Na Ilha Remanescente, vive pequena porção sobrevivente da humanidade, Conan vive sozinho com seu avô até que a jovem Lana aparece na costa. Dois soldados de Indústria pousam seu hidroavião e sequestram Lana, e ameaçam os intrusos com um míssil.

Conan não consegue resgatar Lana dos soldados de Indústria. Seu avô morre devido aos ferimentos. Depois de enterrá-loô, Conan constrói um barco e sai para resgatar Lana.

Conan chega a uma ilha onde vive o menino selvagem Jimsy. Após brigarem, Conan e ele acabam se tornando amigos. O Barracuda chega à mesma ilha, e obrigam os moradores a recolherem plástico. Depois que Conan descobre que o Barracuda vem de Industria, ele e Jimsy planejam embarcar clandestinamente no navio.

Jimsy e Conan entram escondidos no navio, mas Jimsy fica bêbado e acaba sendo descoberto pelo capitão. Depois que os meninos são capturados, o capitão Dyce permite que Conan e Jimsy fiquem no navio se aceitarem uma punição e servir a tripulação. Eles trabalham no navio, até que finalmente o navio zarpa para a Indústria.

Depois que o Barracuda chega à Industria, Conan é jogado na prisão por atacar Monsley, que estava visitando o navio. Lepka, o egoísta líder do Alto Comitê de Indústria, ameaça Lana para que lhe conte onde está seu avô. Monsley decide acolher Conan para "reeducá-lo". Quando os soldados vêm buscá-lo, Conan escapa e, após uma fuga difícil pelas entranhas de Indústria, ele finalmente encontra Lana.

Durante a fuga, Conan e Lana encontram um avião dos tempos da guerra, que Lepka deseja abastecer com a tecnologia de energia solar do Doutor Lao, e usá-lo em seus planos de conquista mundial. Eles são capturados e Lepka ameaça machucar Conan se Lana não contar onde está seu avô, mas ela se recusa. Ao testemunhar a crueldade de Lepka, Dyce decide ajudar Lana.

Dyce escapa no meio do nevoeiro. Lepka obtém permissão para usar a Canhoneira e o Falco para perseguir Dyce. Conan escapa da prisão e entra escondido no Falco. Jimsy diz a Lana que é amigo de Conan. Dyce se encontra com Lana e quando ela fica com raiva por ele ter abandonado Conan, ele abre a janela e ameaça expulsá-la. Conan escapa e tenta embarcar no Barracuda.

A Canhoneira atraca no Barracuda e captura Dyce e sua tripulação. Lana e Conan escapam no barco salva-vidas. Ao tentar chegar à costa, a canhoneira explode o bote salva-vidas, mas Conan e Lana sobrevivem e chegam à ilha próxima, onde descobrem um antigo campo de batalha repleto de tanques. Lana ouve seu avô por telepatia, e Conan e Lana partem para cruzar o deserto.

Depois de cruzar o deserto, Lana e Conan são descobertos por um homem chamado Patch. Depois de provar suas habilidades de mergulho para Patch, Conan e Lana começam a trabalhar. Telit, que anseia por ser elevado a um grau superior de cidadania na Indústria, tenta identificá-los. Ele entra escondido no Falco, que passou por ali, e informa a Monsley que Conan e Lana estão lá.

Telit retorna à Indústria e recebe um rádio para informar Lepka quando Lana encontrasse seu avô. Um terremoto atinge a ilha deserta; Patch cai e fica preso embaixo do navio, e Conan o resgata. Quando é revelado que Patch é o Doutor Lao, Telit informa Industria sobre sua presença, sabendo que Indústria enviará forças para capturá-los, Lao, Conan e Lana escapam em um pequeno barco salva-vidas.

Lana e Doutor Lao recuperam a máquina voadora que Lao usou para escapar de Industria, mas eles precisam voltar lá para consertá-la completamente. Enquanto voavam para a cidade, eles encontram e resgatam Dyce, que foi deixado para morrer no deserto por seu ato de rebelião. Quando ocorre outro terremoto, Lao começa a supor que a crosta terrestre está se desintegrando.

Lana e Lao descem até o Bloco Central da Torre Triangular para adquirir o chip necessário para consertar seu panfleto. Enquanto Dyce e sua tripulação dão meia-volta, Conan liberta alguns prisioneiros que se rebelaram contra Lepka e, juntos, procuram Lao. Luke, o líder dos prisioneiros, conduz Conan e Jimsy ao Bloco Central, mas Lepka e seus soldados chegam lá também.

Lao deixa as crianças no Barracuda e retorna à Industria para ajudar seus cidadãos. O Barracuda segue para Porto Alto, onde os moradores locais inicialmente recebem o navio com hostilidade, até que Lana consegue explicar que a tripulação se juntou a eles. Lana passeia pela ilha com Conan e Jimsy, onde encontra Orlo.

Conan, Jimsy e Lana vão para Vila do Moinho, distrito industrial de Porto Alto. Conan conhece o Sr. Gull. Enquanto isso, Jimsy é perseguido e mata um enorme javali quando os dois caem da beira de um penhasco. Porém a vitória durou pouco, já que o porco não era selvagem, e pertencia a Orlo. Depois de saber disso, Conan e Jimsy vão até Orlo para assumir a responsabilidade.

Ao chegarem à montanha, Conan e Jimsy são atacados e capturados pela gangue anarquista de Orlo. No momento em que as coisas começam a ficar feias, Lana, que percebeu a ausência de Conan e Jimsy, chega e dá uma lembrança de sua mãe, um colar valioso, para compensar a perda do porco.

Conan e Jimsy exploram a nave da Indústria, enquanto Lana avisa a vila sobre a invasão. Os homens de Orlo tentam repelir os invasores. Lana é nocauteada por um tiro de canhão, e quando Conan vê o porco de Jimsy, que lhe havia sido confiado, chegando sozinho, ele imediatamente corre para salvá-la.

Conan salva Lana dos soldados da Indústria, mas fica inconsciente; Lana consegue escondê-lo antes de ser capturada e levada a bordo da canhoneira. A Indústria ocupa Porto Alto, e Orlo é nomeado governador. Para privá-los de seu único apoio, Conan e Gil, o único aldeão que conseguiu escapar, preparam-se para afundar a canhoneira com explosivos.

Quando os animais da ilha começam a agir de forma estranha, Lana sabe que outro terremoto está para acontecer e corre para avisar os moradores. Quando Orlo a impede, Lana informa telepaticamente a Conan que um maremoto está chegando. Conan avisa a todos, correm para lugares mais altos enquanto a onda chega. Com o Barracuda encalhado, os soldados desistem e os aldeões vencem a guerra.

O chefe da aldeia permite que os soldados se juntem à sua comunidade. Conan decide retornar à Indústria usando um velho hidroavião deixado pelo Doutor Lao na caverna de preservação de peixes. Junto com Jimsy, Monsley, Lana como marceneiro de última hora e Dyce como clandestino, Conan parte de Porto Alto; mas logo ao chegar à Indústria, o grupo encontra o Falco restaurado.

Conan e Monsley invadem Industria e são capturados. Perseguidos, Lana, Dyce e Jimsy encontram um caminho para o quartel subterrâneo dos cidadãos de classe baixa de Indústria. Eles finalmente encontram Luke e seus amigos e descobrem com eles que o Doutor Lao conseguiu fazer um acordo.

Conan desce até a área residencial para resgatar Lana. Depois de ouvir as intenções de Lepka de inundar as cavernas, ele tenta desarmar as bombas usadas para criar a brecha de inundação. Lana se entrega para salvar os moradores; mas depois que ela está de volta em suas mãos.

Após escaparem das tentativas de Lepka de eliminá-los, Conan, Jimsy e Dyce começam a infligir danos críticos ao Gigante. Conan confronta Lepka enquanto ele tenta escapar. Apesar da tentativa de Conan de salvá-los, Lepka e o restante de seus homens são abandonados à própria sorte a bordo do Gigante condenado.

A caminho de Porto Alto, o navio de passageiros resgata Conan, Dyce e Jimsy do mar. Os moradores de Porto Alto comemoram a reabertura do Barracuda. ​​Muitos dos novos moradores, incluindo Conan, Lana, Jimsy, Tera, Luke, Monsley e a tripulação do Barracuda, partem para estabelecer uma nova colônia na Ilha Remanescente, que, após o cataclismo, se tornou um novo continente.