O Mundo Digital cai sob o ataque do Imperador Digimon, e os Digimons são incapazes de Digivolver. Quando Kari Kamiya, T.K. Takaishi e seu colega de classe, Davis Motomiya, entram no Mundo Digital para salvar Tai Kamiya, Davis levanta o Digi-ovo de Coragem e encontra Veemon, que é capaz de Armadurar Digivolve em Flamedramon e salvá-los de um Monochromon escravizado.

Quando Yolei Inoue e Cody Hida entram no mundo digital com o DigiDestined, Davis e Veemon são capturados. Sob o conselho de Sora Takenouchi e Izzy Izumi, Yolei e Cody pegam os Digi-ovos de Amor e Conhecimento e encontram Hawkmon e Armadillomon, permitindo que eles Armaduram Digivolve em Halsemon e Digmon para salvá-los.

Os DigiDestined são atacados por Tyrannomon. T.K. e Kari encontram os Digi-ovos de Esperança e Luz, permitindo que Patamon e Gatomon Armadore Digivolvam-se em Pegasusmon e Nefertimon para salvar seus amigos e libertar Tyrannomon.

Os DigiDestined são atacados por Tyrannomon. T.K. e Kari encontram os Digi-ovos de Esperança e Luz, permitindo que Patamon e Gatomon Armadore Digivolvam-se em Pegasusmon e Nefertimon para salvar seus amigos e libertar Tyrannomon.

Gomamon é capturado pelo Imperador Digimon, e o DigiDestined, junto com Joe Kido, planeja resgatá-lo. No caminho, Cody cai na água gelada, deixando Joe para cuidar dele. Enquanto os outros atacam a Torre de Controle, Joe e Cody são atacados por Shellmon e Ebidramon. Com os esforços combinados de Digmon e Ikkakumon, os Digimons são libertados.

Durante a Golden Week, Mimi Tachikawa retorna ao Japão e se junta à DigiDestined para um piquenique no mundo digital. Yolei e Mimi são separadas do grupo e acabam na Floresta da Noite, onde são atacadas pelos irmãos Roachmon. Depois que eles enganam os Roachmon Brothers para quebrar o Pináculo de Controle, Palmon é capaz de Digivolver em Togemon para ajudar Halsemon a derrotar os Irmãos Roachmon.

Depois de tentar destruir uma Pinça de Controle localizada em Fullmetal City, Kari é separada do resto do grupo. Davis e T.K. volte para resgatá-la, mas ela é confrontada por um Andromon escravizado. Kari convence Andromon a lutar contra o controle do Dark Ring e ele se liberta, destruindo o Control Spire.

O time de futebol de Davis joga contra a equipe do genial Ken Ichijoji. No dia seguinte, os DigiDestined caem em uma armadilha que o Digimon Emperor preparou para eles, enquanto ele força Davis a assumir uma posição comprometedora em troca de suas vidas. Embora o esquema do Imperador Digimon seja frustrado, ele se revela como Ken para Davis.

Ken foge para o mundo digital para expandir seu território. Ele captura Agumon e força-o a Dark Digivolve, resultando no incontrolável SkullGreymon. SkullGreymon finalmente se exaure e se digivolve de volta para Agumon, mas o imperador foge com ele.

Ken cria o Dark Spiral, uma nova versão de seus Dark Rings, para poder controlar o Digimon de última geração. Conflito, Wormmon, parceiro de Ken do Digimon, libera Agumon esperando que Ken o usasse para suas experiências. No entanto, quando Agumon se reúne com Tai, Ken o recaptura com sua nova Espiral Negra e o transforma em Dark Digivolve na forma de vírus de MetalGreymon e ataca o DigiDestined.

Quando os DigiDestined encontram o Digi-egg da Friendship, eles são atacados por Flymon e MetalGreymon. Davis está em conflito sobre a luta contra Agumon no início, mas uma vez que ele percebe que precisa proteger seus amigos, o Digi-egg of Friendship ativa e permite que Veemon a Armor Digivolve em Raidramon.

Biyomon envia um pedido de socorro, e os DigiDestined acompanham Sora a uma cidade do oeste, onde Starmon os prende. Deputymon liberta as meninas apenas para entretê-lo e entra em um confronto com Starmon. enquanto os garotos escapam. Flamedramon derrota Starmon e o envia voando para a Torre de Controle, destruindo-o.

Kari tem pesadelos recorrentes e se deforma no Oceano Negro, um mundo separado dos Mundos Real e Digital. O Scubamon pede Kari para libertá-los do controle de Ken, e eles são atacados por um Airdramon. T.K. entra no Oceano Escuro para resgatar Kari e destruir o Pináculo de Controle, mas assim que o Scubamon é libertado, eles tentam seqüestrá-la para servir como sua rainha ao seu mestre, Dragomon. Os dois, junto com seus Digimon, escapam.

Os DigiDestined encontram Mimi e Michael, um americano da DigiDestined, que pagam pelo almoço no restaurante da Digitamamon. Embora Yolei esteja chateada, Mimi a convence a ver o lado bom de Digitamamon. Mais tarde, Digitamamon é escravizado por uma Dark Spiral e machuca Mimi, fazendo Yolei confrontá-lo e encontrar o Digi-egg da Sincerity. Armadura de Hawkmon Digivolve em Shurimon e libera Digitamamon.

O DigiDestined viaja para uma cidade fora do período Edo japonês. Ao fugir do controlado Floramon e Mushroomon, eles encontram seu governante, ShogunGekomon. Pouco depois, Ninjamon coloca uma espiral no ShogunGekomon e o DigiDestined deve detê-lo.

MegaSeadramon intercepta o DigiDestined sob uma plataforma de petróleo, e Cody é forçado a encontrar Joe, deitado no processo. Quando eles retornam, os DigiDestined encontram o Digi-egg of Reliability, que Cody está relutante em aceitar devido à mentira. No entanto, Joe convence-lo a superar sua dúvida e Cody permite Armadillomon para Armor Digivolve em Submarimon, liberando MegaSeadramon.

Todos os DigiDestined se reúnem e realizam um memorial para os eventos que ocorreram há três anos. Enquanto isso, as câmeras da Fuji TV Station capturam uma área de assombração de fantasmas, que o DigiDestined descobre ser Wizardmon. Wizardmon lhes conta uma mensagem enigmática sobre como derrotar o Imperador Digimon antes de desaparecer.

O DigiDestined decide ficar no Mundo Digital para encontrar a base de Ken, enquanto Tai, Matt e Izzy planejam uma viagem de acampamento para evitar suspeitas, apenas para serem seguidos pela irmã de Davis, June. Enquanto isso, a excitação de Yolei leva à imprudência e faz com que Hawkmon seja ferido. À noite, eles localizam a base de Ken, uma fortaleza voadora.

Enquanto Davis e Veemon ficam para trás, o resto do DigiDestined se infiltra na base de Ken no Dark Whirlpool. O Dark Whirlpool contém os dados de Devimon, que Ken usa para Kimeramon, apesar de ter sido avisado sobre os poderes das trevas. T.K. está zangado ao descobrir isso e confronta Ken. Uma vez que Ken libera Kimeramon, T.K. escapa com o outro DigiDestined e os prisioneiros da base.

Kimeramon derrota o DigiDestined, mas Ken não consegue mais controlá-lo. Temendo por Ken, Wormmon leva Davis e Veemon à fonte de energia da base, o Digi-ovo dos Milagres. Davis usa o Digi-ovo dos Milagres para o Veivador Dourado Digivolve Veemon em Magalhães.

Durante a luta de Kimeramon e Magnamon, Wormmon sacrifica sua energia vital para dar a Magnamon a força para derrotar Kimeramon. Wormmon morre, e Ken é forçado a aceitar que o mundo digital era real enquanto enfrentava seu passado. O Digi-ovo dos milagres se desintegra no brasão de Ken, e com o Imperador Digimon desaparecido, os DigiDestinados voltam para casa.

Após o término das férias de verão, o DigiDestined retorna ao Mundo Digital para ajudar os Digimons na reconstrução. Enquanto estiver lá, Davis, em um esforço para impressionar Kari, quer que Veemon se torne Digivolve naturalmente como Patamon. Em vez disso, ele irrita um Tortomon, que os persegue. Veemon Digivolves para ExVeemon para lutar contra ele.

Em um sonho, Ken relembra a entrada no Mundo Digital pela primeira vez e ficou ressentido com seu irmão mais velho, Sam. Quando Sam morre, Ken recebe um e-mail o leva a se tornar o Imperador Digimon. Depois de acordar, Ken retorna ao Mundo Digital e acaba na Vila Primária, onde, depois de prometer se redimir, ele se reúne com Wormmon em sua forma infantil Leafmon.

Ken encontra uma mulher em seu quarto que conhece seu passado. Enquanto ajudava na restauração, Davis, Kari e T.K. Descobrir que seus Digimons não podem Digivolver naturalmente, apesar das Spires de Controle estarem desativadas. Cody é atacado por Thundermon, levando a Armadillomon a Digivolve em Ankylomon. Thundermon é morto por Ken e Stingmon, levando o DigiDestined a tomar cuidado com ele.

Mimi e SnowBotamon estão sob ataque quando um Golemon tenta destruir uma represa. Com o DigiDestined incapaz de detê-lo, eles são forçados a procurar a ajuda de Ken. Embora Yolei seja duvidosa no início, os DigiDestined aprendem que o Golemon foi criado de Control Spiers pela mulher. Com a fé recém-descoberta em Ken, Yolei faz com que Hawkmon se torne em Aquilamon e derrote Golemon.

Com a base do Digimon Emperor prestes a explodir, os DigiDestined tentam contê-lo, apenas para serem confrontados pela mulher que cria Okuwamon a partir de dez Spires de Controle. Enquanto Ken vem em seu auxílio, ele quer lidar com a crise por conta própria, mas Davis se recusa a permitir isso. A declaração de amizade de Davis faz com que ExVeemon e Stingmon se transformem em DNA Digivolve em Paildramon.

Paildramon luta contra Okuwamon enquanto o DigiDestined entra na base de Ken, e Ken colocando o Crest of Kindness no núcleo de energia é ineficaz. No entanto, uma vez que Paildramon derrota Okuwamon, ele também destrói os restos da base. No dia seguinte, o DigiDestined se encontra com Izzy, que explica o DNA Digivolution e o sacrifício original da DigiDestined para proteger o mundo digital anos atrás.

O DigiDestined cabeça para Giga House para encontrar a mulher, apenas para descobrir que sua música flauta colocou todo o inseto Digimon sob seu controle, incluindo Stingmon e Digmon.

Yolei neutraliza a música de flauta da mulher e a mulher se revela como Arukenimon. Arukenimon é derrotado, mas ela é resgatada por Mummymon e eles escapam.

Davis e Yolei fazem uma tentativa fracassada de melhorar o relacionamento de Cody e Ken. Arukenimon cria BlackWarGreymon de 100 Spires de Controle para lutar contra o DigiDestined, e ele derruba seu Digimon. No entanto, BlackWarGreymon se rebela contra Arukenimon e Mummymon, deixando-os.

Enquanto procura pelo anel da cauda de Gatomon, Yolei, Kari, Ken e seus Digimons entram no Oceano Escuro. Quando eles são atacados por Blossomon de Arukenimon, Yolei tira Kari de um estado histérico e promete ficar ao lado dela. Gatomon e Aquilamon DNA Digivolvem-se em Silphymon e destroem Blossomon, libertando-os, apesar do anel da cauda permanecer perdido.

Tendo desenvolvido uma consciência, BlackWarGreymon se depara com Agumon e procura seus conselhos sobre seu propósito na vida. Com BlackWarGreymon se recusando a obedecer, Arukenimon cria Knightmon para destruir uma das Destiny Stones da Digital World. Embora a tentativa DigiDestined para parar Arukenimon, Mummymon e Knightmon, o dano à Pedra de Destino atrai BlackGreymon e ele quebra isto.

Durante uma viagem de escola a Kyoto, Yolei encontra BlackWarGreymon e vários outros Digimon no Mundo Real depois que ele destrói a segunda Pedra do Destino. Ken retorna brevemente do Mundo Digital para trazê-la Poromon, e sua batalha atrai a atenção do pai de Sora, Haruhiko, e do irmão de Joe, Jim. Quando Musyamon aparece, Yolei e Hawkmon o derrotam e o retornam ao Mundo Digital.

Quando BlackWarGreymon destrói a terceira Pedra do Destino, ele está convencido de que ele está destinado a lutar contra o Digimon que aparece quando uma Pedra do Destino é destruída. Os DigiDestined percebem que destruir todas as Destiny Stones perturbaria o equilíbrio entre todos os mundos. T.K. fica frustrado, e apesar de Angemon digivolving para o MagnaAngemon, o BlackWarGreymon ainda destrói a próxima Destiny Stone.

Cody, preocupado com T.K., visita Matt, que lhe diz que T.K. ainda carrega as cicatrizes da batalha contra Devimon. Determinado a parar BlackWarGreymon, Cody pessoalmente o enfrenta. No entanto, BlackWarGreymon é conquistado por seus instintos e destrói a quinta Pedra do Destino.

Os DigiDestined encontram Arukenimon e Mummymon no restaurante chinês do Digitamamon e descobrem que a Pedra do Destino está escondida nas fontes do restaurante. Quando BlackWarGreymon aparece, Angemon e Ankylomon DNA Digivolve em Shakkoumon, preparando-se para lutar com os outros Digimons.

Enquanto os Digimons lutam contra BlackWarGreymon, a DigiDestined tenta mover a Destiny Stone com seus D-3s sob o conselho de Davis. Isso convoca Azulongmon, que apareceu quando as Destiny Stones foram destruídas. BlackWarGreymon é derrotado por Azulongmon e sai para procurar o propósito de sua vida. Azulongmon explica ao DigiDestined sobre Control Spires e Armour Digivolution, enquanto avisa que Arukenimon não é seu verdadeiro inimigo.

Na véspera de Natal, o jovem DigiDestined dá uma festa no apartamento de Ken enquanto o DigiDestined mais velho assiste ao show de Matt. Digimon de repente chegar no Mundo Real interromper o concerto, forçando o DigiDestined a enviá-los de volta ao mundo digital. O DigiDestined acorda no dia seguinte para descobrir que a Control Spires e a Digimon estão aparecendo em todo o mundo.

Enquanto Davis e Ken lutam contra Triceramon em Tamachi, o DigiDestined recebe um dos Digicores de Azulongmon de um Gennai rejuvenescido, o que resulta não apenas em restaurar a capacidade original do parceiro Digimons de atingir o nível máximo, mas também permite que Paildramon Digivolve entre no Imperialdramon. Os DigiDestined são instruídos a encontrar os ajudantes de Gennai e a DigiDestined internacional em todo o mundo para enviar o Digimon selvagem de volta ao mundo digital.

Enquanto Davis se junta a Mimi e à americana DigiDestined, Kari e Izzy recebem ajuda dos Poi Brothers em Hong Kong.

Na Austrália, Cody e Joe se encontram com Derek para lutar contra o Digimon marinho. Em Paris, T.K. e Tai recebem ajuda do avô de T. K. para salvar um refém preso em Versalhes pelos irmãos Mamemon.

Ken e Matt ajudam um mexicano DigiDestined, enquanto Sora e Yolei ajudaram aqueles na Rússia e na Sibéria. Yolei e Sora são bem sucedidos na Rússia, mas são resgatados de um ataque por Imperialdramon. Os DigiDestined voltam para casa a tempo para o Natal, mas enquanto estavam viajando, Arukenimon e Mummymon estavam reunindo crianças.

O Corpo de Demônios invade o Japão, mirando Ken, e SkullSatamon supera Paildramon. Os Digimons DigiDestined mais antigos renunciam ao poder de permitir que o Imperialdramon se transforme no Modo Lutador para destruir o SkullSatamon. Daemon exige a rendição DigiDestined Ken, mas Ken é forçado a se transformar em custódia de Arukenimon quando ela revela as crianças que ela e Mummymon seqüestraram.

Ken conhece Yukio Oikawa, que conhece seu passado e quer copiar os dados do Dark Spore embutidos em seu pescoço para as crianças sequestradas. O resto da luta DigiDestined LadyDevimon e MarineDevimon para alcançá-lo. Yolei e Cody são forçados a assistir seus parceiros Digimon matarem outros Digimons.

Com o objetivo de Oikawa completo, ele entrega Ken para Daemon. Davis e os outros DigiDestined intervêm, mas Imperialdramon e os outros Digimons são impotentes contra ele. Como Daemon é capaz de reentrar no mundo real mesmo depois de ser enviado de volta ao mundo digital, Ken se arrisca a redirecionar o portal para o Oceano Negro. Oikawa deixa as crianças sequestradas voltarem para casa enquanto ele e seus seguidores escapam.

Enquanto o DigiDestined monitora as crianças, BlackWarGreymon confronta Oikawa, que lhe conta a verdade sobre sua criação, e tenta atacá-lo. Ele é parado por WarGreymon e Imperialdramon. Depois de uma batalha feroz, eles pleiteiam com BlackWarGreymon para fazer amizade com eles.

Um dos esporos das crianças floresce em uma flor escura e é colhido por Oikawa, apesar dos melhores esforços da DigiDestined para detê-lo. Quando o avô de Cody não consegue dissuadi-lo, BlackWarGreymon se sacrifica para protegê-lo. Notando que Oikawa está possuído, ele usa seu poder restante para selar o portal do Highton View Terrace para o Mundo Digital.

Oikawa tenta trazer as crianças para o mundo digital, mas como o BlackWarGreymon selou o portal do Highton View Terrace, elas acabam no Dream World. A possessão de Oikawa se manifesta como Myotismon, que digivolve em MaloMyotismon usando os Esporos Negros e mata Arukenimon e Mummymon. O DigiDestined ficou com medo, com exceção de Davis e ExVeemon.

MaloMyotismon tenta os DigiDestinados com ilusões de seus sonhos, mas Davis, cujo sonho era que o ExVeemon poderia se tornar mais poderoso para derrotá-lo, os guia para fora. Os outros seguem seu exemplo, fazendo com que o Digimon duplique todas as Digivolutions. Os ataques de todos os Digimons enviam MaloMyotismon para o Mundo Digital, deixando apenas Imperialdramon, Silphymon e Shakkoumon para enfrentá-lo, enquanto ele aumenta seus poderes.

Assistido por DigiDestined em todo o mundo e as crianças sequestradas, os DigiDestined enfraquecem MaloMyotismon com seus sonhos e Imperialdramon o destrói, terminando o reinado de terror de Myotismon para sempre. Oikawa se sacrifica usando o poder da dimensão Dream World para se tornar dados e restaurar o mundo digital. Vinte e cinco anos depois, todos no Mundo Real têm um parceiro Digimon, e os filhos do DigiDestined têm a responsabilidade de proteger os mundos.