Uma misteriosa tumba antiga foi descoberta no Monte Kurogatake nos anos 2000. Sakurako Sawatari foi escalada para decifrar inscrições antigas que lá estavam, encontrando significados bizarros como "morte" e "advertência". Naquela noite, uma anomalia ocorre no local de escavação. Godai Yusuke chega lá e interage com um misterioso cinto, pedindo a Sakurako para decifrar seus dizeres.

À noite, Yusuke Godai se transformou num guerreiro de cor branca e enfrentou uma criatura em forma de aranha. Na cidade de Nagano, uma criatura com asas ataca e mata pessoas. Ao ir até a cena do crime, o Detetive Ichijo, ao perseguir tal criatura, encontra Yusuke novamente e descobre que Yusuke se transforma em um guerreiro de cor branca cujo poder vem do cinto que está dentro do corpo de Yusuke.

Depois de levar o Detetive Ichijo, que estava ferido, ao hospital, Yusuke Godai retorna à Tóquio. Incapaz de se livrar do remorso de ter levado Yusuke para lutar, Ichijo recebe autorização de seu superior para atirar nas ditas Criaturas Não-Identificadas. Ichijo contesta na reunião que o Kuuga Branco (CNI 2) e o Kuuga Vermelho (CNI 4) salvaram sua vida e que eles devem ser excluídos de tal ordem.

Ao saber que as Criaturas Não-Identificadas 4 e 5 aparecem, Ichijo fica cada vez mais preocupado com Yusuke. A ordem para atirar para matar as Criaturas foi prescrita. Logo depois, foi acordado a criação de uma Força-Tarefa Conjunta e Ichijo precisa viajar até Tóquio para representar a Polícia de Nagano. Em Tóquio, Ichijo encontra-se com Yusuke e tenta convencê-lo a não se transformar em Kuuga.

Ichijo decide levar Yusuke no Hospital Universitário de Kanto para uma análise clínica de seu corpo. O resultado diz que o corpo de Yusuke possui características similares ao tecido corporal encontrado nas Criaturas Não-Identificadas, mostrando que o cinto age como um sistema nervoso secundário. Ichijo teme que Yusuke se transforme numa arma biológica feita para matar assim como as demais CNIs.

Kuuga troca a cor do seu corpo, agora azul, durante uma batalha contra Zu Badzuu Ba, a Criatura Não-Identificada 6 que surgiu na região de Suginami. Embora seu poder de salto tenha sido aumentado, seus socos perderam a força e Zu Badzuu Ba fere Yusuke gravemente. Yusuke deixa o hospital de forma despreocupada e preocupa Sakurako e Ichijo. Em meio a isso, Sakurako encontra Minori, irmã de Yusuke.

Três meses se passaram desde o início dos incidentes das CNIs. Ichijo, frustado, não consegue sequer encontrar pistas para solucioná-los. Em meio a isso, Ichijo recebe a visita da família enlutada do Prof. Natsume. Ichijo apresenta Sakurako, da Universidade Jonan, à família, que pede ajuda para solucionar o caso deles. Na cidade, mais casos vão ocorrendo: pessoas são perfuradas da cabeça aos pés.

Na luta contra Me Badjisu Ba (CNI 14), Kuuga muda do azul para o verde ao subir um arranha-céu. No entanto, ele se assusta com os sons e as imagens que vê devido aos sentidos estarem aguçados. Ele se desequilibra e cai de uma grande altura. Yusuke, após se consultar com o Dr. Tsubaki, descobre que não pode se transformar por duas horas devido à exaustão das pedras mágicas em seu corpo.

Ichijo confirmou o hábito das Criaturas Não-Identificadas se reunírem em um local específico. Agora, Ichijo vai utilizar cães que farejam os feromônios especiais da CNIs. Em contra-partida, Yusuke e Sakurako continuam decifrando os dizeres antigos para entender cada passo das transformações do Kuuga, desde a sua concepção (branca) até a atual (verde).

Kuuga luta contra Me Giiga Gi (CNI 21), porém os ataques são absorvidos pelo seu corpo. Yusuke, que se encontra com Ichijo, crê que a próxima e desconhecida forma do Kuuga, que utiliza uma espada, possa derrotá-lo, e assim iniciam um treino de kendo. Em contrapartida, Minori está preocupada com Yusuke, acreditando que sua vontade de lutar mudou.

No dia 25 de março, Yusuke estava a caminho da escola em que estudou. Porém, naquele momento, a Criatura Não-Identificada 22 deu as caras. Yusuke então vai ao confroto dela, seu nome é Zu Zain Da. Só que antes do confronto, Yusuke pede a Sakurako que vá até um lugar em que ele havia feito uma promessa. Qual será a promessa de Yusuke? O que Sakurako vai descobrir sobre essa promessa de Yusuke?

Kuuga estava em grande perigo ao ser atacado por Zu Zain Da (CNI 22), mas uma nova CNI surge no local e a batalha é interrompida. Em meio a isso, Sakurako encontra Shoji Kanzaki, professor de Yusuke, com quem ele havia prometido se encontrar há 13 anos. Eles vão até o local prometido e Sakurako tenta ajudar Kanzaki a renovar sua confiança. A promessa será cumprida? Yusuke derrotará Zu Zain Da?

Um homem estranho com uma tatuagem no pescoço é preso na cena de um crime: um barco com diversos corpos espalhados por uma CNI (23). Seu nome é Junichi Chono. Seu intuito é provocar a polícia como se ele próprio fosse uma CNI. Ichijo vai até seu amigo, Dr. Tsubaki, e pede pra examinar o corpo de Chono, mesmo duvidando do fato de Chono admirar e muito as Criaturas. Enquanto isso, aparece a CNI 23.

Kuuga teve uma certa dificuldade em lutar contra a CNI 23, mas foi salvo por Ichijo ao usar a nova munição. Yusuke visita o Dr. Tsubaki, do Hospital Universitário de Kanto, para tratar das feridas deixada pela CNI 23. Logo mais Yusuke decide conversar com Chono, que estava basicamente deixando de se importar com sua própria vida.

O 1º Departamento de Investigações ficou em estado de emergência devido ao surgimento de um objeto voador não identificado. Enquanto isso, Nozomi, uma policial que gosta de Ichijo, tenta lhe dar um presente de aniversário, mas ele rejeita. O aniversário de Ichijo é também o aniversário da morte de seu pai, um dia especial. Enquanto isso, tal objeto voador surge perto de Kuuga numa perseguição.

O objeto voador não-identificado voa em direção a Kuuga e realiza uma junção com sua moto, a TryChaser 2000. Agora, ela se torna TryGouram. No entanto, a TryGouram foi atingida por um caminhão pilotado por Me Gyarido Gi (CNI 24). Após uma fuga milimétrica, Kuuga o destroi com facilidade. Em meio a isso, Ichijo recebe a notícia de que sua mãe sofreu um desmaio.

O caso que envolvia a CNI 24 foi resolvido em pouco tempo, mas isso não impediu que mais uma Criatura desse as caras... Ichijo então contacta Yusuke para lidar com ela. Yusuke então se depara com Me Gadora Da (CNI 25) e percebe que ele assassinou diversos policiais brutalmente. O problema é que durante a luta de ambos, Me Gadora Da danificou totalmente o painel de controle da TryChaser 2000...

Yusuke aproveitava a folga que tinha e treinava uma de suas 2000 habilidades, mas logo ele é informado sobre o aparecimento de mais uma Criatura. Yusuke então confronta a CNI 26 e acredita ter vantagem sobre ela. No entanto, ele acabou inalando um esporo emitido pela CNI 26 que deixou Yusuke em uma severa condição de saúde. Yusuke é então levado até o HU de Kanto, preocupando todos a seu redor.

Yusuke estava hospitalizado no HU de Kanto depois de inalar esporos produzidos pela CNI 26. O Dr. Tsubaki havia afirmado, categoricamente, que seu quadro não inspirava otimismo. Ele fez tudo ao seu alcance para poder salvar Yusuke, mas o pior acabou por vir... Tsubaki incube a Ichijo informar sobre a morte de Yusuke a sua irmã e até mesmo a Sakurako, porém ambas sentiam que Yusuke estava voltando.

Yusuke enfim voltou à vida, e junto de Ichijo, eles vão até o Dr. Tsubaki para analisar a saúde de Yusuke. Logo mais eles também visitam todos os demais conhecidos, que também estavam preocupados com Yusuke, mas Yusuke tranquiliza a todos com seu jeito descontraído, seguido de um sorriso. Em meio a isso, uma nova criatura derivada dos restos mortais da CNI 26 está próxima de realizar um ataque.

A Criatura Não-Identificada 3 foi avistada viajando, indo e voltando entre Tóquio e Nagano, agindo de maneira misteriosa. A Força-Tarefa Conjunta está em alerta máximo contra os novos movimentos das Criaturas. Enquanto isso, Yusuke leva Sakurako e Jean até o Laboratório da Polícia Científica, onde trabalha Enokida, para estudarem Gouram. Logo mais, a CNI 31 resolve dar as caras.

A luta entre Kuuga e a CNI 3 (Zu Goma Gu) é interrompida por um motoqueiro misterioso. Após se encontrar com Yusuke, Ichijo descobre o ponto de encontro das Criaturas ao analisar os voos da CNI 3, mas se depara com uma mulher tatuada com rosas. Tal mulher, no entanto, não dá a devida atenção a Ichijo e desaparece misteriosamente, deixando pétalas de rosa pelo caminho.

Enquanto lutava contra uma CNI, Yusuke se dá conta de que está sentindo formigamentos em seu corpo e decide perguntar a Sakurako se ela avançou nas traduções dos textos. Sakurako, no entanto, sem conseguir desvendar os textos, decide ir até o HU de Kanto para falar com Tsubaki sobre Yusuke, mas mal sabe ela que, durante sua volta para casa, uma Criatura estaria no mesmo trem que ela...

Kuuga luta contra a CNI 36 (Me Garima Ba) e utiliza a TryGouram, porém o ataque desferido não funciona, deixando espaço para que a CNI 36 escape. Ichijo e seu colega seguem investigando os assassinatos até encontrar um ponto em comum entre todas as vítimas: um isqueiro. Em meio a isso, Sakurako vai até a livraria, mas ela mal percebe que carrega consigo um isqueiro similar ao das vítimas.

Faz um mês desde que o Kuuga roxo mudou para sua forma mais aprimorada, e Yusuke tem um palpite de que, sob influência dos formigamentos que sente, as demais formas do Kuuga, com exceção da primitiva (branca), podem ser também aprimoradas. Nesse meio tempo, a CNI 37 deu início às suas atividades obscuras. Um antigo professor de Yusuke descobre que um aluno seu sai de Tochigi rumo a Tóquio.

Após conseguir se transformar na forma "Rising Pegasus", Kuuga disparou uma flecha para o alto, tentando almejar a CNI 37, mas não pôde finalizar o ataque e perde energia, voltando à forma branca. Sem poder se transformar por 2 horas, Yusuke então parte em busca de Hiraku, um aluno de seu ex-professor, o Sr. Kanzaki. Hiraku chega sozinho em Tóquio, e Yusuke acaba o encontra sentado em um templo.

Era verão. Num dia quente, enquanto Yusuke e Sakurako cuidavam do Pole Pole, o Tio, Nana e Minori, junto de uma amiga, foram até o Parque Aquático curtir um dia de piscina. Em meio a isso, a CNI 38 (Go Bemiu Gi) aparece, iniciando seu jogo que envolve mortes de pessoas em piscinas. Yusuke parte até os locais dos crimes após falar com Ichijo, porém um motoqueiro misterioso surge diante dele.

O misterioso motoqueiro revela ser uma Criatura, forçando Kuuga a lutar. Após a batalha, Yusuke se junta a Ichijo e ambos especulam sobre o novo "jogo" da Criatura envoldida nas mortes das piscinas. Em meio a isso, Keiko, amiga de Minori, que também está grávida, fica chocada ao saber que o Parque Aquático em que estava se torna uma cena de crime, fazendo-a questionar sobre o futuro do seu bebê.

Parece que os poderes dourados do Kuuga foram criados pela pedra sagrada Amadam no corpo de Yusuke, em resposta à sua vontade de querer ficar cada vez mais forte. Tsubaki, no entanto, está preocupado com a condição em que o corpo de Yusuke se encontra. Nesse meio tempo, a CNI 39 (Go Gamego Re) começa suas atividades obscuras, e Junichi Chono, que já foi salvo por Yusuke, dá as caras no local.

Kuuga colapsa diante da CNI 39 (Go Gamego Re) e Yusuke acaba sendo levado até o Dr. Tsubaki. Na mesma hora, Junichi Chono, que desmaiou logo após avistar a CNI 39 em sua forma humana, também é levado até o Dr. Tsubaki. Tempos depois, Go Gamego Re retorna, e Yusuke está determinado em usar um de seus poderes para desafiá-lo: o poder dourado na forma vermelha. Já Chono culpa Kuuga pelo seu fracasso.

Yusuke conseguiu derrotar a CNI 39 (Go Gamego Re) com o poder dourado em sua forma vermelha nativa. O problema é que o impacto dos danos que ele causou gerou uma enorme explosão, e a imprensa cobra explicações das autoridades policiais, que enfatizaram que isso foi tudo ação dele próprio, da "CNI 4" (Kuuga). Em meio a isso tudo, Go Bada Ba (CNI 41) dá as caras e dá início aos seus "jogos"...

A CNI 41 (Go Bada Ba) deu início a seus jogos... Ichijo sente que não conseguirá conter os ataques da CNI 41 por conta da TryChaser 2000, que se encontra danificada, e ele solicita que lhe entreguem a nova versão, a BeatChaser 2000, desenvolvida por Enokida. No entanto, seus superiores do alto escalão proíbem o uso da BeatChaser 2000 devido à enorme explosão ocorrida pela destruição da CNI 39.

A TryChaser é enfim inutilizada por conta das investidas da CNI 41 (Go Bada Ba), desfazendo a junção que ela tinha com o Gouram. Yusuke, sem desistir de vencer Go Bada Ba, tenta persegui-lo usando o Gouram, voando pelos céus, mas não obtém êxito. Pensando não ter mais meios para derrotá-lo de vez, eis que surge uma nova máquina pronta para combater Go Bada Ba.

Uma série de mortes misteriosas de estudantes homens na Academia Midorikawa seguia em curso. Os rumores apontavam que as vítimas eram condenadas à morte ao avistarem um "jovem misterioso", passando-se 4 dias após o verem. Enquanto isso, um massacre ocorria em Nagano, e Sakurako viaja até lá com o intuito de decifrar novos textos.

A CNI 42 (Go Jaraji Da) segue matando mais estudantes homens da Academia Midorikawa, e logo após uma de suas vítimas ter quebrado o ritmo do seu jogo ao cometer suicídio, ele segue em busca de novas presas. Yusuke e Ichijo ficam de prontidão em um hospital onde uma nova e possível vítima está sendo perseguida por Go Jaraji Da.

Sakurako, já em Nagano, chega até o local da chacina para examinar o dialeto das Criaturas Não-Identificadas. Ela diz a Ichijo que esse dialeto pertence aos Grongi. Em meio a isso, em Tóquio, a CNI 43 (Go Zazaru Ba) começa o seu jogo, matando mais humanos, porém a CNI 3 (Zu Goma Gu) decide intervir, gerando um atrito entre ambas as Criaturas.

Enquanto Sakurako investigava as escritas antigas recriadas na Universidade Shinano, Yusuke, junto de Ichijo e seus colegas, estavam ocupados em Tóquio lidando com as aparições da CNI 3 (Zu Goma Gu) e da CNI 43 (Go Zazaru Ba). Logo depois, Ichijo volta de Nagano, e ele e Yusuke seguem a CNI 3 (Zu Goma Gu) através de suas ondas sônicas, e ao chegarem em uma fábrica abandonada... O que havia lá?

Ichijo é gravemente ferido pela mulher com tatuagens de rosa e é encaminhado imediatamente para o HU de Kanto. Yusuke está determinado em dar o seu melhor por Ichijo, e fica quebrando a cabeça sobre as regras do jogo feito pela CNI 43 (Go Zazaru Ba). O problema é que a CNI 3 (Zu Goma Gu) decide agir e Yusuke tenta se manter firme para lidar contra duas Criaturas Não-Identificadas ao mesmo tempo.

A CNI 43 (Go Zazaru Ba) segue sua matança em Tóquio enquanto a CNI 3 (Zu Goma Gu) segue desenfreada em Chiba. Yusuke corre até onde Go Zazaru Ba está, e com o suporte de Sakurai, ele o derrota. Logo depois, Yusuke se junta a Ichijo, recém saído do hospital, para confrontar Zu Goma Gu, que seguiu matando mais policiais, mas não esperava que Zu Goma Gu se transformasse num ser ainda mais poderoso.

Há relatos que a CNI 0 (N Daguva Zeba) segue sem pudor exterminando outras CNIs, e Yusuke, junto de Ichijo e os demais policiais, recebem os relatórios feitos pela Universidade Jonan. Sakukaro fala sobre uma letra do alfabeto Grongi específica que é similar à palavra "guerreiro", porém representada com quatro chifres, pensando ser a CNI 0. Em meio a isso, ocorre um ataque num avião com outra CNI.

Kuuga vai se aproximando da CNI 44 (Go Jaza Gi) mas é atacado do nada por ela, submersa na água, atirando contra ele uma lança que perfura seu ombro. Em meio a isso, Nana foi até onde ocorreu sua audição, mas voltou diferente e dizendo coisas como "querer matar alguém", mas logo sai correndo do Pole Pole sem ouvir as palavras de seu tio. Yusuke vê toda a situação e decide ir atrás de Nana.

A CNI 45 (Go Baberu Da) apareceu, cometendo assassinatos numa escala jamais vista na cidade. Kuuga corre até o local para batalhar contra ele e se vê forçado a lutar com todas as suas forças, escapando da morte com a ajuda de Ichijo, que utilizou munição tranquilizante. No fim, após um breve encontro no Laboratório da Polícia Científica, Ichijo decide visitar Mika, que agora se mudou para Nagano.

Após derrotar a CNI 45 (Go Baberu Da) e ter um pouco de paz, Ichijo decide ir até o local onde Mika Natsume fará sua performance de flauta. Lá, Ichijo se encontra com um velho colega policial, Katsuragi. Katsuragi diz a Ichijo que está investigando um caso onde o organizador do evento teria desaparecido após um suspeito ter invadido o local. Ichijo, que aguardava pelo evento, decide cooperar.

A Força-Tarefa Conjunta, cada vez mais preocupada com as Criaturas capazes de evoluir e obter uma nova forma, solicita à Hikari Enokida, do Laboratório da Polícia Científica, que realize contramedidas. Enokida está desenvolvendo novos tipos de munições com base na autópsia da CNI 3 (Zu Goma Gu). Em meio a isso, Yusuke segue tentando se fortalecer, e a CNI 46 (Go Gadoru Ba) resolve dar as caras.

Enfim a CNI 46 (Go Gadoru Ba) dá início a seu "Gegeru". Com seu recém e adquirido poder, ele leva Kuuga à beira da morte. Em meio a isso, Hikari Enokida desiste de ir até a escola com seu filho para retornar ao Laboratório após receber uma ligação avisando da investida de Go Gadoru Ba. Ela trabalha no desenvolvimento de um novo tipo de munição, do tipo neural, sem saber do isolamento de seu filho.

Yusuke estava tentando fortalecer seu poder dourado para lutar contra a CNI 0 (N Daguva Zeba), mas foi derrotado por Go Gadoru Ba, que mimetizou o poder dourado do Kuuga. Tsubaki decide utilizar o desfibrilador em Yusuke para aperfeiçoar o poder dourado do Kuuga, após ouvir de Sakurako sobre os sentimentos de Yusuke. Ichijo, munido da nova munição neural, parte para o confronto, mas...

Graças aos esforços da polícia e do Kuuga, Go Gadoru Ba foi derrotado, só que ainda está à espreita a CNI 0 (N Daguva Zeba), que pode trazer ao mundo as trevas definitivas. Yusuke conseguiu se transformar num Kuuga de cor preta e dourada, sentindo-se pronto para confrontar Daguva, só que ele sofreu um baque diante de seu comportamento inumano. Yusuke então confia a Ichijo o que pretende fazer.

Yusuke estava decidido em ser o "temível guerreiro", gravado nas antigas escrituras Grongi, para derrotar de vez a CNI 0 (N Daguva Zeba), seguindo em direção a ela, em sua moto. Em meio a isso, Ichijo encontra a mulher com tatuagens de rosa, disparando nela as novas munições neurais de Enokida, fazendo ela cair e afundar morta ao mar. Logo depois, Yusuke se encontra com Daguva no Monte Kurogatake.

Três meses se passaram desde que Yusuke se tornou, de acordo com as escrituras Grongi, o "Temível Guerreiro" de cor preta com seus quatros chifres (Ultimate Form), derrotando de vez a Criatura Não-Identificada 0 (N Daguva Zeba), numa terrível e sangrenta batalha em meio a um intenso nevoeiro. O que mudou desde aquele momento? O que aconteceu com todo mundo? Onde Yusuke está?