Robotnik anuncia para todos que vai se casar com a rainha Aleena em uma trama para se tornar o rei de Mobius. Sonic, Sonia e Manic desconfiam desse casamento.

Argus, um capitão da guarda da rainha, é capturado por Sleet e Dingo antes de chegar ao encontro secreto onde deve se encontrar com a rainha Aleena.

Sonic, Sonia e Manic retornam à sua terra natal. A volta é interrompida quando Sleet e Dingo aparecem para coletar impostos devidos.

Após ganhar um relógio de um amigo, Sonia descobre que eles, na verdade, são dispositivos de monitoramento da Robotnik Intelligence Agency.

Sleet e Dingo querem recolher os impostos devidos para Robotnik pelo Duque de Velcronia. Mas planejam ficar com tudo para eles.

O sinistro Robotnik chantageia Cyrus, um velho amigo de Sonic. Ele sequestra e mantém o pai dele como refém.

Sonic, Manic e Sonia viajam para Port Mobius. Eles descobrem que os navios estão afundando devido ao monstro marinho mobiano.

Os diários da rainha Aleena podem ter sido enterrados na cidade de Tashistan. Sonic e seus irmãos percorrem a cidade em busca dos pergaminhos.

Sonic, Manic e Sonia estão perdidos nas terras de Mobius. Eles se deparam com um oásis chamado Lake Valley Resort.

Sonia é convidada a um baile de debutantes. Mas antes de ser anunciada oficialmente para a sociedade, ela e seus irmãos têm uma importante missão.

Robotnik organiza uma corrida para atrair Sonic para uma armadilha. Robotnik tem certeza que Sonic não deixará de participar de um desafio de velocidade.

Sonic, Manic e Sonia recebem uma mensagem sobre um castelo deixado para Sonia. Ela adora a ideia de ter um castelo para ser a sede deles.

Sonic, Manic e Sonia roubam artefatos históricos de Mobuis de Robotnik antes que ele possa penhorá-los em um leilão.

Uma facção dos Lutadores da Liberdade é dizimada por um enxame de flybots metálicos; Manic sai à procura dos insetos e é picado.

Sonic Tonic, um fluido que aumenta a velocidade, é criado por Robotnik para deixá-lo tão rápido quanto Sonic. Ele pretende usar sua nova velocidade para pegar Sonic.

Sonic, Manic e Sonia chegam à Ilha Flutuante para tentar encontrar a mãe deles. Sleet e Dingo também têm interesse na ilha.

Sonic encontra uma mensagem de sua mãe pedindo para que ele vá até Speedster Island. Ele e seus irmãos encontram um antigo santuário ao chegar lá.

Sonic fica chateado com o fato de que talvez sua luta pela liberdade seja inútil; Sonia sugere que todos se dirijam ao Oráculo para receberem orientação.

Robotnik quer roubar a joia da coroa da rainha Aleena. Mas Sonic, Manic e Sonia possuem um plano para recuperá-la antes dele.

Sonic, Manic e Sonia encontram um bebê abandonado e começam a busca pelos pais da criança. Manic é o que mais se apega a ela.

Sonic, Manic e Sonia viajam aos arredores de Mobius. Eles buscam recrutar uma tribo de nômades para a Resistência.

Sonic, Manic e Sonia descobrem um livro que contém um mapa para um pergaminho que pode ser muito importante para derrubar Robotnik.

A última busca dos Ouriços para encontrar a mãe deles acaba levando todos à torre da prisão. Eles encontram um estranho mascarado que diz pertencer à família.

O Oráculo aconselha Sonic, Manic e Sonia a saírem em uma missão que pode revelar as respostas sobre o futuro deles.

Nas férias de Sonic, Manic e Sonia, uma batalha acontece para salvar Mobius do Robotnik.

A história da Underground é contada, incluindo a queda de Mobotropolis e a ascensão de Robotnik e seu exército de soldados.

Sleet e Dingo escapam da Fortaleza Voadora com a Esmeralda do Caos. Em uma luta para controlar o poder da Esmeralda, Sleet e Dingo deixam-na cair e ela se quebra em duas, provocando desastres naturais pela energia da esmeralda.

Os Ouriços começam a aprender importantes lições sobre o que é preciso para ser um guerreiro da liberdade. O Oráculo oferece professores para Sonic, Manic e Sonia desenvolverem habilidades necessárias para reconhecerem o poder que vem de dentro.

Knuckles reluta, mas faz um trato com Robotnik para entregar Sonic e sua família. Em troca, ele deve encontrar a Esmeralda do Caos que salvará Mobius.

Manic, Sonic e Sonia precisam terminar o treinamento mais cedo porque Robotnik ameaça o Oráculo. Ele toma um membro da resistência como refém. Os três irmãos tentam resgatar seu amigo.

A rainha Aleena aconselha os Ouriços a irem para um vale de Mobius e levar a paz para dois contingentes da resistência que se dividiram.

Dr. Robotnik tenta obter informações com o cabeleireiro Doo-bot sobre os cidadãos que estão contra ele.

Um cientista vem para Robotropolis com um aparelho para reverter os efeitos do robotizador de Robotnik; Sonic, Manic e Sonia vão a uma demonstração da tecnologia e Sonia quer usá-la para ajudar um amigo.

Robotnik monta um museu com as taças da família real. Sabendo que Sonic, Sonia e Manic assumirão os tesouros da família, ele espera que os herdeiros sejam a isca perfeita para capturar os Ouriços.

As férias dos Ouriços são interrompidas pela notícia da última arma de Robotnik. Sonic, Manic e Sonia precisam ir para o ártico, onde está a arma.

Sonic, Manic e Sonia são informados de que guerreiros da liberdade desapareceram e serão robotizados. Sonic corre para salvar seus amigos, mas pode ser tarde demais.

Robotnik prende Bartleby e usa-o como isca para Sonia. Com Sonic e Manic ocupados fechando a mina de Robotnik, Sonia foge para ajudar seu amigo. Quando eles fecham as minas, dão pela falta da irmã e correm para salvar Bartleby e Sonia.

A nova arma de Robotnik, Art, aplica uma nova política de erradicação de Robotropolis. O objetivo de Art é destruir tudo, inclusive Sonic, Manic e Sonia. A gigantesca besta mecânica parece indestrutível.

A recém-descoberta Península Esmeralda é o lugar perfeito para Robotnik adicionar escravos a seu império. Sonic, Sonia e Manic ficam sabendo do plano de Robotnik de transplantar os habitantes da península e procuram a ajuda de uma vidente.

Sonic e Manic brincam de realidade virtual para aprender a pilotar. Os irmãos decidem aplicar os treinos e voam em uma missão para tentar interceptar uma nave de Robotnik.