Mari Sonoda estava em Kyushu, carregando consigo uma maleta enviada pelo seu pai, presidente da Smart Brain. Ela segue viagem até Tóquio para entender o porquê de carregar tal maleta. Em Tóquio, Yuji Kiba sofre um acidente severo e é dado como morto, mas volta à vida misteriosamente. Mari é atacada por uma criatura, e ao trombar com Inui Takumi, ela o faz usar um cinto contido na maleta.

Takumi é transformado em Kamen Rider Faiz e derrota a criatura, demonstrando nenhum interesse nelas e no cinto em si, se importando somente com seus pertences. Mari decide confrontar Takumi, tentando convencê-lo a seguir com ela. Em meio a isso, em Tóquio, Yuji Kiba descobre que se tornou um Orphenoc, conseguindo descobrir com seus poderes que tramaram para ele enquanto esteve em coma.

A "Smart Lady", secretária do presidente da Smart Brain, chega até Yuji e entrega a ele um recado do próprio presidente. Em meio a isso, Keitaro, um jovem de bom coração, surge diante de Mari e Takumi, decidindo acompanhar ambos em sua jornada. Keitaro troca mensagens com Yuka, uma garota que sofre rejeição dos pais e que sofre bullying no colégio em que estuda.

Yuka sofreu um ataque em uma ponte, nevava forte, e acaba morrendo ali. Ela volta à vida depois de um bom tempo, sem perceber que se tornara um Orphenoc. Em Kyushu, Takumi e Mari, junto de Keitaro, continuam sua jornada. Keitaro continua trocando mensagens com Yuka. Em meio a isso, Akai e Midorikawa, dois Orphenocs, recebem instruções da Smart Lady sobre a localização do cinto que está...

Mari, Takumi e Keitaro chegam em Tóquio, indo em direção a Corporação Smart Brain. Chegando lá, eles não conseguem um encontro com o pai de Mari por não terem marcado um horário. Já Yuka e Yuji são recepcionados pela Smart Lady, ambos indo ao encontro de um homem chamado Eiichi Toda. Ele ensina a ambos sobre a guerra dos humanos e os Orphenocs, se assustando com a frieza de Eiichi Toda.

Yuji e Yuka ficam cientes do que é ser um Orphenoc quando Toda se transforma em cinzas diante deles. Enquanto isso, Naoya Kaido está super perplexo com as mudanças em seu corpo, mas ele usa o poder de Orphenoc para punir aqueles que têm gozado com ele até então. Mari e Takumi tentam entrar na Smart Brain novamente...

Mari e Keitaro começam a dar o primeiro passo em direção aos seus respectivos sonhos. Mari vai até o salão de beleza onde planeja trabalhar, e Keitaro tenta ajudar os clientes na loja da lavanderia. Takumi, no entanto, não consegue entender seus sonhos. Yuka, que tem seguido Naoya Kaido, visita uma escola de música, e Takumi também é levado por Keitaro até essa mesma escola de música...

Mari sonha em se tornar cabeleireira, e Kazuhiko sonha em tocar violão. Por outro lado, Naoya Kaido, que diz ter sorte de ser um Orphenoc e que jura vingança contra os humanos, ainda é incapaz de desistir de seu sonho. Yuka vê através dos sentimentos dele...Yuji também está preocupado com Naoya Kaido. Quem deu fim ao sonho de Naoya? Será que ele será capaz de se recuperar como ser humano?

Yuji, que se tornou Orphenoc e que não quer perder seu coração humano, tenta proteger os seres humanos com esse poder. No entanto, Naoya foge "desse" Yuji. Em meio a isso, a Smart Brain envia mensagens para Mari, dizendo que o presidente quer vê-la o mais rápido possível. Mari deixa transparecer seu nervosismo perante isso, mas ela vai até lá com o apoio de Takumi.

Naoya Kaido recebe o Faiz Gear de Kyoji Murakami, o novo presidente da Smart Brain. Murakami tem uma missão: derrotar os Orphenocs que se rebelam da causa principal, e um deles é Yuji Kiba, que quer proteger humanos, e Yuka Osada teme toda essa situação... Em meio a isso, Mari recebe uma mensagem de texto em seu celular com uma foto de uma reunião antiga da escola que frequentava...

Naoya Kaido falha em seu duelo contra Yuji, fazendo o Faiz Gear voltar para as mãos de Takumi. Murakami se prepara para recuperar o Faiz Gear de volta: ele solicita ajuda dos três membros do Bar Lucky Clover, que é o pilar de seus planos na Smart Brain. Enquanto isso, Mari recebe uma nova foto: um outro cinto existente, e o remetente é seu antigo colega, Inukai. Mari então decide...

Um Rider misterioso surge diante de Faiz, sendo inclusive salvo por ele do Orphenoc Crocodilo. Investigando as mensagens recebidas em seu celular, Mari se encontra com um grupo de estudantes que foram graduados no "Curso Ryusei", uma escola criada pelo seu pai, antigo presidente da Smart Brain. Mari e Takumi aprendem sobre o outro Rider e a maldição de seu cinto (Kaixa Gear). Seu nome é...

Mari e sua trupe procuram por pistas relacionadas a Masato, um dos estudantes do Curso Ryusei, e sobre o que ocorreu no dia da reunião deles. Eles chegam até a universidade em que Masato estuda. Depois de se confundir, o verdadeiro Masato que eles procuram é o "capitão" que não vai com a cara de Takumi. Logo depois, o Orphenoc Crocodilo dá as caras, e Masato decide utilizar o Kaixa Gear.

Aparentemente, Masato não sentiu nada em seu corpo depois de se tornar Kaixa, se tornando a pessoa ideal para usar o Kaixa Gear. Enquanto isso, Naoya Kaido, que se apaixonou por Mari, decide ir até ela para se declarar, só que Mari não tem interesse nenhum nele. O Orphenoc Crocodilo surge para dar fim em Takumi (Faiz), assim como Takuma também faz sua investida contra os Orphenocs traidores.

Takumi é derrotado pelo Orphenoc Crocodilo, e cai no rio. Keitaro e Masato vão à sua procura, porém encontram Yuji Kiba, que também fora derrotado por outro Orphenoc, próximo à margem do rio... Em meio a isso, Yuka Osada e Naoya Kaido encontram o próprio Takumi em outro lugar do mesmo rio. Contrariando a vontade de Naoya Kaido, de abandonar Takumi onde foi achado, Yuka decide resgatar...

Uma faísca é gerada entre Faiz (Takumi) e Kaixa (Masato) e ambos lutam entre si. Kaixa é derrotado e desfaz a transformação diante de Mari e Keitaro, com ambos suspeitando das ações de Takumi. Logo depois, Takumi se encontra com Yuka e decide abordar o dilema sobre ela ser Orphenoc (atacar humanos) e ao mesmo tempo querer viver como humana.

Takumi está ciente que certos Orphenocs possuem um "coração humano" e segue incapaz de lutar, fazendo com que Keitaro e Mari percam a confiança nele depositada. Em meio a isso, Morishita, amigo de Yuji, que foi atacado por um Orphenoc, acorda desse incidente na casa de Yuji. Yuji fica desapontado com Morishita por conta da sua vingança em encontrar o assassino de Chie, sua irmã.

Estava surgindo muitas roupas sujas na lavanderia por conta de alguém estar jogando barro nelas. Para Keitaro, roupas "brancas" e limpas remetem à plena felicidade, e indignado com isso, ele vai atrás do responsável, e descobre que a culpada é Keiko, uma garotinha. Em meio a isso, Kyoji Murakami ordena que a Smart Brain colete informações sobre algumas seletas crianças, e Keiko está...

Keitaro se isola em sua casa, dizendo ser incapaz de salvar Keiko, que sumiu em meio à luta de Faiz (Takumi) contra o Orphenoc Cavalo (Yuji). Keiko se esbarra com Yuka, e é levada por ela e Yuji para tratar de uma ferida, mas Keiko não se relaciona com eles, e logo mais decide fugir da casa deles. Será que Keitaro conseguirá ajudar Keiko e fazer com que a mãe dela se lembre de Keiko?

Keitaro recebe como cliente na lavanderia um dono de uma pizzaria onde todos os funcionários resolveram se demitir, e ele topa trabalhar lá por meio período para ajudar. Depois de certos eventos, Takumi e Yuji também acabam indo trabalhar nessa mesma pizzaria. Logo mais adiante, cada um deles é perseguido por Orphenocs e ambos resistem ao confronto, porém Takumi se desestransforma...

Takuma (Orphenoc Centopeia) rouba o cinto de Takumi e se transforma em Faiz para dar fim nele e em Yuji, mas é impedido por Saeko (Orphenoc Lagosta). O próximo alvo de Takuma é Masato, que tem em sua posse o Kaixa Gear. Takumi consegue fugir da investida e deixa uma mensagem para Masato, avisando que perdeu o Faiz Gear. Logo adiante, Takuma parte para cima de Masato, utilizando o Faiz Gear.

Masato, que sumiu por um tempo, volta para a lavanderia. Mari e os demais o questionam para saber o porquê, mas ele se recusa a responder. Quando Mari decide pressioná-lo, Masato decide revelar seus sentimentos por ela, pedindo depois conselhos a Takumi, porém Masato escuta tudo. Em meio a isso, Saeko e Takuma começam a procurar por pessoas para substituir a ausência de Mr. Jay no...

Yuji e Masato descobrem o segredo um do outro, e nesse meio tempo, Yuji é atacado por um Orphenoc que revela querer se tornar novo membro do Lucky Clover. Masato entra em ação e derrota tal Orphenoc, arrancando informações sobre o Lucky Clover. Conseguindo tais informações, Masato decide ir até o Lucky Clover, oferecendo-se como novo membro para eles, falando diretamente com Murakami.

Faiz (Takumi) e Kaixa (Masato) lutam contra os membros do Lucky Clover, porém Kyoji Murakami dá as caras para intervir e oferece uma vaga do Lucky Clover a Masato, e ele logo recusa a oferta, e ambos os lados mais uma vez se veem divididos. Takumi, observando a situação, decide questionar Masato, mas ele apenas diz que: "Meu passado é igual ao da Mari".

Takumi e Masato passam por maus bocados quando são confrotados por Takuma e Saeko, que utilizam seus cintos. Masato é sequestrado por eles, mas Takumi é salvo por Keitaro e Mari ao jogarem a vã para cima de Takuma e Saeko. Ao acordar dentro da Smart Brain, Kyoji Murakami quer saber o que Masato sabe do Curso Ryusei, mas ele ameaça Saeko e logo depois foge com a ajuda de Takumi e seus amigos.

Os almoços calmos na casa de Keitaro mudaram repentinamente quando o assunto à mesa se voltou para o pai de Masato. Em meio a isso, Rina liga para Masato, que de forma despretensiosa, menciona algo sobre "O Cinto do Delta", deixando Takumi e Mari sem reação. Todos eles decidem sair para ver do que se trata, deixando Keitaro sozinho, que contrata alguém para trabalhar meio período na...

Os estudantes do Curso Ryusei brigam entre si, onde cada um quer ter em mãos o grande poder que o Delta Gear detém. Takumi, que observa a situação, tenta forçar Mari a sair deste círculo que envolve todos do Curso Ryusei. Em meio a isso, Keitaro vai se encantando com sua nova funcionária, Kimura. Durante uma de suas entregas, surge diante deles Yuka Osada... O que vai acontecer?

Mari, Masato, Rina e Takumi se decepcionam ao saber que Sawada, um dos outros alunos do Curso Ryusei, se tornou um Orphenoc. No entanto, Sawada não tinha consigo o Delta Gear. Mari pede a Masato para que se encontre com Sawada para conversarem, mas Sawada é irredutível e decide tirar a vida de Mari. Masato então se transforma em Kaixa para impedir que isso aconteça, mas logo mais...

Saya Kimura, uma das alunas do Curso Ryusei, foi morta e logo depois descobriu-se que ela tinha consigo o Delta Gear. Mari fica muito sentida com isso, e Masato tenta consolá-la, enquanto Takumi Inui fica sem palavras. Em meio a isso, Sawada, que obteve o Delta Gear, consegue se tornar membro do Lucky Clover. Kitazaki (Orphenoc Dragão), que utilizava o Delta Gear, lança um desafio, almejando...

Finalmente Takumi e Yuji descobrem cada um suas respectivas identidades, e isso ocorre em meio a uma investida de Kitazaki (Orphenoc Dragão), transformado em Kamen Rider Delta. Após fugirem da investida, cada um toma seu rumo, ficando um sem entender o motivo do outro. Takumi decide conversar com Yuka Osada, enquanto Yuji também conversa com Mari, onde cada um questiona a humanidade do outro.

Yuji e Takumi seguem desconfiando um das ações e razões do outro, mas ambos sequer percebem que estão para cair em uma nova armação arquitetada por Masato. Em meio a isso, Takuma, no Luckly Clover, quer tentar sair fora dos joguinhos de Kitazaki. Saeko, que sempre banca a "mãezona" do grupo, percebe que o "coração humano" de Sawada persiste nele por causa de seus sentimentos por Mari.

Mari se recusa a aceitar o conselho de Masato, sobre não confiar em Sawada. Takumi no entanto diz a Masato que ele quer apostar nas palavras de Mari. Saeko (Orphenoc Lagosta) fica sabendo que Sawada protegeu Mari da investida de outro Orphenoc e tenta castigá-lo por suas ações, porém Sawada não aceita essa interferência. Sawada se encontra com Mari e...

Mari sofre um sério golpe do Orphenoc Aranha durante a conversa com Sawada, deixando sua situação crítica. Takumi (Faiz) e Yuji Kiba (Orphenoc Cavalo) se encontram no hospital, e como ambos estão brigados, eles mudam de local para ter um outro tipo de "conversa". Masato avisa aos membros do Curso Ryusei e pede para irem até o hospital onde Mari está e conta a eles da situação dela.

Todos ali presentes pediram pelo melhor, mas o inevitável ocorreu: Mari morreu, não recobrando consciência depois da investida que sofreu. Takumi entra em colapso por conta disso e decide ligar pra Yuji para que ambos acertem as contas. Em seguida, Masato decide ir até a Smart Brain para tentar recuperar a vida de Mari em troca dos três cintos. Em meio a uma batalha, Takumi se enfurece e...

Takumi enfim se tornou um Orphenoc... Tudo isso com o propósito de se juntar ao Lucky Clover e ter acesso às instalações da Smart Brain, revelando a verdade para Masato e Keitaro, que ficaram chocados - era para reviver Mari. Masato, no entanto, não consegue entender por que motivo Takumi e Yuji lutam contra os Orphenocs, sendo que eles também são Orphenocs.

Mari foge desesperada ao saber que Takumi é um Orphenoc. A imagem do Orphenoc Lobo colide com as memórias turvas do passado e isso fica remoendo em sua mente. Takumi é levado à Smart Brain, e lá, Kyoji Murakami mostra a ele um achado: um vídeo que mostra o que ocorreu com os membros do Curso Ryusei. Qual será o conteúdo do vídeo?

O confronto entre o Orphenoc Lobo (Takumi) e Faiz (Yuji) dá-se início em meio aos gritos de Mari. Yuji fica perplexo com a situação, mas ele ainda crê que Takumi está lutando propositalmente para ser derrotado por ele, pois Takumi havia dito a Yuji, quando lhe entregou o Faiz Gear, que Yuji deveria usar este cinto para derrotá-lo se a situação chegasse nesse ponto. Logo depois, Masato...

Kaixa (Masato) tenta dar um fim no Orphenoc Lobo (Takumi), mas Yuji (Faiz) intervem a tempo. Em meio a isso, Takumi foge, porém Saeko aparece. Masato está determinado em acabar com Takumi, mas Mari e outros vão contra sua postura. Masato começa a dizer a razão pela qual sente imenso ódio por Takumi: o Orphenoc Lobo estava presente no dia do ataque que eles mais o Curso Ryusei sofreram no...

Rina liga para Masato e pede para ele salvar Takumi da investida poderosa do Orphenoc Rosa. Masato corre até o local com Yuji, com ambos se transformando em Kaixa e Faiz para conter essa investida, mas o Orphenoc Rosa desaparece sem deixar vestígios. Em meio a isso, Mari tenta forçar Kusaka a dizer a verdade sobre o que ocorreu no dia do ataque aos membros do Curso Ryusei, mas ele desconversa.

Takumi recebe um upgrade e agora está usando a Faiz Blaster Form, derrotando Kitazaki, que permanece vivo. Mari pede que Takumi volte para casa, mas Masato segue relutente, impedindo Mari. Logo depois, Sawada surge diante de Takumi, e o dilema de ambos vira o assunto central: continuar ser humano ou continuar a ser Orphenoc.

Mihara, Masato e Takumi, determinados, se transformam juntos em Riders para confrontar os membros do Lucky Clover. Em meio a isso, o Detetive Sawamura percebe que a única sobrevivente do antigo massacre do time de basquete de uma escola foi Yuka. Quando Sawamura consulta seu colega Sueno, surge um homem que pede a ambos que parem a investigação que estão fazendo.

A polícia começa sua caça pelos Orphenocs, começando pela Orphenoc Garça (Yuka), mas ela se rebela e desfere um ataque em todos os policiais. De volta em casa, Naoya Kaido, ao saber do ataque de Yuka, incentiva ela a se entregar para a polícia, e... Yuji Kiba decide tentar fazer um pacto com a polícia para evitar novas capturas, além de tentar trazer Yuka de volta.

Takumi tenta proteger um Orphenoc que salvou Yuka, gerando revolta em Masato. Masato diz a Takumi que, enquanto eles tiverem em suas mãos os três cintos de transformação, eles devem destruir os Orphenocs. Em meio a isso, Yuji entra em confronto com a polícia para proteger Yuka. Logo depois, querendo evitar problemas com Naoya Kaido, Yuji pede a Takumi que escondam Yuka na casa de Keitaro.

Keitaro percebe que Yuka é a garota que ele conversava pelo celular há tempos, e além disso, descobre que ela... Keitaro inicialmente hesita, mas de cara decide aceitar Yuka como ela é, e Yuka chora de felicidade. Yuji, no entanto, fica indeciso entre defender e ser um humano ou aceitar que é um Orphenoc e conta pra Takumi que mudou de opinião. Takumi tenta animar Yuji, mas...

Yuji descobre sobre a morte de Yuka, entrando em colapso e desmaia logo em seguida. Takumi também descobre sobre Yuka, indo até Keitaro, sem falar a ele sobre a morte dela. Em meio a isso, Masahiko Minami contacta Kyoji Murakami e diz a ele sobre uma descoberta a respeito dos Orphenocs. Kyoji vê o conteúdo da mensagem e pede que o Lucky Clover destrua imediatamente os laboratórios de pesquisa

O antigo presidente da Smart Brain, Hanaga, reaparece e escolhe Yuji para ser o próximo presidente, com a mentalidade de que os Orphenocs devem ser destruídos. Em meio a isso, Kyoji Murakami, deposto da presidência da Smart Brain, usa sua última cartada e decide ir até até Takumi e seus amigos para que se aproximasse do Rei dos Orphenocs, e uma batalha intensa ocorre entre todos ali.

Yuji, como presidente da Smart Brain, chama Takumi e seus colegas para unirem forças contra o Rei dos Orphenocs, que se alimenta de outros Orphenocs para se desenvolver. O velho dilema entre Yuji (viver como Orphenoc) e Takumi (viver como humano) volta à discussão, mas sem desfecho. Logo mais, os integrantes do Lucky Clover junto dos Lion Troopers atacam Takumi, que protege Teruo, sem saber...

Hanagata tinha uma meta: derrotar o Rei dos Orphenocs para que os próprios Orphenocs fossem destruídos. Foi com essa meta que ele encabeçou Yuji como presidente da Smart Brain, mas Yuji optou por proteger o Rei para que os Orphenocs perdurem. Naoya Kaido, decepcionado com as atitudes de Yuji, se junta a Takumi e os outros, se tornando um Riotrooper, para salvar Mari, porém Masato...

A verdadeira identidade do Rei dos Orphenocs é revelada, deixando Takumi em plena agonia... Se ele derrotar o Rei, ele próprio, por ser Orphenoc, seria também destruído. Se ele não derrotar o Rei, os humanos serão exterminados. Takumi toma a difícil decisão de derrotar o Rei, que reside dentro do corpo de Teruo, o garoto que vive com eles.

Takumi desaparece, preocupando Mari e os outros, que ficaram sem entender por que ele atacou Teruo. Em meio a isso, Teruo também desaparece da lavanderia... Takumi foi capturado por Yuji para se tornar um mero experimento nas mãos da Smart Brain para evitar que os Orphenocs morram. O que vai acontecer com Takumi, Mari, Keitaro, Yuji e os demais?