Enquanto são forçados a limpar a piscina da escola, Tomo e o resto do Clube de Ciências tropeçam em uma caverna subterrânea que os leva às Ruínas de Rakuroa. Aqui Tomo tem uma estranha visão de um mundo alternativo. No entanto, antes que ele possa saber mais, o grupo é atacado por Castas Machina guardando as ruínas e Touru tem que aparecer para salvá-los.

Tomo está cada vez mais preocupado com Misao e pede a Shuri e Touru que localizem seu irmão, Naotaka. Em troca, Tomo deve persuadir a reclusa presidente do Clube de Ciências, Tokiya Kagayaki, a voltar para a escola. No entanto, isso não é tão fácil quanto parece, então Tomo leva Misao e Takatsuki para ajudar. Tomo também descobre que Touru e Tokiya têm uma ligação muito trágica com Kurogane.

Tomo, Takatsuki, Misao, An e Higuchi estão todos desfrutando de férias de trabalho na praia, mas não demora muito para que Tomo consiga perturbar Misao. Enquanto isso, Shuri e Ania investigam as ruínas de uma ilha próxima. No entanto, parece que Kagakagari e Kristina também estão interessadas neles, assim como Kyomu Satomi e o Primeiro Conselho Estudantil.

Tomo e os outros são aparentemente salvos pelo irmão de Tomo, Naotaka, e depois acolhidos por Kagakagari e Kristina. Kagakagari revela que as ruínas são os restos de um campo de testes de Asura Machina e que podem conter uma maneira de libertar Bonecas Sepultadas como Kotori e Misao. No entanto, antes que eles possam recuperar o dispositivo, Kyomu chega e tenta usar Ania como refém.

Após um acidente com um pouco de cola de força industrial enquanto treinava para a corrida de três pernas, Tomo e Takatsuki acabam presos juntos pelo resto do dia. Como se proteger a modéstia um do outro e organizar os arranjos para dormir não fossem problemas suficientes, a família de Takatsuki está atualmente sob ameaça de um grupo rival de demônios que estão dispostos a assassiná-los.

Depois de receber um aviso enigmático de seu irmão, Tomo e os outros são atacados por uma mulher misteriosa e são forçados a uma armadilha montada por Hiwako Torishima. O grupo é então salvo por um poderoso Asura Machina e Tomo faz uma séria descoberta chocante sobre seu irmão, Misao e os próprios Asura Machina.

Apesar de ter sido presa por Haruna, junto com Tomo e os outros, Ania é sequestrada pela capanga mascarada de Hiwako. Hiwako então se oferece para trocar Ania por Tomo e o grupo decide que é a oportunidade perfeita para emboscá-la, com a ajuda de Susugihara. No entanto, as coisas dão muito errado quando é revelado que Hiwako, Touru e Tokiya têm trabalhado juntos nos bastidores e até mesmo a aparição de Naotaka não é suficiente para interromper seus planos.

Após o ataque de Hagane, Tomo acorda e se vê sozinho no Primeiro Mundo, sem ideia de como voltar. Ele logo encontra a "Witch of Rakurowa High School", uma filha estranha e versões muito estranhas das pessoas que ele conhece. No entanto, depois de um encontro casual com a irmã de Tokiya, Aki, ele se reencontra com Takatsuki. Ele também aprende mais sobre o acidente do Reator de Gravidade de Supercordas que começou tudo.

Tendo se reunido com Ania, Tomo aprende mais sobre os efeitos que o acidente do Reator de Gravidade de Supercordas está tendo no Primeiro Mundo e o envolvimento de Ania com ele. Mais tarde, quando um grande grupo de Filhas ataca a escola, Aki e Ania são forçados a usar seus poderes demoníacos para proteger aqueles com quem se importam e Tomo descobre que neste mundo ele tem poderes próprios.

Tomo finalmente se encontra com a verdadeira Naotaka e descobre que há uma maneira de salvar o Primeiro Mundo, mesmo sem Hagane. No entanto, o plano é extremamente perigoso e não há garantia de que Tomo e Misao não serão mortos no processo. No final, o plano é um sucesso, mas infelizmente Takatsuki acaba se machucando e não há nada que Tomo possa fazer.

Agora, de volta ao Segundo Mundo, Tomo e os outros descobrem que têm 10 dias até que Tokiya possa colocar seu plano em prática. Tomo também descobre que ele inadvertidamente entrou em um contrato com Takatsuki e que agora eles têm uma Filha, Perséfone. Como se isso não bastasse, Tomo é então nomeado o novo presidente do Terceiro Conselho Estudantil. Infelizmente, não há tempo para lidar com todos esses novos eventos, pois Tokiya encontrou uma maneira de acelerar seu plano e Tomo deve mais uma vez tentar salvar o mundo.

Tokiya conseguiu abrir o portão para o Terceiro Mundo e o Segundo Mundo começou a desaparecer a um ritmo alarmante. Como tal, Tomo e os outros devem ter acesso ao Vórtice Central para confrontar Tokiya e salvar o mundo. No entanto, com Tokiya no controle não apenas de Hagane, mas também de Hisui, Bismuto e Rodonita, isso pode não ser tão fácil quanto parece.

Natsume Tomoharu e os seus amigos vão salvar o mundo. Tokiya Kagayaki quer manter o Ignitor para que ele possa ter um terceiro mundo que tenha Aki, sua amante. Depois que Tomoharu derrotou Tokiya, o Ignitor parece responder ao desejo de Tomoharu e fechou o portão para o terceiro mundo. Depois disso, Ania Fortuna disse a Tomoharu que completou o Splitter. Então ela perguntou se Himazasa e Misao Minakami queriam se tornar humanos novamente e eles o fizeram. Depois disso tudo se tornou normal e todos os demônios se tornaram humanos. Tudo do Primeiro Mundo desapareceu, incluindo as Asura Machinas. Ania e Vivian voltaram aos seus tamanhos normais.