Em Nova York, Ash Lynx, um garoto de aparência perfeita e habilidades de luta extraordinárias, lidera uma gangue de rua aos 17 anos. Certa noite, um homem baleado por um subordinado menciona a Ash as palavras "Banana Fish". Essa expressão era frequentemente dita por Griffin, seu irmão que ficou com sequelas severas. Ao mesmo tempo, Ash conhece Eiji Okumura, um jovem japonês que veio como assistente de fotógrafo.

Skip e Eiji são sequestrados pela gangue de Frederick Arthur. Ao tentar salvá-los, Ash é capturado por Marvin, subordinado de Golzine, que se aliou a Arthur. Os três tentam fugir graças ao raciocínio rápido de Ash. No entanto, Shorter aparece e começa uma briga. Ash persegue Marvin, que está fugindo, mas ao entrar em um quarto, se depara com uma cena inesperada.

Ash é enviado para a prisão. O jornalista Max, que divide a cela com ele, foi encarregado de cuidar de Ash por Charlie, um detetive. Porém, o jovem e atraente Ash acaba sendo atacado por Garvey, um prisioneiro ligado a Golzine. No entanto, ao ser levado à enfermaria, Ash descobre que Max está investigando o "Banana Fish"...

Arthur aparece diante de Eiji, que havia ido à clínica médica de Meredith a pedido de Ash. Porém, ao ver Griffin sair da sala dos fundos da clínica, Abraham se confunde e atira em Griffin. Eiji presume que Abraham achou que Griffin falava sobre ele ao dizer "Banana Fish", mas Ibé insiste que Eiji volte ao Japão.

Com a ajuda de Jenkins, Ash é libertado. Ao descobrir que Griffin morreu, Ash decide ir até Golzine sozinho. Mas Eiji insiste que a morte de Griffin foi culpa dele, e decide acompanhá-lo, mesmo contra a vontade de Ash.

Na esperança de encontrar materiais e fotos sobre o "Banana Fish", Ash e seu grupo vão até Cape Cod, cidade natal de Ash. Ao chegar, seu pai Jim o trata com frieza. Eiji e Max perguntam a Jim por que está tratando Ash daquela maneira, mesmo tentando expulsá-lo de casa...

Ash e seu grupo seguem para Los Angeles com o endereço "102, 42 Westwood", fugindo dos homens de Golzine. Após visitarem a casa da ex-esposa de Max, Jessica, e do filho dele, Michael, eles seguem para o misterioso endereço. Lá, encontram uma mansão e ouvem um grito vindo de dentro!

Jessica e Michael são atacados. Ash e Max vão ajudá-los, enquanto Eiji, Shorter e Ibé aguardam seu retorno. Porém, Eiji é sequestrado por um plano de Yut Lung. Sentindo que algo está errado, Ash retorna à mansão...

Eiji e Shorter são levados à residência de Golzine, onde Shorter é contido pelos capangas de Golzine. Enquanto isso, Ash e Max também estão a caminho do local. No laboratório da mansão, Abraham se prepara para realizar um experimento misterioso.

Com a morte de Shorter, Ash fica devastado. Do lado de fora, Sing e Alex preparam cuidadosamente um plano de resgate para tirar Ash e Shorter da mansão de Golzine. Golzine parte, levando Arthur com ele. Yut Lung presencia a cena e percebe algo muito importante...

Ash e seus aliados escapam da mansão de Golzine. Golzine, furioso com o incêndio e com a fuga de Ash, está determinado a recuperá-lo. Enquanto isso, Ash retorna ao esconderijo e passa um tempo tranquilo com Eiji — mas logo parte para executar seu próximo plano...

Ash começa a eliminar os homens de Arthur, um a um — incluindo Wookie. Ele ordena que seus aliados expulsem de Manhattan as gangues que trabalham com Arthur, enquanto prepara o retorno de Eiji ao Japão.

Ash vai ao local combinado para enfrentar Arthur e encerrar tudo de uma vez. Eiji, deixado para trás, acorda e é orientado pelos aliados de Ash a voltar ao Japão. Porém, ao saber que Ash está enfrentando Arthur, ele desobedece e corre para encontrá-lo.

Ash está no hospital, em estado crítico após ser esfaqueado por Arthur. Max e Ibé, que esperavam Eiji no aeroporto, veem a notícia na TV e avisam Charlie imediatamente. Eiji, agora preso junto com membros de gangue, relembra as palavras de Ash...

Eiji ouve que Ash está morto, mas se recusa a acreditar. Ele faz Yut Lung de refém para escapar da mansão. Ao sair, tenta deixá-lo, mas Yut Lung diz que Eiji deveria se matar. Enquanto isso, Max, George e o capitão Jenkins vão ao Instituto Nacional de Saúde Mental, onde veem o corpo de Ash sendo autopsiado...

Ash rouba o crachá de um segurança e consegue fugir, levando Dawson com ele. Os guardas percebem, mas não conseguem impedi-los. Ao mesmo tempo, Max e Ibé se infiltram no Instituto Nacional de Saúde Mental disfarçados para resgatar Ash...

Ash foge do Instituto e vai ao esconderijo de Sing, onde reencontra Eiji. Sing descobre a verdade sobre a morte de Shorter e tenta contar aos outros, mas Ash o impede. O clima fica tenso. Enquanto isso, Hua-Lung chama Golzine para a mansão Lee, onde Yut Lung o aguarda...

Ash retorna do quarto de Kippard e Eiji passa a cuidar dele com alegria. Um dia, Ash sai com Max pela cidade e ouve sobre a morte de Holstock. Ele suspeita que Kippard e Holstock foram assassinados — e o responsável é alguém que Ash jamais imaginaria.

Ash cai nas mãos de Golzine após um acordo com Yut Lung. Eiji, desconfiado do envolvimento de Yut Lung, procura Sing para saber o que aconteceu. Enquanto isso, Yut Lung aborda Blanca, recém-contratado por Golzine, e tenta convencê-lo a trabalhar com ele.

Eiji descobre que Ash estará numa festa organizada por Golzine e vai até lá com Sing, Cain e Alex. Blanca acompanha Yut Lung à mesma festa. Ele se aproxima discretamente de Ash, que está temporariamente cego por causa de um remédio.

Ash e seus amigos escapam com sucesso de Golzine e Yut Lung. Sing, ferido, também consegue retornar, mas seus aliados foram feitos reféns por Yut Lung. Ash e Cain começam a traçar um plano de resgate. Enquanto isso, Yut Lung, com Yuen-Tai Lao ao seu lado, parece ter algo grande em mente...

Enquanto Max e os outros estão como reféns, Ash parte para enfrentar Foxx. Max e os demais são levados ao Instituto Nacional de Saúde Mental. Eiji e Sing vão resgatar Ash, com ajuda de Cain, enquanto Alex segue o carro que leva Max e os outros.

Eiji é baleado e levado ao hospital. Ash tenta acompanhá-lo, mas Blanca o impede. Blanca tenta cuidar dos ferimentos de Ash, que responde apontando uma arma para ele. Enquanto isso, Sing, sentindo-se culpado por seus homens terem atirado em Eiji e Ash, toma uma decisão importante...

Ash exige a libertação dos reféns em troca da vida de Golzine. No entanto, Foxx trai Golzine. Cain, Sing e Blanca agem rapidamente com Ash para salvar os reféns. Enquanto isso, Eiji, internado no hospital, decide finalmente voltar ao Japão — mas não consegue parar de pensar em Ash...