Um objeto misterioso foi trago de Marte: "Caixa de Pandora". O Japão foi dividido em três países por conta da energia emitida pela Caixa. Dez anos se passaram, a história começa num desses países: Touto. Monstros chamados de "Smash" ameaçam as pessoas, mas Kiryuu Sento, físico gênio, se transforma em Kamen Rider Build para contê-los. Ele quer desvendar os segredos dessa "Caixa".

Build foge com Banjou Ryuuga, um prisioneiro convicto de sua inocência. A figura do Kamen Rider, que deveria ser de aliado da justiça, passa a ser a de um criminoso procurado. Kiryuu Sento esconde Ryuuga em sua base secreta e o questiona sobre sua situação, que também pode ser uma pista para sua falta de memória. Logo depois, Ryuuga consegue dar um jeito de fugir da base secreta de Sento.

Um homem de nome Nabeshima deu as caras e está envolvido no caso de falsa acusação de Ryuuga. Ele usou Kasumi, namorada de Ryuuga, para fazê-lo ir até a cena do crime que supostamente cometeu, a morte de Katsuragi Takumi. Ele também foi a pessoa que "apagou" Ryuuga na prisão para que ele fosse transformado em Smash. Têm grandes chances de haver uma conexão entre esses dois fatos...

Depois de ter sido envenenado por alguém com máscara em forma de cobra, Kiryuu Sento volta a ter pesadelos com "experimentos humanos". Ele se lembra de ver um dos painéis da Caixa de Pandora no local em que esses experimentos eram realizados. Sento crê que a Caixa esteja conectada a Faust, a organização responsável por tais experimentos, e pede que Misora reúna informações.

Isurugi Soichi, o "chefe" do café que abriga Sento, tem um Painel de Pandora escondido na base deles. Esses painéis deveriam estar junto da Faust, mas por que motivo Shoichi o tem? Soichi então decide abrir a boca... Em meio a isso, Sawa corre até o café com informações relevantes. Ela encontrou uma pessoa que diz saber sobre o passado de Kiryuu Sento.

Ryuuga segue Tatsuya, transformado de volta em Smash, próximo da Skywall. Ryuuga quase é pego pela Faust, mas Sento o salva. Sento e Ryuuga protagonizam uma acalorada discussão, com Ryuuga tentando utilizar o Build Driver para se transformar, mas não obtém êxito. Depois disso, eles retornam onde seguiram Tatsuya e descobrem mais coisas acerca dos Smashes, desestabilizando Sento.

O testemunho de Tatsuya dá a entender que quem matou Katsuragi foi Sento ao invés de Ryuuga. Tatsuya diz que Tarou Sato, uma pessoa com o mesmo rosto de Sento, também sem memória, havia visitado Katsuragi no dia de sua morte. Ryuuga fica desconfortável com essa versão, pois quem o abrigou pode ter sido o culpado. Ambos discutem feio, mas Soichi sugere a ambos que busquem pistas de Katsuragi.

Sento e Ryuuga vão em busca de pistas de Katsuragi, chegando em Hokuto. Eles descobrem através de Blood Stalk que quem fundou a Faust foi o próprio Katsuragi, ficando ambos em choque. É como se algo poderoso estivesse envolvido na morte dele. Sento e Ryuuga descobrem que Katsuragi confiou a própria mãe um pendrive com dados de suas pesquisa, e o confronto entre Build e a Faust já toma forma.

Os dados da pesquisa de Katsuragi continham um arquivo encriptado cujo nome era "Projeto Build". O "Projeto Build" mostra todo o histórico de pesquisa de Katsuragi na criação do Build Driver. Qual seria o motivo pelo qual Katsuragi, o fundador da Faust, criou Build? Sento e Ryuuga conflitam entre si acerca da existência do Build, se ele é a "justiça" em pessoa ou uma "arma" a ser usada.

Build foi atraído para uma armadilha. O Instituto, que estava realizando a transferência da Caixa, sofrerá uma investida da Faust através de Blood Stalk. Quem coordenou Stalk foi Himuro Gentoku, filho e assistente do Primeiro-Ministro de Touto, que também é Night Rogue, líder da Faust. Ryuuga é avisado por Sento e ele corre para lá, mas um Smash aparece diante dele.

Build perde a Caixa para a Faust e grande parte de seus Frascos. Night Rogue segue em busca dos Frascos restantes. Os únicos Frascos que estão em posse de Sento e Ryuuga são o Frasco Cadeado e o Frasco Dragão. Sento consegue se transformar na KeyDragon, mas ela é tão poderosa para Sento que ele mal consegue dominá-la. Sento diz para Banjo se sincronizar com o Cross-Z Dragon.

Sawa era uma espiã das Indústrias Namba. Ela estava reunindo informações do "Kamen Rider" do ponto de vista bélico. Sento e os outros descobrem essa conexão entre as Indústrias Namba e a Faust por ela própria e partem para recuperar a Caixa de Pandora. Em meio a esse curso, Sento obtém uma nova Combinação.Himuro Gentoku teme que a conexão da Faust com o Governo de Touto seja exposta.

Sento recebe um telefonema de Nabeshima e se espanta com a ligação. Nabeshima diz a ele sobre a mente brilhante que armou para cima de Banjou na morte de Katsuragi. Sento se tranca sozinho na base por um instante. Himuro Gentoku confronta Stalk, que levou consigo a Caixa. Ele quer ela de volta para ter vantagem contra Hokuto e Seito. Stalk surpreende e decide então fazer uma proposta a Gentoku.

Sento descobre a identidade de Blood Stalk: Isurugi Soichi, aquele que lhe abrigou em seu "café". Ao persegui-lo, vendo que carregava a Caixa de Pandora e alguns Frascos, Sento mentalizou em sua cabeça os momentos que viveu com Soichi. Um duelo trágico em meio a chuva dá-se início entre Kamen Rider Build e Blood Stalk.

Sento obteve êxito e recuperou a Caixa de Pandora de Isurigi Soichi (Blood Stalk). Himuro Gentoku, agora Primeiro-Ministro interino de Touto, ordenou uma busca pela Caixa de Pandora. Ele pode utilizar seu novo posto para atrair Sento e os outros a aparecerem, já que eles fugiram da cafeteria. E assim dá-se início a uma batalha pela Caixa de Pandora entre Build e Night Rogue.

As palavras que Himuro Gentoku disse a Sento foram fortes... Kiryuu Sento ser o próprio "cientista do demônio" o deixou bastante para baixo. Ele próprio foi aquele que fazia ininterruptamente experimentos humanos e que chegou no resultado conhecido como "Smash". Sento subitamente sentiu o peso da culpa cair sobre si. Ryuuga, no entanto, não fica em silêncio, e chama Sento para um confronto.

A Guerra finalmente teve início. Como Gentoku planejou, ele usou sua posição como Primeiro-Ministro interino para inflar Hokuto. O Governo de Touto anunciou de imediato que usaria os Kamen Riders como armas militares. Sento, com tristeza em seus pensamentos, diz a Gentoku que não pretende se tornar um instrumento para a guerra. Gentoku lembra que por culpa dele, "Katsuragi", a guerra eclodiu.

O assassino de Hokuto, Sawatari Kazumi, utiliza um Sclash Driver. O Sclash Driver foi criação de Sento (Katsuragi) e jamais deveria estar em posse de Hokuto. Por que será que Kazumi o tem? Antes mesmo que ele quisesse responder a esses questionamentos, ele já realiza sua transformação e se torna Kamen Rider Grease.

O Sclash Driver foi feito mesmo para ser uma arma de guerra. Grease e Cross-Z lutam ferozmente entre si, utilizando o Sclash Driver. Mesmo com Build e Cross-Z juntos, a habilidade de luta de Grease superou ambos. Com isso, Touto seria invadida por Hokuto, com a Caixa de Pandora e os Frascos sendo tomados. Sento descobre algo no "Projeto Build", e Gentoku diz a ele sobre um certo "item proibido".

Blood Stalk deu a Sento o "Hazard Trigger", conhecido como o "item proibido". A única maneira de impedir que Ryuga perca a razão é utilizar esse dispositivo que fortifica o Build. Todavia, a razão pela qual o "Hazard Trigger" é considerado "proibido" é por causa de seus efeitos colaterais. Depois de um certo tempo, o usuário perde a consciência e destrói tudo o que vê pela frente.

O uso do "item proibido", o Hazard Trigger, modificou Build em uma armadura preta: Hazard Form. Nas palavras de Katsuragi Takumi, que desenvolveu esse item, se o usuário continuar a lutar na Hazard Form, ele perderia totalmente a consciência. Dito e feito: o item usado para impedir Ryuuga se voltou contra Sento, pois ele perde consciência durante a batalha, mas depois de enfrentar o trio...

Inicia a batalha entre Build, de Touto, e Grease, de Hokuto. O vencedor vai levar a Caixa de Pandora para seu país e vencerá a guerra. A determinação de Kazumi, que perdeu Aoba, é extraordinária. Por outro lado, Sento também se levanta para proteger Hokuto, depois de superar suas dores e perdas. Sento evita a todo custo usar o Hazard Trigger, mas logo que Grease o ataca violentamente...

A luta entre os representantes de Touto e Hokuto não obteve vencedores. O motivo é que Seito se aproveitou dessa distração e começou a se mover. As tropas de Seito invadiram e atacaram Hokuto, reduzindo eles a nada. Na Fazenda Sawatari, de Kazumi, uma demonstração é mostrada em vídeo e Kazumi imediatamente vai até lá. Logo depois, Kazumi é confrontado por novos soldados de Seito.

A verdadeira identidade de Kamen Rider Rogue era ninguém menos que Himuro Gentoku, Ex-primeiro-ministro de Touto. Exilado de lá, Gentoku contou com o apoio das Indústrias Namba, tornando-se o Kamen Rider de Seito. Gentoku diz que "vivenciou o inferno", o que será que ele quis dizer com isso? Logo depois de alguns confrontos, Misora subitamente aparece no campo de luta, mas diferente...

Build, Cross-Z e Grease foram derrotados por Kamen Rider Rogue. E subitamente, Misora aparece em cena, mas com um olhar e comportamento diferente. Seus olhos agora estão verdes e brilhantes. Ela levanta sua mão, apontando para Rogue, mandando ele e seus comparsas para longe, salvando Sento e seus amigos. Sento, além de testemunhar o evento, decide investigar o bracelete que Misora carrega.

Para proteger a Caixa de Pandora de Rogue, Sento usa a Hazard Form, mas perde o controle, e a Caixa é roubada por Seito. Sento ataca Misora, cujo bracelete brilha de novo. Uma semana depois, Grease, Cross-Z e Build enfrentam Seito numa luta de 3 contra 3, mas a identidade do espião não é revelada. Juzaburo Namba, presidente das Indústrias Namba, assiste às lutas com um sorriso misterioso

As lutas 3 contra 3 entre Touto e Seito começaram. Na primeira luta, Grease derrota os Engine Brothers, é a primeira vitória de Touto. Quem surge diante de Cross-Z é Hell bros, que combina a força de Remocon Bros e Engine Bros. Ele é pego de surpresa, mas decidido a lutar por Sento e também pra pôr fim à guerra, ele cerra seus punhos e lança um ataque feroz contra Hell bros.

O rumo da batalha entre Touto e Seito depende da luta entre Build e Rogue. Build está levando vantagem. Sentou domina o inimigo com o novo poder, a RabbitRabbit Form. Mas devido à traição de Sawa, os dados desta nova forma foram mandados para Seito. Rogue começa a reagir. Sawa confessa à Misora e Ryuuga que os traiu mandando os dados pra Seito. Qual será o objetivo dela?

Com o fim das lutas, a guerra acaba. Ou assim se pensava. Pelo contrário, tudo começa a piorar. Blood Stalk, que conspirou com as indústrias Namba, inicia uma manobra em larga escala. Stalk tem 10 das garrafas de Touto, e as insere no painel de Pandora, ativando novamente a Caixa. Finalmente, a Skywall começa a se mover, e algo inimaginável ocorre diante de Build e dos outros.

A força que possui Misora, chamada "Vernage, a Rainha de Marte", retira os Kamen Riders rapidamente do campo de batalha. Da boca dela, saem palavras que intrigam Banjou: "Você será a esperança". Sento vai atrás de Stalk de novo pra recuperar a Caixa de Pandora, e uma verdade incrível sobre Banjou é descoberta, confirmando as palavras de Vernage.

Banjou Ryuuga talvez não seja humano. Enquanto Misora fica chocada com as palavras de Sawa, Ryuuga luta com Rogue na Torre de Pandora. Ele diz que seu objetivo era realizar experimentos em Kasumi, a namorada de Ryuuga. Stalk está por trás disso? Teria a ver com Ryuuga não ser humano? No fim, os Kamen Riders ficam à mercê de Stalk, que controla a Torre.

Ryuuga fica sabendo que tem genes alienígenas em seu corpo. O cérebro de Sento liga os pontos sobre o mistério do enfurecido Ryuuga. Por que Ryuuga foi acusado injustamente, por que chegou ao Level Hazard, por que foi dominado pela Caixa de Pandora, e por que Blood Stalk desejava a evolução de Ryuuga? Quando Blood Stalk enfrenta de novo Cross, Stalk revela uma nova verdade sobre Ryuuga...

O Primeiro-Ministro de Touto, Himuro Taizan, é sequestrado. Mas por quê? Esta resposta é dada por Isurugi Soichi, que está possuído por Evolto. "Providenciem o Evol Driver para trocá-lo por Taizan Himuro". Mas o que é esse "Evol Driver"? Sento e os outros ficam surpresos. Sawa obtém os dados do pai de Sento, Shinobu Katsuragi, e no meio desses dados está o rascunho do Evol Driver.

Surge Kamen Rider Evol, e sua primeira vítima é Himuro Taizan, o Primeiro-Ministro de Touto. Evolto começa a agir para abrir a Caixa de Pandora. Seu próximo alvo é Sento, que é literalmente envenenado. Só Evolto pode remover o veneno, e assim a vida de Sento ganha um "prazo". Em troca da vida de Sento, Evolto exige a Caixa de Pandora e todas as garrafas.

Evolt evolui ainda mais usando Banjou, que compartilha dos genes de Evolt. Mas não é só isso. Ele obtém quase todas as garrafas e a Caixa de Pandora. Sento, que ouviu de Evolt a verdade sobre Banjou, jura proteger a Caixa de Pandora, acreditando que "Só eu posso salvar o Banjou". O foco da luta se torna a última garrafa que resta. Trata-se do Frasco Fênix, que Gentoku Himuro possui.

Todos os 60 Frascos e os painéis de Pandora vão parar nas mãos de Evolto. A Caixa de Pandora, que sempre foi alvo de disputas por seu poder, é aberta com facilidade. Enquanto a Torre de Pandora emite um som aterrador, ela se ergue até chegar em seis andares. Tudo na Terra é absorvido. Build parecia sem poderes. Quem apareceu lá fez a Caixa de Pandora tremer.

Se o plano de Sento desse certo, Evolto e Build seriam destruídos juntos. Mas Evolto tomou o corpo de Sento e evitou que isso ocorresse. Como os genes de Evolto foram tirados do corpo de Ryuuga, ele não consegue mais se transformar. Evolto obtém um poder ainda mais incrível ao tomar o corpo de Sento. Há algum meio de Ryuuga, que não pode mais se transformar, deter Evolto?

Finalmente, Evolto atingiu a Fase 4, a fase suprema. É uma força que Evolto chama de "Forma Perfeita", cujo poder é fora do comum. Cross-Z, Grease e Rogue se unem, mas não têm chance alguma contra Evolto. Será possível deter Evolto, que recuperou o poder supremo que destruiu Marte? Enquanto isso, Sento recupera as memórias de Takumi Katsuragi.

Evolto acolheu Utsumi como cientista das Indústrias Namba, e o fez despertar como Kamen Rider Mad Rogue. Kiryuu Sento, que recuperou a memória de Katsuragi Takumi, percebeu que Evolto - que já destruiu vários planetas, só não destruiu a Terra. Sento tenta desesperadamente criar algo pra vencer Evolto, antes que ele domine o mundo. Ryuuga, que tem os genes de Evolto, é um dos alvos.

Sento recupera as memórias do cientista maligno que criou o Build System. Takumi criou o Frasco Genius, um item definitivo que reúne o poder de 60 Frascos. Mas a mente de Takumi não despertou a Genius Form. Build só desperta a Genius Form quando os sentimentos de Sento renascem. Evolto já estava focado em outro plano. Evolto ataca Kazumi pra roubar o último Frasco dele.

Katsuragi Shinobu, pai de Sento, que pesquisava Ryuuga e a Caixa de Pandora, está vivo? Certos dados são enviados a Ryuuga para responder a essas perguntas. Entre os dados gravados por Shinobu, havia alguns relacionados ao design de Build. Também há algo que resolve o mistério das Combinações. Quando Sento fala a verdade, a expressão de Misora muda.

Katsuragi Shinobu, pai de Sento, está vivo e agindo junto com Evolt. É isso que os aliados de Build começam a suspeitar, pois descobrem que o objetivo de Shinobu é reunir os Frascos perdidos no painel preto, assim como Evolto. Talvez Shinobu seja o articulador disso tudo. Mesmo assim, Sento acredita na "justiça" do Rider System que seu pai criou. Diante desse Sento, aparece mais um Build.

Shinobu Katsuragi, o pai de Sento, aparece diante dele. Diante de um Sento que não consegue esconder a surpresa, Shinobu continua sua confissão chocante. Sentou rejeita o Build que ele mesmo veio criando, mas no fundo ainda acredita em seu pai. Isso distancia Sento dos outros Riders. Nesse momento, Misora é sequestrada por Evolto, disfarçado de Isurugi...

Kazumi e Gentoku se infiltram na sede da Faust. Eles suspeitam haver alguma coisa lá ligada a Evolto. Mas o exército de Mad Rogue percebe, e logo os cerca. Enquanto isso, aparece diante de Sento, Shinobu transformado em Build. "Culpe-se por não poder fazer nada. A humanidade será destruída por sua culpa". Sento, incapaz de dizer nada a Shinobu, se frustra com sua impotência.

Os quatro Riders uniram suas forças e finalmente venceram Evolto. Do corpo de Evolto surgem quatro Frascos, e quem os rouba é Katsuragi Shinobu, o pai de Sento. Shinobu leva os quatro Riders para o lugar em que estão os quatro painéis pretos. Lá, ele começa a falar sobre seu verdadeiro objetivo.

De repente, Evolto, transformado no Primeiro-Ministro Midou, proclama a destruição do mundo e faz uma revelação. É a luta final entre Evolto e os humanos. Todos os Riders decidem lutar. A chave para a vitória está no painel branco, e então, Evolto começa a destruir o planeta. Inicia-se a luta pelo último Frasco. O destino deles é o topo da Torre onde Evolto e os Riders estão.

Usando o Blizzard Knuckle, que não devia ser usado, Kazumi vira Grease Blizzard. Aquilo significava o fim de Kazumi. As chamas restantes de seu coração ardem diante dos clones dos três guerreiros de Hokuto. Misora, a idol de Kazumi, presencia esses últimos momentos.

Sento e os outros souberam do fim de Sawatari Kazumi, o Kamen Rider Grease. Evolto aparece diante deles e enfim começa a batalha que decidirá o destino da Terra. Os Kamen Riders Build, Cross-Z e Rogue usam o Level Hazard, e lutam com tudo que têm contra Evolto. Mas Evolto recupera os 10 Frascos perdidos pretos e evolui para sua verdadeira forma. Então, são ditas as últimas palavras...

Sento funde a Caixa de Pandora ao Painel Branco (que continha os últimos 10 Frascos) e cria o "Mundo em que Evolto não existe". Depois, ele sela Evolto na fenda entre as dimensões. Mas Ryuuga, que tem os mesmos genes, desaparece na fenda enquanto luta com Evolto. Katsuragi Takumi chama Sento de dentro de suas memórias. "Ryuuga tem os genes de Evolto e deve perecer".