Durante um evento da cidade, Kakeru testemunha a quebra de um artefato sagrado em meio a um terremoto e se fere em um fragmento misterioso. Pouco depois, rumores estranhos surgem, levando Kakeru e seus colegas a investigar o que pode ser o início de algo muito maior.

Quando um incêndio estranho irrompe na escola, Kakeru corre para salvar sua irmã e se une à misteriosa Miyako, que revela ter conhecimento de poderes sobrenaturais. Juntos, eles enfrentam um inimigo pirocinético, usando um "Artefato" para despertar habilidades ocultas e revidar.

Enquanto investigam o caso de petrificação, Kakeru e Miyako se aproximam e descobrem novos usos para o Artefato dela, que rouba a posse [de outros Artefatos]. Mas, assim que fazem progresso, uma garota chamada Noa chega e começa a suspeitar de Kakeru como o verdadeiro culpado.

Miyako descobre os sentimentos de Kakeru através de suas memórias, o que tensiona o vínculo deles. No entanto, com a ajuda de Yoichi, eles começam a reconstruir sua conexão. Assim que iniciam a reconciliação, Miyako desaparece em meio a um novo caso de petrificação, levando Kakeru a procurá-la com um medo crescente.

Kakeru sente um misterioso déjà vu no santuário, enquanto Sophie insinua que ele pode estar ligado a um Artefato raro. Ao mesmo tempo, Amane investiga a "Rainha do Éden" e se envolve em um perigoso encontro com um grupo misterioso — incluindo o enigmático "Ghost".

O grupo de Kakeru confronta a Rig Veda, um grupo militante que busca criar uma utopia de usuários de Artefatos, mas um conflito total é evitado por pouco graças a Noa. Quando eles tentam investigar mais a fundo entrando em contato com uma de suas membros, Haruka, os poderes dela desencadeiam um incidente imprevisto.

Ghost embosca Kakeru e o petrifica com seu Olho Maligno, mas Amane e Harukaze chegam a tempo de salvá-lo. Enquanto se recupera, Kakeru descobre que Ghost é um ser artificial — mas algo em sua aparência ainda o perturba profundamente.

Assombrado por memórias não naturais, Kakeru descobre que seu amigo Yoichi é o verdadeiro usuário do Olho Maligno (Evil Eye) — mas é derrotado ao confrontar ele e Renya. Em desespero, ele é abordado por Iris, que revela a traição de Sophie e lhe entrega um poderoso elixir para quebrar o vínculo do Artefato de Yoichi.

Kakeru, enganado por Iris, acidentalmente mata Yoichi, que então se torna uma peça no plano de Iris para causar a destruição do mundo. Determinado a mudar o destino, Kakeru ativa o Overload e se dirige ao santuário para destruir o Olho do Mundo e parar a sinistra conexão entre Satsuki e Iris.

Após uma dolorosa derrota contra Iris, Kakeru é impulsionado por Sophie a reescrever o próprio começo. Usando o Overload, ele retorna ao dia crucial da destruição do Artefato para se unir aos seus amigos e enfrentar Iris novamente, determinado a mudar seu destino.

Enquanto se prepara para lutar contra Iris, o grupo de Kakeru cura suas feridas e se fortalece com os novos aliados Renya e Lena. Enquanto Iris, usando o corpo de Satsuki, faz movimentos ameaçadores, uma batalha de destino imprevista se desenrola.

A paz retorna após a derrota de Iris, mas Sophie desaparece depois de escolher selar o portal para outro mundo. Quando Iris retorna inesperadamente fundida com Yoichi, Kakeru luta para proteger seus amigos, rebobinando repetidamente o tempo para alterar seu destino condenado.

Após suportar inúmeras batalhas e perdas, Kakeru se apoia nos laços com seus amigos para enfrentar seu antigo melhor amigo, Yoichi, em um confronto climático. Usando o poder de Overload, ele luta para proteger Miyako e restaurar a paz roubada em uma decisiva batalha final.