Rebecca Bluegarden visita o quase deserto planeta Granbell, onde ela conhece o único habitante humano, Shiki, que quer ser seu amigo.

No caminho para o Blue Garden, Rebecca incentiva Shiki a obter a licença de aventureiro e pede que ele seja o guarda-costas.

A famosa B-Cuber Labilia debocha do canal de Rebecca e Shiki perde a calma. Depois, ele obtém a licença oficial de aventureiro.

No planeta Norma, que está 50 anos no passado, Happy e Rebecca conhecem o jovem professor Wise, que há muito tempo salvou a vida de Happy.

Shiki e os amigos invadem um esconderijo para tentar resgatar Pino e Wise aproveita a confusão.

Shiki e a turma lutam para tirar Aqua Wing de Norma. Wise aparece de repente e se oferece para ajudar, mas ele quer algo em troca.

Depois de embarcar no navio pirata Skull Fairy, Shiki vai até a ponte para enfrentar Elsie Crimson.

Bruxa diz a Shiki que agora ele comanda a Edens Zero. Ela também explica que a nave ainda não retomou a potência total.

Shiki e os outros correm para resgatar Rebecca. Wise retorna para a Edens Zero junto com uma mulher chamada Homura.

Homura usa seus poderes para lutar contra os soldados da Irmã. Enquanto isso, Rebecca planeja sua fuga da Torre Illega.

O cronófago se aproxima do planeta Guilst. Ao ver a Irmã usar Jinn como escudo, Shiki se revolta. É então que surge outra Irmã!

Bruxa e a Irmã Ivry finalmente se reencontram, e Homura revela o verdadeiro motivo de sua presença na Edens Zero.

O grupo encontra Hermit em Iron Hill e deduz que ela está em um estado de hibernação anormal por causa de seu coração partido.

A tripulação entra no planeta virtual de Digitalis em busca de Hermit. Quando eles a encontram, ela se recusa a voltar para a Edens Zero.

Depois que Homura diz que vai se juntar a Drakken Joe, Shiki e a tripulação ficam chocados quando outra Homura aparece de repente.

Aranha invade o sistema da Edens Zero e começa a destruir a nave. Só Hermit pode detê-lo.

Para encontrar a quarta das Quatro Estrelas Cintilantes do Rei Demônio, Shiki e a tripulação vão a Mildian, o Planeta do Tempo.

No Coliseu de Batalha, Xiaomei aceita dar as informações que Shiki e a tripulação querem, mas só se eles derrotarem os próprios adversários.

Com as informações que Xiaomei conseguiu, a Edens Zero tem como destino o planeta da Joia do Sol, para que Homura reencontre sua mentora.

Shiki e Homura vão parar em um campo de trabalho, onde são obrigados a coletar um metal valioso para Madame Kurenai.

Nino leva Rebecca, Pino e Happy ao campo de trabalho. Lá, eles conhecem Paul, que diz ser discípulo de Valkyrie.

Quando Homura era criança e vivia em um planeta destruído pela guerra, Valkyrie a protegeu e a criou como se fosse sua filha.

Shiki e os outros confrontam Madame Kurenai. Homura fica arrasada ao ver Valkyrie. Drakken Joe invade o Olho Escarlate.

Baku é derrotado facilmente, graças ao traje do Arsenal de Wise. Enquanto Shiki enfrenta a Armadura de Cavaleiro, controlada pela Madame Kurenai, Rebecca luta com Nino.

Depois de enfrentar o Dragão Kurenai durante uma batalha, Shiki e os outros voltam para a Edens Zero e precisam compartilhar uma má notícia com a tripulação.

A nave Edens Zero passa a ser alvo de uma nave maior. Shiki e companhia decidem se infiltrar lá para descobrir o motivo.

Shiki e companhia entram dentro de Belial Goer. Neste momento, Edens Zero é atacada. Witch vai tomar conta dos intrusos, mas será que ela vai ser capaz de contê-los? Enquanto isso, Drakken Joe põe em prática um plano para capturar os tripulantes da Edens Zero, ao mesmo tempo que deixa seus guerreiros de elite, os Element Four, de prontidão para capturá-los.

Enquanto Weisz é atingido por uma bala, Rebecca tenta entregar o remédio. No entanto, a demora dela faz Shiki perceber algo errado.

Rebecca conseguiu voltar no tempo e alertar todos da ameaça de Drakken Joe, como forma de evitar a morte de Shiki. Agora a Edens Zero parte para o ataque. Mas logo se deparam com os Element Four. Nesse momento, as Quatro Estrelas Brilhantes ficam para trás para lutar contra ele, enquanto Shiki, Rebecca e companhia vão atrás de Drakken Joe.

Enquanto Shiki e seus amigos lutam em Foresta, Hermit chama ajuda de Weisz e explica sobre o vírus.

Rebecca está encurralada, mas usa essa oportunidade para descobrir mais sobre os poderes do Cat Leaper.

Weisz e Hermit lutam contra o Dr. Müller no satélite que orbita Foresta. Enquanto isso, no planeta, Shiki é atacado por Justice.

Shiki é salvo por uma máquina misteriosa que se deu o nome de Xenolith, o mestre de Ziggy. Enquanto isso, Weisz luta contra o Dr. Müller no espaço, que ativa um sistema que causará a destruição de Foresta. Kleene e Jinn retornam para Edens Zero ao mesmo tempo que a verdade sobre os experimentos de Müller vem a tona.

Enquanto Shiki e companhia tentam descobrir a verdade por trás de Xenolith, Poseidon Nero reúne seus subordinados mais poderosos, os Oceans 6.

Shiki e seus amigos treinam com Xenolith para ficarem mais fortes e continuarem sua jornada. Eles seguem juntando mais relíquias com o Ether da Mother. Enquanto isso, Poseidon Shura assume o lugar do pai e tem que tomar uma decisão do que fazer para conter Ziggy no Aoi Cosmos.

Depois da decisão de Poseidon Shura, filho de Nero, Shiki e seus amigos resolvem pensar em uma forma de contra-atacar. Laguna tem uma ideia que vai levar a Edens Zero para o deserto do Planeta Sandra.

A batalha no planeta Sandra se arrasta com Shiki e seus amigos ao lado dos rebeldes lutando contra o exército imperial. No entendo, o império tem uma arma para destruir com todo o planeta... Enquanto isso, o governo começa a rumar em direção a Nero 66. Com a chegada de uma maré alta, uma batalha entre várias frentes está prestes a começar.