Chase, Adam, Bree e Leo descobrem que Sebastian secretamente formou uma rebelião contra Davenport querendo se vingar pela morte de Krane.

Sebastian e os rebeldes mantêm Leo e seus colegas em cativeiro na área de treinamento.

Depois de tirar escondido um grupo de estudantes biônicos da ilha, Adam, Bree e Chase acidentalmente deixam Spin e Bob para trás

Quando uma série de eventos suspeitos acontece da noite para o dia na academia, todos ficam convencidos de que uma nova ameaça surgiu.

Quando Otis, o cão perdido de Douglas, aparece na ilha, Chase fica severamente alérgico e Adam instantaneamente cria uma ligação com ele. Otis tem uma surpresa para todos.

Sentindo-se excluído quando ninguém o reconhece como o quarto membro da equipe biônica, Leo faz sua própria autopromoção, o que leva a mais alertas de missão do que a equipe pode suportar.

Adam e Chase lideram seus grupos de alunos em uma série de exercícios simulados que avaliarão o desempenho dos alunos e dos mentores.

Quando Leo se machuca durante uma missão, Tasha corre para a academia para cuidar dele. Ela rapidamente percebe o perigo que ele se coloca em missões.

Douglas e Chase trabalham juntos para reanimar uma aranha de uma espécie extinta de aranha do mar. A aranha escapa e coloca toda a academia em risco.

Bree e Chase descobrem que uma estudante biônica tem um aplicativo de comando como o de Chase. Depois que ela começa a aterrorizar a academia, eles ativam Spike para subjugá-la.

Chase e Davenport criam uma nova fonte de energia inovadora e a revelam ao mundo. Enquanto isso, Kaz e Oliver vão para a academia na esperança de que Kaz finalmente consiga poderes.

O principal cientista de Davenport, Dr. Ryan, chega à academia para testar seu mais recente avanço em tecnologia espacial. No entanto, um erro no projeto lança Davenport para o ozônio.

Douglas revela que sua antiga paixão na faculdade, Giselle Vickers, agora é uma grande diretora de cinema e quer fazer um filme baseado em Adam, Bree e Chase.

Depois que Adam, Bree, Leo e Douglas escapam por pouco de serem explodidos no estúdio de cinema, eles precisam rastrear Chase, que foi sequestrado por Giselle e Troy.

Chase e Douglas descobrem que Krane implantou um vírus mortal em todos os estudantes biônicos, incluindo nos três ratos de laboratório originais.

Douglas desenvolve uma nova tecnologia que reproduz a inteligência biônica de Chase e a entrega a alguns dos outros alunos da academia, incluindo Bob.

Davenport dá a Eddy, o sistema doméstico inteligente, um corpo humano sintético, e ele rapidamente se torna um funcionário exemplar trabalhando ao lado de Perry.

Perry traz uma misteriosa caveira de uma ilha vizinha, que pode ou não ser amaldiçoada.

Leo é atormentado pela culpa depois que sua nova habilidade fere gravemente outro adolescente biônico, mas é forçado a recuperar sua coragem quando sua família é colocada em perigo extremo.

Quando Tasha compra ingressos para todos para o grande jogo de futebol da faculdade exceto para Perry, ela fica furiosa.

Todos ficam chocados quando Douglas apresenta um quarto irmão biônico chamado Daniel, que vive uma vida normal com uma família adotiva.

Donald leva todo mundo para uma visita a "Davenportia", a primeira colônia espacial humana localizada em um planeta remoto em outra galáxia. A equipe biônica é ameaçada pelo retorno de um vilão diabólico que tem um plano nefasto de dominar a colônia espacial e destruir toda a vida humana na Terra.

Os alunos da academia desaparecem repentinamente depois de receber uma atualização do sistema operacional. A equipe inicialmente culpa uma falha, mas percebe que os garotos são peões em um plano muito maior.

Os heróis biônicos colocam suas vidas em risco quando enfrentam os captores dos estudantes desaparecidos, uma dupla nefasta que eles reconhecem.