Tenchi anuncia seu plano de se mudar para Tóquio por dois anos para um aprendizado, a fim de completar seu treinamento como sacerdote para o santuário da família. As garotas não ficam nada felizes com sua partida iminente. Enquanto isso, uma misteriosa jovem aparece em Tóquio.

Após seu primeiro dia sozinho em Tóquio, Tenchi encontra uma colega de classe muito popular que imediatamente se encanta por ele. Ela chega a pedir à deusa do amor para que Tenchi se apaixone por ela. Enquanto isso, Ryoko e Ayeka, após tentativas frustradas de instalar um túnel interdimensional, conseguem abrir um portal e veem Tenchi com a garota, planejando impedir que fiquem juntos.

Cansado de as garotas entrarem em seu quarto quando querem, Tenchi encontra uma maneira de manter o portal fechado de seu lado, trancando-as para fora quando Ryoko tenta uma investida. Washu, então, cria alguns dispositivos de alta tecnologia para monitorá-lo. Paralelamente, Yugi convoca um espírito e o instrui a arruinar relacionamentos à distância, chegando a fazê-lo controlar a invenção de Washu para que ela forneça informações erradas.

Sakuya convida Tenchi para passear e conhecer Tóquio. Durante o passeio, eles encontram uma mansão gigante e seu zelador, que lhes conta a lenda da "Casa da Promessa Eterna", sem que eles saibam que ele é um dos capangas de Yugi. Enquanto isso, Ryoko e Ayeka tentam encontrar uma maneira de entrar no quarto de Tenchi.

Ryoko, Ayeka, Mihoshi e Kiyone viajam para Tóquio em busca de empregos, pois descobrem que não podem pagar o aluguel do mês. Ao mesmo tempo, Tenchi e Sakuya, que estão passando um tempo juntos, encontram Ayeka e Ryoko e tentam fugir delas. Enquanto isso, Yugi encarrega um de seus capangas de um trabalho de construção, resultando em alguns trabalhadores inesperados.

Sasami foge de casa para ficar com Tenchi por um tempo, depois que Ryoko, Ayeka, Mihoshi e Kiyone tentam roubar o dinheiro que ela ganhou no episódio anterior. Enquanto passeava, Sasami entra em uma loja, onde conhece uma garota e as duas se tornam boas amigas. No entanto, o dono da loja aprisiona Sasami e sua amiga em um mundo espelhado, sem intenção de deixá-las sair. Enquanto isso, com Sasami fora, as garotas tentam cozinhar seu próprio café da manhã.

Tenchi retorna para casa, pois é o segundo aniversário de seu primeiro encontro com as garotas.

Enquanto Tenchi e as garotas celebram o aniversário de quando todos se conheceram, um convidado inesperado surge para comemorar com eles. Paralelamente, mais flashbacks de como as garotas chegaram à Terra são explorados.

Durante uma excursão a uma escavação arqueológica, Tenchi e seus dois amigos caem em uma floresta subterrânea escondida, onde encontram dois troncos flutuantes que se assemelham a Azaka e Kamidake, que estão de olho em um demônio. Enquanto isso, após conseguir entrar no túnel e fechá-lo para garantir que Ryoko não a seguisse, Ayeka parte para a escavação para passar um tempo com Tenchi.

Ryoko chega a Tóquio para um encontro com Tenchi. Infelizmente, ela escolheu o mesmo dia e local que Sakuya quer encontrar Tenchi. Para evitar uma grande discussão ou algo pior, Tenchi decide seguir os planos de Ryoko. No entanto, Yugi, como sempre, os observa, e Sakuya também.

Ryoko e Ayeka acidentalmente quebram uma estátua enquanto brigam por um biscoito, e culpam Ryo-Ohki. Apesar dos protestos de inocência da cabbit, as garotas convencem Sasami de que Ryo-Ohki está mentindo. Chateada, Ryo-Ohki foge de casa e encontra outra cabbit que a leva para o resto de sua família na lua. Tenchi é levado de Tóquio para ajudar na busca por Ryo-Ohki, e eles partem para trazê-la de volta, sem saber que a cabbit que a atraiu é uma peça-chave nos planos de Yugi para mantê-los separados.

A casa Masaki enfrenta dificuldades com a culinária, já que Sasami está doente e Nobuyuki, o pai de Tenchi, está no comando da cozinha. Sentindo-se desvalorizado, Nobuyuki vai a Tóquio para visitar Tenchi. Lá, ele encontra Sakuya e, pensando que ela e Tenchi estão apaixonados, tenta incentivar o relacionamento. No entanto, um servo de Yugi interfere e cria um clone desajeitado de Nobuyuki, que acaba sequestrando Sakuya, levando Tenchi e seu pai a uma perseguição desesperada para resgatá-la.

A trama se intensifica à medida que a primeira metade da série se aproxima do fim. Os jogos de Yugi com Tenchi e as garotas se tornam mais perigosos, com ela ameaçando destruir os laços que os unem. Apesar de Tenchi e Sakuya estarem se entendendo, Ryoko sente falta de Tenchi. Hotsuma a visita e tenta ganhar sua confiança. Yugi, então, ataca diretamente a casa Masaki, quase ferindo Ryoko, levantando questões sobre lealdades e os verdadeiros objetivos de Yugi.

Sem outros meios de chegar a Tóquio, Ayeka decide pegar carona para visitar Tenchi. A viagem se mostra mais desafiadora do que ela imaginava, mas ela e Sasami eventualmente conseguem uma carona com uma misteriosa motociclista. A motociclista compartilha sobre seu amor não correspondido pelo homem mais rápido da estrada, e Ayeka a encoraja a persegui-lo. No entanto, essa motociclista e seu amado não são pessoas comuns.

Tenchi liga para Washu pedindo que ela feche o túnel interdimensional permanentemente. Chocadas ao descobrir que sua única rota para Tóquio está bloqueada, as garotas tentam desesperadamente juntar dinheiro para passagens de ônibus. Washu deduz que o pai de Tenchi deve ter algumas economias, e elas reviram a casa para encontrá-las. Enquanto isso, em Tóquio, o espírito de uma lutadora profissional, invocado por Yugi, está determinado a impedir qualquer coisa que atrapalhe o relacionamento em desenvolvimento de Tenchi e Sakuya.

As garotas finalmente encontram as economias do pai de Tenchi e gastam tudo na viagem a Tóquio. Na cidade, os preparativos para o festival escolar estão a todo vapor. Quando as garotas chegam, o carnaval está em pleno andamento, mas elas trazem seu estilo de caos inimitável e conseguem arruinar as festividades. Furioso, Tenchi as manda para casa, deixando suas relações ainda mais tensas. Os planos de Yugi se aproximam da concretização quando Ryoko percebe que pode ter perdido Tenchi para Sakuya.

Ryoko vagueia pelas ruas de Tóquio, mergulhada em autopiedade por Tenchi, quando é atacada por um agressor misterioso. Ao fugir, ela reencontra Hotsuma. Ambos estão sendo perseguidos por drones de ataque da Polícia Galáctica. Hotsuma oferece a Ryoko a oportunidade de retornar à pirataria espacial e se tornar sua aliada. Ayeka também está cheia de dúvidas sobre Tenchi, e um encontro com Tsugaru a convence de que ela também o perdeu para Sakuya.

Kiyone e Mihoshi buscam uma promoção e trabalham incansavelmente caçando criminosos. Washu se isola em seu laboratório para pesquisas importantes. Enquanto isso, Ryoko se adapta rapidamente ao seu papel de pirata espacial, e com Hotsuma como seu novo parceiro, eles planejam um ousado ataque a um banco. Na Terra, Mihoshi e Kiyone são promovidas e transferidas para Plutão. Ayeka percebe como a casa Masaki está ficando solitária com a partida das duas policiais, e o avô de Tenchi fica apreensivo com o enfraquecimento dos laços familiares.

Ayeka fica cada vez mais preocupada com a desintegração da família. Após uma premonição e uma visita de Tsugaru, ela decide agir para reunir todos novamente. No entanto, Washu permanece trancada em seu laboratório, e Ryoko está desaparecida. Ayeka usa Ryo-Ohki para ir a Plutão visitar Mihoshi e Kiyone, mas é parada por elas por excesso de velocidade. Kiyone informa Ayeka que Ryoko voltou à lista dos mais procurados. Apesar dos apelos de Ayeka, as policiais se recusam a abandonar sua nova missão. Em um ato final de desespero, Ayeka telefona para Tenchi em Tóquio para expressar suas preocupações.

Mihoshi e Kiyone são designadas para uma investigação secreta da gangue de piratas espaciais de Ryoko. Ryoko percebe instantaneamente seus disfarces, mas decide se divertir, fazendo-as realizar todas as tarefas menores em seu esconderijo. Quando Ryoko finalmente revela que sabe da farsa, ela as convida para seus aposentos, que são projetados para se parecer com o interior da casa Masaki. Enquanto jogam cartas juntas, Kiyone consegue descobrir por que Ryoko deixou a Terra.

Washu finalmente sai de seu laboratório com notícias surpreendentes. Ao analisar os dados do ataque de Yugi à residência Masaki, ela detectou traços de energia Jurai vindo de Yugi. Ayeka se lembra das ruínas Juraianas sob o sítio arqueológico e voa até lá para investigar. As ruínas contêm registros de como Yugi foi responsável pelo período mais sombrio da história de Jurai e foi banida pela então imperatriz. Sua libertação acidental de sua tumba, 3.500 anos depois, coincide com o início da separação na família Masaki. Enquanto isso, Yugi faz mais uma visita à sua amiga Sasami.

Ayeka descobre sobre a amizade de Sasami com Yugi. Para descrença de Sasami, sua amiga Yugi e a Yugi que atacou a casa Masaki são a mesma pessoa. Determinada a manter a assassina Yugi longe de Sasami, Ayeka ordena que Azaka e Kamidake aumentem a segurança em torno da casa Masaki. Enquanto isso, em Tóquio, Sakuya começa a fotografar para registrar seu verão com Tenchi. No entanto, quando Tenchi começa a perguntar sobre sua família e história, ela muda de assunto e depois tem que admitir que não consegue se lembrar. Sakuya chega à dolorosa constatação de que não consegue se recordar de nada de sua vida antes de conhecer Tenchi.

Ryoko começa a se cansar de sua nova vida como pirata espacial. Ela faz uma caminhada fora de seu esconderijo e relembra seu tempo na Terra. Enquanto isso, Washu envia uma sonda espiã modificada para coletar dados sobre Sakuya e faz uma descoberta chocante sobre a natureza da namorada de Tenchi. Yugi, que descobre que Sakuya não é mais uma parte essencial de seus planos, a apaga da existência – nem mesmo os colegas de Tenchi conseguem se lembrar dela. Finalmente, Ryoko decide abandonar a pirataria e retornar à Terra, mas Hotsuma está determinado a não deixá-la escapar.

Os planos de Yugi estão perto de serem concluídos, pois seu palácio começa a emergir no mundo real. As garotas se envolvem em suas próprias batalhas contra os servos de Yugi: Hotsuma, Matori e Tsugaru. Enquanto isso, Washu e Katsuhito correm para Tóquio para avisar Tenchi do ataque iminente de Yugi e para revelar não apenas a natureza do cristal de sete peças, mas também a surpreendente história da família Masaki e a verdadeira natureza de Sakuya. Tendo cumprido seu propósito, o que resta de Sakuya é completamente destruído por Yugi.

Yugi lidera seu ataque à Terra enquanto seu domínio irrompe no mundo real, transformando tudo em cristal. Sasami é sequestrada por Matori e levada para o palácio de Yugi. Mihoshi e Kiyone recorrem a medidas desesperadas para derrotar Tsugaru, e o amor de Ryoko por Tenchi a leva à vitória contra Hotsuma. Tenchi decide cumprir seu dever como defensor do planeta e entra no palácio de Yugi, mas fica preso em um mundo ilusório onde consegue viver feliz com Sakuya.

Com seus servos derrotados, Sasami libertada e a família reunida, Yugi, desesperada, recua para seu santuário interno. Tenchi sabe que, como foi ele quem foi manipulado pelos truques de Yugi, deve aceitar a responsabilidade e enfrentá-la sozinho. Ele coleta as seis joias das garotas e, unindo-as com a sua própria, cria a espada de joia e parte para Yugi. As garotas o apoiam o máximo que podem, contendo os ataques dela até que Tenchi chegue a Yugi para o confronto final.