Luke Ellis acorda no Instituto, uma instalação que sequestra adolescentes com poderes psíquicos. A diretora do lugar, a carismática Sra. Sigsby diz que eles vão salvar o mundo. Enquanto isso, Tim Jamieson aceita o trabalho de vigia noturno da polícia local para lidar com os fantasmas do seu passado.

Luke começa a planejar sua fuga e faz amizade com os outros moradores da Parte da Frente, ao mesmo tempo, eles precisam se despedir de um dos residentes. Enquanto isso, a Sra. Sigsby tenta controlar os danos após uma grave falha de segurança. Na cidade, Tim começa a investigar o Instituto, mas acaba envolvido em um confronto perigoso que pode custar sua vida.

Os jovens prisioneiros enfrentam um momento difícil com a formatura de Kalisha se aproximando. Luke e seus amigos, com a ajuda do telepata Avery, lutam para descobrir o verdadeiro propósito do Instituto. Enquanto isso, Tim Jamieson começa a desconfiar das conspirações da cidade. A tensão cresce e as lealdades são postas à prova neste eletrizante episódio, em que fica difícil saber o que é real.

No Instituto, Luke tenta esconder seus novos poderes, mesmo após um interrogatório brutal. Um incidente violento com o recém-chegado Harry complica a vida de Sigsby. Enquanto isso, Tim investiga uma morte suspeita em Dennison e encontra pistas ligadas a uma tragédia do passado. Aos poucos, ele se aproxima de revelar o lado mais sombrio do Instituto.

Neste episódio eletrizante, o propósito sombrio do Instituto vem à tona quando Luke Ellis tenta uma fuga desesperada. Após descobrir a terrível verdade e presenciar os horrores da misteriosa "Noite das Faíscas", ele coloca em prática um ousado plano de fuga com a ajuda do jovem Avery e de uma funcionária disposta a ajudar.

Enquanto Luke foge pela floresta, Stackhouse e Sigsby correm para conter a situação, revelando o nível de paranoia e a natureza sombria por trás do trabalho que realizam. Com os sistemas de vigilância comprometidos, uma jornalista corrupta à espreita e forças ocultas tentando silenciar Luke, o tempo está se esgotando. Mas a maior reviravolta ainda pode estar por vir.

No penúltimo episódio da temporada, Luke e Tim estão fugindo, buscando desesperadamente por ajuda. Eles se refugiam com um antigo colega de Tim, mas logo são localizados por Sigsby. No Instituto, os novos poderes de Avery despertam preocupação, enquanto Kalisha e os demais voltam a ter esperança ao descobrir que Luke conseguiu escapar.

No eletrizante último episódio, Luke retorna ao Instituto para salvar os amigos, enquanto Stackhouse se prepara para eliminá-los. O jovem telepata Avery Dixon descobre que consegue se conectar com crianças de outras instalações secretas pelo mundo. Enquanto Tim e Wendy tentam negociar com Stackhouse, Luke ajuda Avery a ampliar essa conexão com outros jovens com poderes psíquicos.