O Detetive Makoto Hikawa investiga assassinatos inexplicáveis que parecem não serem feitos por pessoas comuns. Em meio a isso, o corpo de dois jovens parece sofrer uma espécie de anomalia sempre que tais assassinatos ocorrem. Esses jovens são Shouichi Tsugami, que possui amnésia, e Ryou Ashihara, nadador profissional. Enquanto Makoto investiga um dos casos, ele se depara com uma estranha criatura.

Uma foto se torna uma pista para um caso cujo filho e seus pais morrem de maneira bem bizarra. Makoto e seus colegas policiais percebem um detalhe curioso contido em tal foto. Logo mais, Makoto se depara com uma criatura e equipa a poderosa armadura G3 para tentar contê-la, porém o misterioso guerreiro "Agito" surge e intercepta a criatura. Outro caso com o mesmo "modus operandis" ocorre.

Um cadáver foi encontrado em um solo do Período Joumon. Não houve sinais dele ter sido escavado e enterrado lá, e a polícia suspeita que isso tenha sido obra de um Unknown. Enquanto isso, Shouichi se diz assustado por conta de seu poder desconhecido. Mesmo sem saber o porquê e que não podia controlá-lo, ele sente que precisa lutar contra algo. Mesmo pertubado, ele vai à luta contra os Unknown.

Shouichi decide deixar a casa dos Misugi após Mana ver sua transformação, deixando uma carta. O Professor Misugi conta a Mana, que estava preocupada, sobre o passado de Shouichi. Enquanto isso, Makoto, que suspeita que um "fenômeno sobrenatural" seja a chave para resolver um de seus casos, decide visitar o Professor Misugi, especialista no assunto. Makoto então conhece Shouichi e Mana.

Os problemas físicos de Ryou estão ficando cada vez piores, uma vez que ele é um dos afetados pelos Unknowns quando iniciam seus ataques. Traído pelo seu treinador, Ryou se vê sozinho e começa a pensar em sua namorada, Mayumi. O Professor Misugi convida Mayumi para ser professora particular de Mana, e após uma carona, ela esbarra com Ryou na porta de casa. Após isso, Ryou cai no chão e...

A primeira vítima dos Unknown é o pai de Mayumi. Ryou diz a Mayumi que ela precisando dele é o que importa, mas quando ele a protege do ataque de um Unknown, Ryou se transforma diante de Mayumi, e ela foge assustada. Em meio a isso, Houjou Tooru, que inveja Makoto por usar a armadura G3, resolve bisbilhotar o passado de Makoto e descobre como ele conseguiu ser o primeiro usuário da armadura G3.

Um garoto misterioso aparece diante de Ryou, que sofre os efeitos de sua metamorfose. Enquanto isso, Shouichi encontra um artigo de jornal no quarto de Mana, que falava sobre a morte do pai dela. O pai de Mana foi assassinado por alguém cerca de 2 anos atrás, e ao ler o artigo, Shouichi tem um flashback e desmaia no quarto dela. Mana acha Shouichi desmaiado em seu quarto e decide ler a mente dele.

Shouichi mal volta para a casa dos Misugi, após ser derrotado por um Unknown, e continua sofrendo ódio de Mana. Ryou segue sendo cuidado por um garoto misterioso e vê um fenômeno acontecer diante de seus olhos. Em meio a isso, Makoto Hikawa se vê abandonado pelos seus colegas, não conseguindo conter sua impaciência. Com isso, Tooru Houjou é designado para ser usuário da armadura G3.

Uma mulher parece conhecer o passado de Shouichi, seu nome é Tomoko Miura. Passa-se um tempo e Tomoko é encontrada morta em um parque, envolta em arames. Makoto Hikawa segue investigando e descobre que ela teria um encontro com... Shouichi Tsugami. Em meio a isso, surge um Unknown que mata pessoas afogadas em ambientes onde a água inexiste. Logo depois enviam Houjou Tooru equipado com a G3.

Shouichi se complica e acaba sendo preso, suspeito de matar Tomoko Miura. Acreditando na inocência de Shouichi, Mana vai até Makoto e pede para que ele solte Shouichi, porém ele diz que não é assim tão fácil. Não tendo escolha, Mana decide utilizar seus poderes para mostrar a Makoto que o culpado não é Shouichi. Tooru Houjou consegue matar o Unknown, porém ele se regenera da última investida...

Tomoko Miura, que conhecia o passado de Shouichi, é assassinada. Mana tenta encontrar pistas do passado de Shouichi junto de Makoto, usando seus poderes secretos nos pertences de Tomoko. Em meio a isso, Houjou deixa de utilizar a armadura G3. Quando um Unknown surge, Makoto e Houjou entram em conflito sobre como resolver o caso.

Makoto, mais uma vez, volta a ser usuário da armadura G3, graças à sua atuação, prevendo o ataque de um Unknown. Em meio a isso, Shouichi enfim conhece Saeko Shinohara, e logo depois Ryo, investigando a morte de seu pai, vai até o encontro dela. Shouichi então conhece Ryo. Ambos desconhecem a verdadeira identidade do outro... Saeko então fala sobre a lenda de um antigo guerreiro sagrado...

Logo chega o aniversário de 17 anos de Mana. Lembrando carinhosamente de seu pai, ela decide visitar a casa em que ele vivia, que hoje é abandonada, e coincidentemente encontra Makoto e seu colega Konno. Konno diz que era o responsável pelo caso que envolveu a morte do pai de Mana, e ele decide rever o caso novamente. Logo adiante, um Unknown aparece diante de Mana e Shouichi...

Shouichi sofre uma picada de um Unknown. Se ocorrer o que houve com outras vítimas, ele será levado à obito em 24h. Nesse mesmo tempo, Houjou estava trabalhando por trás dos panos em um plano para capturar Agito. Enquanto isso, Konno e Makoto decidem rever juntos o caso da morte do pai de Mana. Makoto e Konno divergem sobre quem matou o pai de Mana, e acabam encontrando do nada uma nova evidência.

Uma mulher misteriosa, chamada Aki Sakaki, visita a casa da família Misugi. Ela diz ser uma empregada enviada pelo Sr. Misugi, que viajou para uma conferência acadêmica. Em meio a isso, Houjou consegue aprovar sua proposta chamada "Plano para capturar o Agito" conforme a nova evidência sobre a morte de Nobuyuki Kazaya, pai de Mana, abre uma luz para sua solução.

Aki, que ficou de empregada na casa dos Misugi, parece conhecer Shouichi... Makoto e Ryo se aproximam dela, como se tivessem sido atraídos até ela. O que será que ela sabe sobre o incidente Akatsuki? E sobre Shouichi se transformar em Agito? Para quem ela está dizendo sobre tudo o que ela conhece?

Aki confessa que era namorada de Shouichi antes dele sofrer amnésia. Em meio a isso, Ryo se transforma e luta para proteger Aki, entrando em colapso por causa dos efeitos secundários de sua transformação. Aki, de alguma forma, decide contar seus segredos somente a Ryo. Enquanto isso, o DPM consegue prever que Aki é a próxima vítima dos Unknowns, inaugurando sua missão de capturar Agito.

O "Plano de Captura do Agito" é iniciado, porém no lugar de Agito, surge Gills. Em meio a tentativa de captura, Gills é quase morto porém escapa. O fracasso da captura atinge o setor responsável pelo G3, e um inspetor foi chamado para integrar o DPM: Ryuuji Tsukasa, da Agência Nacional de Polícia. Ryuuji diverge da opinião de Makoto e seu time sobre os Unknowns e questiona a existência do G3.

Ryuuji, inspetor da Agência Nacional de Polícia, começa a trabalhar com Makoto e seus colegas no caso de um Unknown. A avaliação de Ryuuji sobre os colegas de Makoto perante seus superiores pode acarretar no fim do atual grupo do Sistema G3. Em meio a isso, Makoto investiga a morte de Hanamura, ex-chefe de Shouichi, que deixou para Shouichi a tarefa de seguir com sua panificadora.

Depois de escapar da operação que visava capturar Agito, Ryo, que parecia estar à beira da morte, consegue chegar até o apartamento de Aki. Porém, quem estava lá era Shouichi. Em meio a isso, Aki, que acredita que Ryo (Gills) já está morto, se junta aos membros que sobreviveram ao "Incidente Akatsuki". Logo mais, um homem misterioso se aproxima de Aki e diz a ela sobre seus poderes adormecidos...

Aki decide vingar a suposta morte de Ryou após cruzar com um homem misterioso. Um policial é morto e Tooru Houjou é ferido por um Unknown. Shouichi persegue tal Unknown e se depara com Aki e fica feliz em vê-la, porém ela se comporta de forma fria. Logo mais, Ryou se recupera devido aos cuidados de Shouichi, e se depara com Aki. Shouichi e Ryou têm seus caminhos cruzados como Agito e Gills e...

Ryou, crendo que Aki foi morta por Agito, se transforma em Gills e parte para cima dele. Makoto, vestindo a G3, parte para o local que ambos lutam para auxiliar Agito, mas acaba sendo impedido por Gills, deixando a G3 bem destruída. Para preencher o vazio deixado pela G3, o DPM dá início ao desenvolvimento do Sistema V1, encabeçado por Houjou. Com isso, Sumiko corre para produzir o upgrade "G3-X'.

Com um protópito do upgrade G3-X, Makoto perde a consciência durante uma simulação dele. Em meio a isso, o Sistema V1 foi utilizado em meio a uma série de estragos devido à contínua fuga de um Unknown, obtendo resultados satisfatórios. Ozawa Sumiko, que está um passo à frente, decide que Makoto Hikawa não é adequado como usuário do G3-X, tentando encontrar uma nova pessoa pro G3-X.

Makoto, equipado com a G3-X, foi com tudo para cima de Houjou Tooru, trajado com o Sistema V1, e logo após isso saiu para derrotar um Unknown. O problema é que Makoto não estava ciente de suas ações durante tudo isso. Estaria com defeito a G3-X ou existe um problema com Makoto? Em meio a isso, Shouichi tem o mesmo sonho todos os dias: uma mulher acena e sorri para ele na praia... Quem é ela?

O novo usuário do G3-X é ninguém menos que Shouichi, isso a pedido de Makoto. Shouichi obtém sucesso, derrotando um Unknown utilizando a G3-X, provando o sucesso do novo upgrade. Makoto diz estar pronto para aceitar qualquer punição pelo ato de deixar um civil trajar a G3-X, deixando aberto a chance de Houjou utilizar a G3-X. Com isso, Houjou passa a ter interesse em Shouichi e lhe faz uma visita.

Shouichi recupera suas memórias do passado devido a fúria de Gills naquela fatídica luta. Entretanto, a família Misugi não tem consciência disso porque Shouichi está agindo da mesma maneira de sempre. Quando Mana finalmente percebe, Shouichi decide deixar a casa dos Misugi. Shouichi deixa a casa com uma única coisa em mãos: o envelope que ele tinha consigo quando foi encontrado desacordado.

Katsuhiko Sagara e Masumi Sekiya, sobreviventes do Incidente Akatsuki, foram salvos por Gills quando foram atacados por um Unknown. Katsuhiko leva Ryou de volta ao seu apartamento, onde ele desmaia após uma luta. Masumi odeia Ryou como um ser sinistro e tenta matá-lo. Em meio a isso, Shouichi recupera sua memória e finalmente encontra Tetsuya Sawaki, sem saber sua verdadeira identidade.

As memórias do passado de Ryou fluem pela sua mente assim como a luz flui naturalmente. Ryou foi traído por pessoas que o rodeavam, não tendo escolha senão ter seu corpo amaldiçoado, que estava se transformando em um monstro deformado. Durante esse processo, Ryou cruza com Kazuki, um garoto que está fugindo da polícia sem saber o porquê disso.

Um homem foi morto por um Unknown. Ele era um lendário arrombador de cofres que havia causado alvoroço alguns anos antes com seu irmão ladrão. Encontrar seu irmão, não só o protegeria do ataque dos Unknowns, mas também ajudaria a capturar um outro criminoso procurado, matando dois coelhos com uma cajadada só. Makoto Hikawa está determinado, porém não consegue encontrar nenhuma pista.

Houjou Tooru toma a frente da investigação da morte do pai de Mana, Nobuyuki Kazaya, morto dois anos atrás. Houjou notou uma similaridade com o caso de um policial morto por Aki Sakaki, crendo que o caso de Nobuyuki pode ser a chave para resolver os casos envolvendo os Unknowns. Em meio a isso, Tetsuya Sawaki, o homem misterioso que libertou os poderes de Aki, tenta reviver Ryou.

Mana se questiona se ela mesma não acabou matando seu pai, Nobuyuki, com seus poderes psíquicos. Essa suspeita cresce a cada momento depois que conversou com Houjou. Logo depois, Mana é levada por uma pessoa em um carro. Essa pessoa é Katsuhiko Sagara, um dos passageiros que estava presente no "Incidente Akatsuki".

Tetsuya Sawaki leva Mana até Ryou Ashihara com o intuito de revivê-lo. No entanto, mesmo com seus poderes, nada acontece. Em meio a isso, uma mudança drástica acontece com Masumi Sekiya logo após ela sair do apartamento...

Ryou Ashihara (Gills) reviveu graças ao poder de Mana. Makoto Hikawa, o G3, fica surpreso ao testemunhar Gills voltar a ser Ryou, vendo que aquele ser era mesmo um humano… Enquanto isso, Shouichi se lembra de um terror indescritível na visão monstruosa que surge do corpo de Masumi Sekiya. Um flashback de uma lembrança do passado ocorre em sua mente. Afinal, o que aconteceu a bordo daquele barco?

Ryou e Shouichi descobrem um o segredo do outro, que Ryou é Gills e que Shouichi é o Agito. Shouichi fica feliz em encontrar alguém similar a ele. No entanto, Shouichi ainda mantém seu medo devido à "existência" dos Agito. Mana se preocupa com Shouichi e pede a Ryou para protegê-lo. Shouichi e Ryou tem um embate, mas Ryou, no entanto, percebe que o real inimigo é alguém que ele menos espera...

Determinado e focado, Shouichi realiza uma transformação e ganha uma nova forma. Logo depois, Shouichi decide voltar para a casa dos Misugi, voltando a fazer o de sempre: cuidar da limpeza da casa. Em meio a isso, Ryou encontra uma mulher que foi atacada por um Unknown, que logo é salva por um homem misterioso: Kaoru Kino. Kaoru Kino é a pessoa que mexerá bastante com o destino de todos eles...

Kaoru Kino é um cirurgião de renome, e ele se transforma em um novo Agito para proteger Ryou e Kouji Majima de serem atacados por um Unknown. Ryou estava procurando um motivo para viver, e decide lutar ao lado de Kino. Logo depois, Ryou e Shouichi unem suas forças para lutar contra um diferente tipo de Unknown que dá as caras...

Kino e Ryou lutam entre si. Makoto e Houjou correm até essa luta entre Kino e Ryou e testemunham aquele "Agito" voltando à sua forma humana, que é ninguém menos que Kino. Makoto fica também fascinado em saber que Kino é médico e salva vidas, e logo depois percebe que ele já se encontrou antes com Kino no "Incidente Akatsuki". Houjou no entanto segue mais uma vez com o seu "Plano de Captura".

Ryou é levado até o hospital e Kino decide intervir, mas logo sente seu braço trêmulo e Ryou é poupado. Além disso, Shouichi é finalmente capturado por Houjou, sendo submetido a diversos interrogatórios, sendo suspeito de ser Agito. Enquanto isso, Makoto e Sumiko Ozawa divergem sobre o fato de Kino ser um Agito. Sumiko Ozawa crê que possa haver mais Agitos à solta.

Shouichi se transforma em Agito diante de Sumiko Ozawa. Shouichi (Agito) e Kaoru Kino (Another Agito) lutam... Sumiko pondera se deve contar ou não a verdade para Makoto, que foi traído por Kino. Em meio a isso, Tetsuya Sawaki diz a Kouji Majima, que quer salvar de alguma forma Ryou, que existe uma única maneira para isso...

Ryou retorna das profundezas do desespero que estava entranhado em sua mente e se transforma em um novo "Gills" (Exceed Gills). Kino (Another Agito) se assusta com tamanho poder e sofre ataques poderosos de Ryou. Em meio a isso, Makoto se assusta ao saber da verdadeira identidade de Agito, que é Shouichi... E Houjou vai se esvaindo aos poucos de sua angústia acumulada por causa de Sumiko.

Makoto ainda está surpreso por Shouichi ser o Agito, e aos poucos essa surpresa vai sendo diminuída, e ele segue tendo uma má impressão de Kaoru Kino, e ainda sente que ele não pode fazer parte desse "mundo" dos Agito. Shouichi, por outro lado, quer se encontrar com Kaoru Kino. Ryou crê que a paz e serenidade que Shouichi carrega consigo possa ajudar Kaoru Kino.

Shouichi recupera sua memória durante uma batalha decisiva que ele travava contra o Unknown que ele viu surgir no "Incidente Akatsuki" (Lorde El da Água). O que será que aconteceu exatamente nesse incidente e com Shouichi e as pessoas que estavam a bordo?

Shouichi se lembra de tudo o que ocorreu em seu passado e o que houve no "Incidente Akatsuki", e luta contra um Unknown poderoso (Lorde El da Água) numa fervorosa batalha. Ao voltar para a casa dos Misugi, Shouichi é bombardeado com perguntas a respeito de seu passado. Mana, no entanto, está preocupada com uma visão que ela teve ao ver Shouichi próximo do exato momento em que seu pai morre.

Shouichi fica surpreso em saber que Nobuyuki Kazaya, pai de Mana, e sua irmã Yukina eram próximos. Com seus pensamentos a mil, ele decide ir falar com Houjou e depois vai até Tetsuya Sawaki. Em seguida, o "misterioso jovem" (Overlorde das Trevas) que tirou o poder do Agito de Kaoru Kino decide ir atrás de Ryou e também de Shouichi...

Logo após Kaoru Kino, o "misterioso jovem" (Overlorde das Trevas) rouba o poder do Agito de Ryou. Seu próximo alvo é Shouichi, que está com a mente voltada para uma única coisa: a relação entre sua irmã Yukina e a morte do pai de Mana, Nobuyuki Kazaya. Shouichi fica confuso, sem saber o que fazer. Em meio a isso, Makoto obtém alta do hospital e volta ao trabalho, porém sente mudanças em seu corpo.

Shouichi decidiu abdicar do poder de Agito por conta própria. Ryou e os demais argumentam com Shouichi o porquê disso, mas Shouichi diz que agora eles devem viver apenas como pessoas normais, ou seja, humanos. Enquanto isso, Houjou percebe que Makoto está com problema na visão, e Makoto pede a ele que não conte para ninguém. E mais adiante um novo Unknown dá as caras e volta seus olhos para Mana.

Passou-se um mês desde a morte de Kaoru Kino. Desde a última batalha, não houveram mais casos de morte envolvendo os Unknowns. O alto escalão da polícia, considerando a possibilidade dos Unknowns serem extintos, decidem encerrar as atividades da equipe do G3. Makoto é transferido para a Divisão Primária de Investigações. Já Shouichi e Ryou estavam começando uma nova história em suas vidas...

Gills luta contra um Unknown (Lorde El do Vento) e sofre contra seu imenso poder, porém o monstro não o mata e deixa o local rápido feito o vento. Mais pra frente, Agito luta contra ele em sua nova forma (Burning Agito). Makoto Hikawa, em meio a isso, investiga uma série de suicídios e percebe que eles possuem algo em comum: as vítimas são do signo de Escorpião.

Shouichi, usando sua nova forma como Agito (Burning Agito), não consegue lidar contra um Unknown (Lorde El do Vento). Em meio a isso, Houjou Tooru teoriza que, agora, os Agitos podem ser uma ameaça ainda maior que ao dos Unknowns. Com isso, o que será que pode acontecer com Shouichi, que é um Agito?

A Unidade G3 foi designada para proteger os Unknowns, e Makoto e Ozawa são transferidos contra a vontade deles. Ryou comemora seu aniversário sem pensar muito a respeito, porém Risa quer celebrar mesmo assim. O que ela desconhece é que ela está na mira de um Unknown (Lorde El do Vento) por ser escorpiana. Kana, que trabalha com Shouichi, sente que algo de errado acontece com seu corpo e...

Makoto estava para embarcar rumo à sua cidade natal, mas hesita em ir, surpreendendo Ozawa. Shouichi segue firme para a batalha final contra o "jovem misterioso" (Overlorde das Trevas) enquanto Ryo ainda não retorna da luta anterior que teve contra um Unknown (Lorde El do Vento). Será que Agito (Shouichi) será capaz de salvar a raça humana ou um novo futuro será traçado para ela?