acesso à comida.

Jesse, Axel e Jim enfrentam três Duelistas, que foram fundidos com espíritos de monstros.

Enquanto Jaden corre contra o tempo para impedir que Marcel liberte as Bestas Sagradas, ele relutantemente enfrenta Chazz em um duelo.

Adrian desafia Marcel para um duelo e descobre o poder de Exodia.

O Dragão Arco-Íris foi encontrado, mas um duelo precisa manter o portal aberto tempo suficiente para que ele seja enviado para o outro mundo. Jesse duela contra Zane para atingir esse objetivo. O duelo é interrompido pela chegada de vários Duelistas Fantasmas, mas a carta ainda consegue atravessar o portal. Jesse, já cansado do duelo com Zane, sugere que ele duele para abrir caminho para a fuga, mas então Jaden chega para levar todos em segurança. Marcel, então, propõe outro desafio a Jaden.

Enquanto Jesse e Axel recuperam o Dragão Arco-Íris, Jaden duela com Marcel para pôr fim à loucura que ele causou.

Jesse se junta ao duelo e invoca o Dragão Arco-Íris para ajudar Jaden a enfrentar as Bestas Sagradas. No final, Jaden descobre que Marcel era apenas um fantoche de um fantasma do seu passado: um espírito monstruoso chamado Yubel. Jaden revela muito pouco sobre Yubel para Jesse, mas então Yubel revela seu monstro supremo. Jesse diz que precisa ficar para manter a energia para que a escola possa voltar ao seu mundo, mas o estádio em ruínas força Axel, Blair, Marcel e Jaden a escaparem, com Jaden e Marcel inconscientes. Yubel e Jesse então desaparecem.

Quando o Dragão Arco-Íris envia a Academia de volta, Jaden descobre que Jesse não retornou. Ele diz que a culpa é dele e decide resgatá-lo. Shepard conta aos amigos de Jaden sobre Yubel, de quem Axel ouviu falar brevemente durante o duelo. Quando um portal se abre para outra dimensão, Jaden pretende atravessá-lo sozinho para encontrar Jesse, mas seus amigos o apoiam e acabam enviando-o junto com Syrus, Bastion, Jim, Axel, Alexis, Atticus, Chazz, Zane, Aster, Crowler e Echo.

Ao se reencontrarem com Tania no outro mundo, Jaden e Bastion a ajudam a resgatar monstros escravizados. Lá, eles descobrem que, ao duelar neste mundo, quem perde vai para as estrelas. Ninguém sabe exatamente para onde elas vão.

Ao chegarem a uma vila desolada, o grupo descobre esse mundo e seus brutais mestres: os demônios do Mundo das Trevas.

Jaden dirige-se a um campo de escravos onde correm rumores de que Jesse foi visto, e acaba duelando com Zure, um demônio do Mundo das Trevas.

Jaden desafia Bron, o Rei Louco do Mundo das Trevas, para acabar com seu reinado de terror, mas descobre que seus amigos estão sendo usados ​​como sacrifícios vivos para despertar uma carta ancestral. Como resultado do dano causado por Jaden a Bron, Chazz parte para as estrelas como o primeiro sacrifício.

Enquanto Chazz, Hassleberry, Alexis e Atticus desaparecem diante de seus olhos, Jaden decide se vingar de Bronn. Syrus começa a duvidar do amigo e vai embora, junto com Jim e Axel. Jaden fica completamente sozinho e se sente culpado por tudo o que aconteceu.

Cheio de dúvidas sobre Jaden, Syrus vagueia sozinho pelo outro mundo. Syrus também encontra seu irmão Zane e eles têm uma conversa franca sobre a amizade de Syrus com Jaden. Zane vai embora, mas se recusa a contar a Aster o motivo.

Jim e Axel encontram uma vila sitiada pelo exército do Rei Supremo. Após testemunharem a destruição causada pelo Exército das Trevas, Jim desafia o rei, mas fica chocado ao descobrir sua verdadeira identidade: Jaden é o Rei Supremo.

Após descobrir que Jaden é o Rei Supremo, Jim decide usar seu Olho de Oricalco para tentar libertá-lo. Ele duela com Jaden como o Rei Supremo e, durante o duelo, usa o Olho para ver o que se passa dentro de Jaden. Ele vê que uma batalha ainda está acontecendo dentro de Jaden entre seu lado bom e seu lado mau. Ele tenta se conectar com Jaden, mas não consegue atravessar a barreira do Rei Supremo.

Jim faz o possível para derrotar o Rei Supremo Jaden, mas a Super Polimerização leva à sua derrota. Axel acaba assustado e foge, com medo de enfrentá-lo.

A coragem de Axel começa a vacilar depois de ver Jim desaparecer, mas com a ajuda de Zane e Aster, ele resolve terminar o que Jim começou e parte para derrotar o Rei Supremo.

Após derrotar o Cavaleiro da Caveira, Axel lidera a rebelião contra o Rei Supremo. Ele se junta a Zane e Aster para derrotar o Rei Supremo e resgatar Jaden.

Usando o Olho de Oricalco, Axel se sacrifica para destruir o Rei Supremo e libertar Jaden. Ojama se lembra de ter visto Jesse como uma sombra seguindo ele e Syrus, mas sente que havia algo de errado com ele.

Ao recobrar os sentidos, Jaden percebe o que fez, se culpa e fica com febre. O grupo é então teletransportado e confrontado por Adrian, que veio ao outro mundo para encontrar Exodia e se tornar governante daquela dimensão. Mas, para invocar Exodia, ele precisa sacrificar energia de duelo e usa o Eco para isso.

Adrian revela que, para reivindicar Exodia, precisa sacrificar seu amigo mais próximo, Echo. Aster tenta impedi-lo, mas falha. Ele ordena que os outros saiam e se salvem. Ele acaba indo para as estrelas e Adrian parte montado no ombro de Exodia, rumo ao poder daquela terra.

Jaden começa a temer sua carta de Polimerização, devido a todo o mal que ela causou quando ele era o Rei Supremo. Zane o desafia para um duelo para que Jaden perceba que ele não está pronto para ir a lugar nenhum em busca de Jesse. Mas o coração de Zane começa a falhar e eles precisam interromper o duelo.

Jaden descobre que o Rei Supremo ainda faz parte dele. Enquanto isso, Jesse é finalmente encontrado, mas está sob o controle de Yubel. Ele e Zane duelam, e Zane afirma que preferiria ser enviado às estrelas duelando a esperar que seu coração o abandonasse, deitado sem fazer nada.

Naquele que parece ser seu duelo final, Zane enfrenta Jesse e o Dragão Negro Arco-Íris e não se dá por vencido sem lutar. Mas, mesmo com todo o seu esforço, Zane é derrotado por Jesse e enviado para as estrelas, e o duelo também cobra seu preço de Jesse.

Após testemunharem a derrota de Zane, Jaden, Syrus e Crowler entram no portal para confrontar Yubel e libertar Jesse de seu controle. Enquanto isso, Yubel, se recuperando do duelo com Zane, descansa em sua fortaleza, apenas para encontrar Adrian em seu trono e ficar furioso. Os dois então duelam pela dominância da dimensão alternativa.

O duelo de Adrian contra Yubel continua. Depois de Yubel aniquilar completamente sua estratégia Exodius, Adrian inicia sua estratégia alternativa com Castelo da Névoa e Rei da Névoa, planejando reunir novamente as cinco peças de Exodia em sua mão, mas Yubel o derrota no final e Adrian é enviado para as estrelas.

Após a derrota de Adrian, Jaden enfrenta Jesse em um duelo, que ainda está sob o controle de Yubel. Jaden tenta salvar Jesse entrando em sua mente para encontrá-lo, seguindo as instruções de Neos, mas percebe que Yubel selou o espírito de Jesse em algo além de seu próprio corpo. Ele então percebe que está preso dentro do Dragão Negro Arco-Íris. Jaden está quase derrotado, mas então ouve a voz de Jesse chamando por ele.

O duelo entre Jaden e Jesse continua. Yubel finalmente invocou o Dragão Negro Arco-Íris e destruiu Neos, mas Jaden consegue evitar o golpe final. Ele usa Super Polimerização, mas Yubel usa Último Truque para roubar a carta de Jaden. Apesar de todas as adversidades, Jaden consegue salvar Jesse das garras de Yubel, sacrificando o duelo para salvá-lo. Embora Jesse e Jaden estejam feridos, Yubel desafia Jaden para outro duelo.

Agora que Jesse está livre da influência de Yubel e sem perigo imediato, Jaden decide deter Yubel de uma vez por todas. Ele se aproxima de onde Yubel o aguarda e o duelo recomeça. Syrus logo o segue, mas Crowler e Jesse ficam para trás, com Jesse confiando seu baralho de Bestas de Cristal a Jaden.

O duelo entre Jaden e Yubel continua. Jaden, que já tomou sua decisão, ressuscita a metade sombria de sua alma, o Rei Supremo. Mas desta vez, ele a tem sob controle. Ele não deixará que ela o domine, mas a usará para o bem, para salvar todos os seus amigos, incluindo Jesse, a quem ele arrastou para isso e por quem continua se sentindo culpado.

Jaden utiliza as cartas "Besta de Cristal" que Jesse lhe confiou para invocar "Neos Arco-Íris", equipando-o com "Véu Arco-Íris" e lançando um ataque contra Yubel. Em resposta, Yubel se transforma em sua segunda forma, ativa Rosa Demoníaca e repele o ataque. No fim, Jaden usa Super Polimerização para fundir seu espírito com o de Yubel. Ele salva seus amigos e eles retornam à sua dimensão, mas Jaden não volta. O episódio termina com Hassleberry perguntando onde está o Sargento e Syrus respondendo: "Ele está nas estrelas". Nota: Além de Jaden, Zane, Bastion e Adrian também não retornaram à sua dimensão.

Chazz, Alexis, Hassleberry, Syrus, Atticus, Aster, Crowler, Axel, Jim e Jesse retornaram à Academia de Duelos. Jaden, porém, não foi visto. O refeitório do Dormitório Vermelho, após uma semana, está decorado com três fotos: (Jaden), Bastion e Zane, que também não retornaram. Chazz olha para a foto de Jaden e se lembra da primeira vez que duelou com ele. Embora Syrus acredite que Jaden retornará, ao contrário de Chazz, ele se emociona profundamente. Syrus acaba fazendo um pedido a uma estrela cadente, o meteoro cai e Jaden emerge dele.

Um mês se passou desde o incidente com Yubel. A vida na Academia recomeçou, mas Jaden permanece isolado nos dormitórios Vermelhos, sem sair. Em meio a tudo isso, algo repentinamente dá errado com o Sistema de Duelos. Cartas que não respondem à Visão Sólida começam a aparecer. Chazz, Alexis e Fujiwara examinaram as salas de computadores para descobrir a causa do problema. Enquanto isso, Jaden recebe uma mensagem de celular de um remetente desconhecido com informações enigmáticas.

Jaden percebe as intenções de Fujiwara e toma uma decisão grave, enviando sua Notificação de Retirada ao Chanceler Sheppard. Jaden encontra algumas pessoas que indicam a Sheppard que ele deve rejeitar sua Notificação de Retirada: Sartorius e Kagemaru vêm avisar Jaden que pressentem uma crise iminente. Então, um homem misterioso surge diante deles.

Axel salvou Atticus de Fujiwara; então, Jaden decide duelar com Atticus para desvendar o mistério por trás de Nightshroud. Atticus, usando o poder de Nightshroud, invoca o Dragão Negro de Olhos Vermelhos e o sacrifica para Invocar por Invocação-Especial o Dragão das Trevas de Olhos Vermelhos, lançando um ataque contra Jaden. Conforme o duelo prossegue, mais sobre o passado sombrio de Atticus é revelado, e há muito a descobrir sobre Fujiwara e Nightshroud...

Honest é desmascarado por Jaden e lança um ataque massivo, que é neutralizado pelo poder de Yubel dentro da alma de Jaden. Honest concorda em revelar sobre o desastre mundial que está acontecendo no momento, mas é rapidamente destruído pelo sinistro Trueman, que também pretende matar todos os outros. Jaden adiciona Honest ao seu Deck e se prepara para enfrentar Trueman.

Hassleberry e outros alunos planejam realizar uma Festa de Duelos para criar memórias inesquecíveis. Enquanto isso, Alexis está pensando em sua carreira, indecisa entre permanecer na Academia e se tornar professora de uma escola infantil ou estudar no exterior. Em meio a isso, na Festa de Duelos, os alunos formam duplas de meninos e meninas para duelar com ex-alunos. Alexis acaba sendo colocada em dupla com Jaden por Hassleberry, mas a interação entre os dois não é das melhores.

Blair confirma que Jaden e Alexis não estão em sintonia no duelo e, astutamente, coloca uma carta virada para baixo. Em seguida, Jaden diz a Alexis para verificar a carta virada para baixo dela, mas inicia seu próprio duelo, independentemente do que ela possa esperar. Blair revela sua carta virada para baixo para Alexis, que fica irritada com a situação.

Do nada, surge a pessoa que atacou o Chanceler Sheppard. Trata-se de Makoto Inotsume, um usuário do Estilo Psíquico, criado quase simultaneamente ao seu rival, o Estilo Cibernético. Seu objetivo é derrotar o Estilo Cibernético para tornar o Estilo Psíquico o estilo principal da escola. Para alcançar seu objetivo, ele desafia o enfraquecido Zane Truesdale, e os dois se enfrentam.

Syrus decide tomar o lugar do irmão e duelar com Inotsume. No entanto, seus treinos com o deck de Zane não dão certo. Ele percebe que não terá sucesso se tentar apenas imitar o irmão e decide "ouvir" os decks de ambos, o seu e o de Zane. Finalmente, Syrus e Inotsume duelam, e uma batalha entre Cyber ​​Dark Dragon e Jinzo se inicia.

Chazz almeja se tornar um Duelista Profissional sem a ajuda de seus irmãos, mas tudo o que recebeu foram cartas de rejeição. Crowler, que não suporta ver Chazz nessa situação, o leva até a nave de Aster e pede a Phoenix que o aceite como discípulo. No entanto, o cotidiano de um Duelista Profissional está além da imaginação de Chazz. Ele precisa fazer pesquisas para artigos às sete da manhã, enfrenta filas enormes em eventos de credenciamento e, o que mais o choca, descobre que Aster, admirado como um gênio, passa por um treinamento de duelos árduo e sangrento com um treinador.

O erro de Chazz faz com que Aster se aposente da Liga Profissional e desapareça completamente. Enquanto isso, o garoto é descoberto por Mike, um diretor de TV, e tenta a sorte como um Duelista Estrela. O próximo projeto de Mike é "Confronto Professor-Aluno! Aster vs. Chazz!!". No entanto, existe um certo segredo por trás da aposentadoria de Aster da Liga Profissional.

Ao ver o álbum de formatura, Crowler começa a agir de forma anormal. Ele ministra aulas rígidas sem motivo aparente, de repente obriga seus alunos a ditarem a tabuada e a fazerem flexões... no fim, eles acabam boicotando as aulas e fugindo. Jaden então desafia Crowler para um duelo, o primeiro desde os exames de admissão.

O Duelo de Graduação na Academia de Duelos começa e Jaden está sendo inundado de desafios para o Duelo. Então, Sorano, uma talentosa aluna do segundo ano do Dormitório Azul, o desafia. Enquanto isso, Axel fica sabendo de um desastre em Domino City, porque Trueman emergiu das sombras e está pronto para colocar seu plano em ação.

Axel lutou contra Trueman, que o atormentou com memórias e pensamentos dolorosos. Trueman derrota Axel e todas as memórias do garoto são apagadas, como se ele nunca tivesse existido. Jaden chega a Domino City para investigar e se depara com um exército de Axels malignos.

Sartorius salva Jaden de Trueman e lhe conta uma notícia importante: o emissário das trevas vai atacar a Academia de Duelos. No entanto, Sartorius repentinamente encurrala o garoto e o desafia para um duelo, impedindo-o de invocar monstros com sua combinação de Arcana Force 0 - The Fool e Tour of Doom.

Jaden se vê em uma situação difícil, pois seu baralho está diminuindo gradativamente devido à Semeadura do Louco. Ele ouve Kuriboh Alado e consegue revidar contra o Soberano das Trevas. Ao ser encurralado com apenas 13 cartas restantes, Jaden ouve Sarina, que o incentiva a salvar seu irmão. Jaden percebe que precisa derrotar Sartorius para entender a situação e resgatá-lo.

Jaden terminou sua partida com Sartorius e seguiu em direção à Academia, mas desta vez, Trueman bloqueou seu caminho, o que levou a um duelo. Trueman começou a batalha usando um deck de Bestas de Cristal, um deck que somente Jesse deveria possuir. Jaden fica chocado ao perceber que Jesse caiu nas garras de Trueman.

Trueman possuiu o corpo de Sorano e vem atacando os alunos da academia um por um. Os alunos que ele derrota são arrastados para o Nada e suas memórias são apagadas da população. Chazz e os outros também caem nas garras de Trueman, e Atticus, tendo se esquecido deles, vagueia sozinho pela academia deserta. Jaden e Jesse conseguem alcançá-lo, e então o verdadeiro mentor por trás de Trueman finalmente aparece...

Fujiwara fala das maravilhas do Mundo das Trevas, mas Atticus não compartilha do mesmo sentimento. Fujiwara ativou a Magia de Campo, Mundo Claro, e infligiu o Efeito Negativo em Atticus, que se encontra em uma situação delicada. Fujiwara mostra a ele a escuridão nos corações de Chazz, Alexis, Syrus e os outros, a fim de desferir o golpe final.

Jaden e Jesse formam uma dupla e iniciam seu duelo contra Fujiwara, que usa Mundo Claro e ativa Efeito Negativo, lançando um poderoso ataque contra Jaden com uma combinação de seus monstros. No entanto, Jaden evita o desastre com a ajuda de Jesse. Furioso, Fujiwara, percebendo que não pode vencer a menos que rompa os laços entre Jaden e Jesse, vasculha a mente de Jesse em busca da escuridão em seu coração.

Fujiwara tenta usar a escuridão no coração de Jesse para destruir os fortes laços entre Jaden e Jesse, mas sem sucesso. Enfurecido por esse laço, Fujiwara ativou os atributos Gravidade e Camaleão. Os dois efeitos que Fujiwara desencadeou fizeram com que os monstros de Jesse e Jaden atacassem um ao outro, e Jesse não resistiu ao golpe. No entanto, Honest aparece diante de Fujiwara e o faz lembrar de memórias tristes.

Jaden consegue separar Nightshroud de Fujiwara, mas o mundo ainda está envolto na escuridão de um eclipse solar total. Em meio a essa escuridão, surge finalmente o verdadeiro Nightshroud, que informa Jaden que o Mundo das Trevas foi criado através da escuridão nos corações de todos os duelistas. Jaden desafia Nightshroud para salvar a todos de seu mundo. Nightshroud ativa a combinação do terror, Zero e Infinito, e, ironicamente, a única ajuda que Jaden recebe vem de Yubel.

Jaden funde Neos e Yubel, invocando Neos Wiseman, e ataca Nightshroud. Contudo, Nightshroud exibe um sorriso tranquilo. Ele reativa seu Olho da Escuridão e ativa seu combo Zero e Infinito. Em meio à alternância entre ataque e defesa, Nightshroud revela a chocante verdade: ele próprio é a personificação do futuro da humanidade. Jaden luta contra o destino de toda a vida, que depende de seu sucesso.

Jaden e seus amigos chegaram em segurança à cerimônia de formatura. Naquela noite, uma festa de agradecimento foi realizada, mas Jaden não estava presente. Diante dele, que planejava arrumar suas coisas e ir embora, Kuriboh Alado apareceu e o levou até a galeria de exposições. Lá, Yugi Muto o aguardava e lhe disse que era hora de começar o verdadeiro duelo de formatura. Yugi informou a um Jaden cético que ele havia adquirido muito poder nos últimos três anos, mas que perdera algo especial e que precisava recuperá-lo. Assim que Jaden ergueu sua carta sobre o baralho, uma fenda temporal para o mundo do passado surgiu do nada. Lá, aguardava o Yugi do passado, que, ao duelar com ele, permitiria que o objeto especial fosse recuperado. O duelo começou e, quando a luta começou a esquentar, Yami Yugi assumiu o controle, pressentindo que Jaden era um oponente poderoso.

Yami Yugi consegue invocar alguns dos deuses egípcios, mas embora o fim do duelo nunca seja mostrado, ele terminou com a vitória de Yami Yugi (Faraó Atem). Após o duelo, Jaden descobre que perdeu sua paixão por duelar. A série termina com Jaden, o espírito de Banner e o Faraó correndo para longe, aguardando sua próxima aventura.