Apesar da aparência fria e arrogante, Takara é um dos garotos mais populares da Fujimine High e costuma receber várias declarações das meninas ao seu redor, pelas quais demonstra pouco ou nenhum interesse. Um dia, Takara e Amagi — um colega com quem ele quase nunca interagiu — são designados para arrancar as ervas daninhas do campus. Durante a tarefa, Amagi acaba deixando escapar sua declaração para Takara, que, surpreendentemente, aceita sair com ele. No entanto, esse suposto relacionamento começa de forma turbulenta, já que a aparente falta de carinho e reconhecimento de Takara deixa Amagi triste e confuso.

Takara e Amagi finalmente se tornam namorados oficialmente. Amagi, que vinha saboreando a felicidade de poder estar sempre ao lado dele, acaba tendo um sonho provocante em que Takara toma a iniciativa, e fica tão envergonhado que passa a agir de forma estranha perto dele. Seu conselheiro, Katori, ainda diz que “sonhos são manifestações dos desejos”, o que deixa Amagi ainda mais consciente dos próprios sentimentos.

Diante do feriado de três dias que se aproxima, Amagi fica preocupado sem saber como aproveitá-lo. Então, Takara decide convidá-lo para passar a noite em sua casa, dando início à primeira experiência do casal dormindo junto! Agora que finalmente terão um tempo a sós, que coisas tímidas e bobas eles farão como casal?

Logo depois de passarem a primeira noite juntos, Takara e Amagi parecem estar mais seguros dos sentimentos que têm um pelo outro, e a interação entre os dois na escola também aumenta bastante. No entanto, certo dia, depois da aula, quando os dois estão voltando para casa juntos, Amagi de repente cai em lágrimas…

À medida que o relacionamento avança, Amagi se vê cada vez mais confuso sobre como deve se comportar ao lado de Takara. Quando começa a ficar inseguro por causa dessa pressão, Takara o convida para um passeio de um dia, e os dois aproveitam um encontro feliz e especial juntos. No entanto, durante o encontro, eles acabam vendo alguns colegas de classe por acaso e imediatamente se escondem. Será que esses pombinhos secretos um dia terão coragem de assumir o relacionamento em público?

Certo dia, Takara vê alguns colegas de classe flertando com Amagi, o que o deixa tomado pelo ciúme. Pouco depois, Takara começa a agir de forma fria e distante com Amagi, causando um pequeno mal-entendido entre os dois…

Enquanto Takara e Amagi estão completamente envolvidos no abraço um do outro, Tanaka acaba presenciando, por acaso, uma interação íntima entre os dois na sala de aula, o que o leva a desconfiar da relação deles.

Amagi sempre teve medo de que seu relacionamento com Takara acabasse impedindo Takara de fazer boas amizades. Será que essa insegurança pode acabar afetando a relação dos dois?