Monstros do "Mirror World" (Mundo dos Espelhos) estão fazendo pessoas desaparecerem subitamente, sem deixar vestígios. Shinji Kido, jornalista iniciante do Jornal ORE, resolve seguir um dos casos e acaba encontrando um deck de cartas, presenciando um evento misterioso e vê um monstro na forma de um dragão. Ele acaba se tornando um "Kamen Rider" e se vê envolvido numa intensa batalha...

Shinji conseguiu fugir do Mundo dos Espelhos, mas desde aquele dia ele vem sendo seguido por um monstro-dragão. Ele acorda na casa dos Kanzaki, com Yui devolvendo o deck que ele encontrou no apartamente onde avistou tal monstro. Logo adiante, Yui recomenda que Shinji faça o pacto com o monstro-dragão para evitar que continue sendo perseguido por ele, podendo seguir sua vida evitando ser capturado.

Em uma de suas andanças, Shinji cruza com um homem misterioso, que logo depois descobre ser irmão de Yui, Shiro Kanzaki. Yui revela a Shinji que ele foi o criador das cartas e seus decks, assim como os Kamen Riders. Shinji fica intrigado e pensa muito nas palavras de Shiro: "Derrote os outros Riders!" Yui chega a duvidar das intenções de seu irmão, porém Shinji confronta Yui...

Aparentemente, Dark Wing, monstro que fez pacto com Ren (Kamen Rider Knight), atacou uma criança, mas será que foi isso mesmo? Apesar das dúvidas de Shinji, o comportamento suspeito de Ren persiste. Shinji tenta argumentar com Yui, mas ela não dá bola para isso, e Shinji então cria coragem para bater de frente com Ren.

Um terceiro Rider dá as caras: Kamen Rider Scissors. Ren suspeita que Tomoyuki Kaga, dono de uma loja de antiguidades, seja a verdadeira identidade de Scissors e vai atrás do seu paradeiro. Logo depois, Knight desafia Scissors para uma luta. Em meio a isso, Shinji se rebela contra Ren, que só pensa em lutar, e pede para que tente dialogar com Scissors.

A pista que chegaria até Scissors que Ren estava seguindo não deu resultado. Yui recebe a visita de um policial, mas... Em meio a isso, Ren lembra sobre as regras impostas por Shiro Kanzaki, que todos os Riders devem lutar entre si, só que Shinj nunca levou tal regra a sério...

A tia de Yui, Sanako, que também é dona da Atori, voltou de uma longa viagem fora do país. Sanako, ao conhecer Ren, não vai com a cara dele e corta ele de cara. Em meio a isso, Shinji tromba com Shuichi Kitaoka, advogado, durante uma entrevista. Logo depois, Shinji e Kitaoka são perseguidos por um grupo misterioso... O que Shuichi esconde?

Sanako, Tia de Yui e que gosta muito de Shinji, tenta convencer que os três (Ren, Yui e Shinji) vivam juntos, mas Ren não aceita essa aproximação de Shinji com Yui. Logo depois, o Sr. Oomori contacta o Jornal ORE avisando que descobriu um "sapo cabeludo". Reiko percebe que algo está errado no local, e nota que naquela região existe uma empresa farmacêutica e um rio que passa por lá...

Shimada Nanako, a gênia dos computadores do Jornal ORE, foi sequestrada. Shinji é instruído a cuidar desse incidente e vai atrás do sequestrador numa casa abandonada nas montanhas. Ele encontra Shimada, porém é atacado do nada por alguém que parece ser o sequestrador, e enquanto ele resistia ao ataque, um monstro surge pelas vidraças da janela...

Ren se fere na lutra contra Zolda (Shuichi Kitaoka). Mais adiante, Shuichi tenta usar sua posição de advogado para manter Shinji na cadeia, mas Ren e seus colegas o coíbem, evitando que ele pare com sua armadilha. Eis que surge Yukari, uma garota que se comunica somente com Goro, servente de Shuichi, que escuta toda a sua história...

O "Final Vent" do Kamen Rider Zolda possui um poder altamente destrutivo... Ren é arremessado de volta ao mundo real com muita intensidade, batendo a cabeça e perdendo subitamente a memória. Em meio a isso, Yui, determinada em acabar com essa batalha dos Riders, decide ir até a Universidade em que seu irmão trabalhava, antes de desaparecer, em busca de pistas de seu paradeiro.

Conforme Ren seguia rumo a Universidade Seimeiin em sua moto, pequenos fragmentos de lembranças passadas voltam em sua mente. Em meio a isso, Yui, que estava na mesma Universidade investigando o "Laboratório Ejima", onde seu irmão passava a maior parte do tempo, é notada por Nakamura, antigo integrante do "Laboratório Ejima".

Ren, com suas memórias recuperadas e com sua vontade de lutar renovada, é confrontado por um homem misterioso. Em meio a isso, Shinji, que estava investigando lendas urbanas, onde uma delas era sobre desaparecimentos dentro de elevadores, se esbarra com Goro em um prédio. Shinji acredita que Goro seja Zolda, o Rider de cor verde, e fala abertamente a ele sobre seu modo cruel e frio de agir.

Zolda sofreu um contra-ataque de Ryuki e foi derrotado. Shinji, que derrotou um Rider pela primeira vez, ficou com isso fixado em sua mente e pretende deixar de ser um Rider. Em meio a isso, Knight não conseguiu derrotar Raia (Miyuki Tezuka), e Miyuki é o único que consegue ver precisamente a hesitação de Ren.

Miyuki teve uma visão: uma batalha entre o novo Kamen Rider e Knight, mas Ren não quer saber das palavras de Miyuki. Em meio a isso, o time da Jornal ORE soube de um rumor sobreu um "homem mascarado" que perambula pela universidade como se fosse um fantasma. Shinji e Yui decidem ir até a universidade, à noite, e o que eles veem lá é...

Knight e Raia seguem Ryuki até o Mirror World, e percebem que Ryuki teve sua carta de contrato roubada por Kamen Rider Gai (Jun Shibaura). Se Shinji não recuperar sua carta de contrato, além de não poder se transformar, se caso a carta for destruída, Shinji pode ser perseguido por Dragreder, o monstro-dragão com qual fez seu contrato.

Knight consegue vantagem sobre Gai e o encurrala, mas é incapaz de derrotá-lo. No estado em que Ren se encontra, Tezuka presume que ele desistiu de ser um Rider e considera que tal ponto será a sua ruína. Em meio a isso, Nakamura, da Universidade Seimeiin, cede ao pedido de Yui e entrega a ela o que restou dos materiais de seu irmão, Shiro Kanzaki. Jun é preso pela polícia devido a seus delitos.

O advogado de Takeshi Asakura, Shuichi Kitaoka, decidiu deixar o caso de Takeshi devido a seu comportamento hediondo. Logo depois, Shiro Kanzaki aparece na cela de Takeshi. Em meio a isso, Shuichi Kitaoka atende ao chamado de Jun Shibaura e o libera da delegacia. Jun, logo após sair da delegacia, já começa a arquitetar para que Ren e Shinji batalhem entre si, além de instigar Takeshi.

Takeshi Asakura está em um restaurante com várias pessoas e faz uma delas de refém. Shinji, que também está lá, começa a trabalhar em conjunto com seus amigos do Jornal ORE para salvar elas todas. Em meio a isso, Takeshi exige a presença do advogado Shuichi Kitaoka, e o mistério paira no ar: será que Takeshi planeja se vingar dele?

Kamen Rider Gai (Jun Shibaura) é derrotado por Kamen Rider Ouja (Takeshi Asakura), e logo depois uma batalha entre Ryuki e Ouja se inicia, mesmo que quem tenha começado tudo antes fosse Ren (Knight). Depois, com uma singela ajuda de Ren, Takeshi Asakura avança para cima de um ponto de vigia policial e fogem deles. Qual será o desdobramento dessa parceria momentânea?

Knight se aliou momentaneamente com Ouja e luta contra Ryuki. Ao lado de Takeshi, Ren mais uma vez arrisca tudo nessa luta. Agora que Shinji sabe de suas razões, ele fica angustiado e só pode chegar a uma conclusão. Em meio a isso, Tezuka notou que há também um enigma em torno de Yui Kanzaki, e junto dela, eles abrem a porta de seu passado selado...

Tezuka conhece Shiro Kanzaki na antiga residência Kanzaki. Shiro pressiona Tezuka com um questionamento a Tezuka, o porquê de ele não lutar. Logo em seguida, Shiro entrega a ele uma carta peculiar com o dizer "Survive", dando a entender para que ele sobreviva. Tezuka, no entanto, decide consultar o futuro das batalhas e prevê sua própria morte. O monstro GoldThunder persegue Tezuka...

Goro foi sequestrado por Takeshi Asakura, enquanto Zolda parte para a batalha contra Knight, tentando esconder um certo abalo em suas convicções. Em meio a isso, Tezuka revela a Shinji sobre como ele se tornou um Rider, fruto de um incidente com um amigo próximo, e por que ele está tentando impedir a batalha dos Riders. Shinji, no entanto...

Kamen Rider Raia é derrotado perante ao ataque de Kamen Rider Ouja. Ouja também sofre um forte ataque de Ren, que estava em sua nova forma, o Knight Survive, mal dando conta de fugir rumo a seu esconderijo. Nesse meio tempo, Reiko estava escondida em seu esconderijo, descobrindo também sobre o passado inesperado de Takeshi Asakura. Shinji e Yui, por outro lado...

Shiro Kanzaki declara que a batalha dos Riders está suspensa. Shinji e Ren perdem a capacidade de se transformarem, não tendo escolha a não ser fazer o que Shiro diz, além do fato de serem atacados pelos monstros, incluindo os que eles fizeram pactos. Em meio a isso, Reiko vai ao encontro do irmão de Takeshi Asakura. Ela tenta persuadi-lo a conversar com Takeshi...

A esperança de Shinji de que até mesmo Takeshi Asakura possa mudar vai para o ralo. Desanimado, Shinji foca o que lhe resta de esperança em Shuichi Kitaoka, mas antes dele mesmo perceber, Kitaoka consegue fazer Shinji se tornar sua "segunda secretária" por conta da ausência de Goro. Em meio a isso, Shinji, que estava tentando mudar os outros, percebe que ele mesmo havia mudado.

Ren deixa de ver Eri, cujo estado de saúde muda repentinamente, para ir lutar. Yui, ciente da determinação de Ren, o desafia para um confronto contra seu próprio irmão, Shiro Kanzaki. Em meio a isso, um garoto chamado Takuya presencia Ren se transformando em Knight. Takuya achou a transformação divertida e planeja ser um Rider, seguindo Ren para poder ter acesso ao seu deck de cartas.

Odin, o 13º Rider, utilizou sua carta, a "Time Vent". Shinji percebe que está no passado, até que o tempo se estabelece em fevereiro de 2002. O tempo passou pelos seus olhos mais uma vez, com os mesmos eventos se repetindo de forma inegável. Shinji tenta desesperadamente resistir a tudo isso enquanto suas memórias vão se apagando, porém...

Reiko acaba aceitando uma oferta de casamento arranjado, e assim que oficializa o pedido, ela é perseguida por um stalker, e desaparece sem deixar vestígios. Os rapazes (Shinji, Kitaoka e Ren) deixam suas desavenças de lado para armar uma operação de resgate, mas...

A ex-secretária de Shuichi Kitaoka, Megumi Asano, decide processá-lo por romper o compromisso de noivado que eles firmaram no passado. Shinji parece estar empolgado, enquanto Reiko está em plena indignação. Goro e Megumi se estranham e armam um duelo de "secretário e ex-secretário" por Kitaoka. Megumi parece esconder algo que Kitaoka desconhece...

Mika Hamasaki é uma garota que sobreviveu sozinha em uma balsa à deriva e sem tripulação. Ela alega ter vistos três monstros... Ren e Shinji, vendo os movimentos escusos de Asakura, entram furtivamente em uma investigação da guarda costeira, porém as pessoas começam a desaparecer novamente e a viagem ao mar vai se tornando um pesadelo sem fim.

Takeshi Asakura não consegue dominar mais os três monstros nos quais ele fez pacto. Ren e Kitaoka creem na autodestruição de Asakura. Shinji, no entanto, pensa que até mesmo exista alguém importante para Asakura, justificando sua existência. Em meio a isso, Reiko segue investigando o mistério que envolve o nome de Shiro Takami, chegando em um professor da época que Shiro morava nos EUA.

Megumi, agora repórter do Jornal ORE, diz a Shinji que viu ele "saindo de dentro de um espelho", e desde que isso ocorreu, Megumi basicamente se tornou a sombra de Shinji, indo atrás dele onde quer que ele fosse. Enquanto isso, Reiko, que vem acumulando constantemente pistas para os casos dos desaparecimentos em série, finalmente tem um "estalo" em sua mente sobre todos esses casos.

Reiko decide ir até a Universidade Seimeiin em busca de pistas sobre "Shiro Takami", chegando na misteriosa "Sala 401". Lá, ela tromba com Nakamura, ex-membro do Laboratório de Pesquisa Ejima, que não diz absolutamente nada. Enquanto isso, Goro tenta evitar um confronto entre Kitaoka e Asakura, mas... E com a vida de Eri em jogo, Ren mergulha numa batalha decisiva e intensa contra Shinji.

Quando Ren descobre que Eri tem poucos dias de vida, ele decide se tornar o último Rider para salvá-la, indo rumo às lutas de forma abrupta e sem consideração perante os outros. A única maneira de salvar Ren seria impedir a batalha dos Riders... Enquanto Shinji busca meios de fazer isso acontecer, um novo Kamen Rider (Kamen Rider Taiga) aparece diante dele.

Eri desperta de um longo coma, e chama Ren, que se comporta de forma imprudente, com o intuito de batalhar. Contudo, Ren, que viveu rapidamente a glória de derrotar Odin, persegue Asakura, que estava sendo transportado pela polícia. Shinji e Yui vão atrás de Ren, mas uma sombra estava à espreita, próxima de Yui, e...

Yui é arrastada para dentro do Mundo dos Espelhos e Ryuki vai atrás dela. Por que será que Yui foi arrastada até lá? Quem é o Rider envolvido nisso? Como Yui conseguiu ficar lá sem acontecer nada, em carne e osso? Shinji fica com as palavras de Tezuka em sua mente: "Fique atento com a Yui Kanzaki."

Eri se encontra em um estado onde não se sabe quando ela vai voltar ao coma, mesmo após um breve despertar. No entanto, Ren deixa de vê-la e não deixa uma palavra pra ela. Em meio a isso, Satoru Tojo, do laboratório da Universidade Seimeiin, decide aceitar um trabalho temporário no bar Atori. Seria isso coincidência ou...

Tiga trai e derrota facilmente o seu colega Alternative. Em meio a isso, Ren, que perdeu Eri, reergueu-se novamente depois de saber que Yui se tornou alvo. Em seu caminho, está o Professor Kagawa, cuja crença inabalável de que Yui deve ser morta por ser a razão de tudo colide com tudo contra a vontade de Ren em defender Yui.

O professor Kagawa explica o que é ser herói enquanto tenta manter sob controle o indomável Taiga. Mas, sabendo que Kagawa tenta matar Yui, Shiro Kanzaki toma a família dele como refém. Kitaoka arma para voltar a ser advogado de Asakura, e o coloca sob rígida detenção, mas…

Satoru Tojo se devota ainda mais a Kagawa, que tentou virar herói mesmo sacrificando a própria família. Reiko vai investigar o laboratório de Kagawa, querendo saber mais sobre Shiro Kanzaki. Satoru tenta eliminá-la, e Kitaoka o enfrenta. E então, o jovem misterioso chamado "Kamen Rider Imperer" começa a agir.

Ren e Shinji tentam proteger Yui, enquanto Kagawa e Satoru tentam matá-la. Enquanto isso, Imperer tenta se auto divulgar. Kagawa, preocupado com a obsessão de Satoru em ser herói, tenta fazê-lo recuperar os sentimentos humanos. Asakura procura por Satoru.

Yui, que controlava os monstros, desapareceu no Mundo dos Espelhos. Alternative Zero tomba diante de Taiga, e Imperer, que perdeu o empregador, corre atrás do próximo, mas é rejeitado por Kitaoka. Satoru aceita o desafio de Asakura, e uma batalha mortal começa.

Com a morte de seu pai, Imperer herdou uma fortuna imensa. Ele tinha virado Rider para ter uma vida boa, e consegue isso da noite pro dia. Mas ele não pode se afastar de seu destino como Rider. Taiga é ferido por Ouja e Zolda.

Taiga, que acha que está mais perto de ser herói porque derrotou Imperer, desafia Ouja de novo. Apesar de Shinji estar deprimido, Yui e os outros fazem os preparativos de Natal. Mas o corpo de Yui começa a evaporar, assim como acontece quando acaba o tempo no Mundo dos Espelhos. Enquanto isso, no Mundo dos Espelhos…

Shinji jurou se tornar um Rider para salvar os outros. Mas, a crise que atingiu Yui não se resume à destruição dos monstros. Shiro Kanzaki está mesmo agindo para salvar Yui? Por outro lado, Taiga convoca todos os Riders pra batalha final.

Ele quer salvar a Yui, cujo destino é desaparecer quando completar 20 anos. Ren trava uma luta feroz com Shinji, que está movido pela decisão de lutar. Diante de um Shinji focado na luta dos Riders sem hesitar, Ren e Kitaoka… Então, Ren se aproxima do passado de Yui. Enquanto isso, o tempo se aproxima do fim.

Faltam três dias para o aniversário de Yui. Shiro Kanzaki diz que o tempo está acabando, convoca os Riders e pede que travem a batalha final. Tudo para evitar o destino de Yui, que é desaparecer em seu 20º aniversário. Então, o passado de Yui é revelado. O que aconteceu 12 anos atrás com os jovens irmãos?

Faltam dois dias para o aniversário da Yui. Reiko vê Shinji se transformando. O Jornal ORE revela o segredo dos Kamen Riders, gerando grande comoção. Kitaoka, prestes a morrer, convida Reiko pra sair. Enquanto os monstros cobrem os céus, o que Shinji deseja como Kamen Rider?

Yui escolheu desaparecer por conta própria. Shinji descobriu seu verdadeiro desejo. Perto de morrer, Kitaoka prefere acertar as contas com Asakura em vez de sair com Reiko. Então, Ren parte para a batalha contra Odin sendo o último Rider. A batalha entre os humanos chamados de Kamen Riders está chegando ao fim.