Num laboratório no dia do eclipse, pedras sagradas foram implantadas em dois meninos, Issamu Minami e Nobuhiko Akizuki. Décadas depois, o mundo está dividido em dois. Há quem queira eliminar os "kaijins" da sociedade e quem queira coexistir com eles. Há um homem que permaneceu recluso da sociedade, Issamu Minami. Uma jovem chamada Aoi Izumi está usando a ONU para apelar pelo fim da discriminação.

O primeiro-ministro Shinichi Dounami exerce seu poder, enquanto enche os bolsos com os kaijins, se aproveitando dos necessitados e das minorias. O Partido Gorgom, um partido político ligado a Dounami, envia um assassino até Issamu com a ordem de recuperar um Kingstone. Nobuhiko entra em ação, mas qual é o verdadeiro propósito dele?

Uma amizade fora do comum surge entre Aoi e Issamu após o ataque. Enquanto isso, Taurus consegue provas suficientes em vídeo de um homem procurado, Kawamoto, para derrubar o governo, mas não conta nada a Dounami. Em meio a tudo isso, Aoi participa de um confronto que se torna violento e caótico. Nobuhiko Akizuki aparece de repente, insistindo nos direitos dos kaijins e despertando-os para a ação.

Nobuhiko, junto com os kaijins que reuniu, tenta recuperar o antigo Partido Gorgom. Um velho amigo o visita e informa que o Kingstone está sob os cuidados de Aoi, então ele se encontra com Issamu... Enquanto isso, Aoi fica feliz em rever seu pai, Hideo Kawamoto. De repente, Aoi é perseguida implacavelmente por seu pai, que se transformara em um kaijin. Mas ela é salva por uma pessoa inesperada.

Issamu se lembra das palavras de Yukari sobre derrotar o "Grande Rei". Nobuhiko diz que Aoi está na cidade natal deles, onde há uma instalação que realiza experimentos nos kaijins, e que Taurus os espera. Aoi e a mãe foram capturadas. Issamu tenta resgatá-las, mas um "Louva-a-deus" atrapalha. Na batalha, ele descobre a verdade e seu ódio por Taurus aumenta, então Black Sun manifesta novos poderes.

"Quem será o próximo Grande Rei?" Os três sacerdotes realizam um ritual, mas são rejeitados pelo "Grande Rei". Ao mesmo tempo, há um ataque no Partido Gorgom. Danker entra em conflito com Issamu, mas, para proteger os "kaijins", ele implora pela sucessão do "Grande Rei". Aoi e seu amigo de infância, Shunsuke Komatsu, com quem Aoi se reuniu, libertam as pessoas capturadas e tentam escapar.

Issamu confronta o "Grande Rei" mais uma vez, enfrentando o passado abominável com o objetivo de resolvê-lo. Na frente do cadáver do rei, Nobuhiko é informado da verdade sobre Yukari. Enquanto isso, Aoi e Shunsuke conseguem escapar, apesar de sofrerem várias perdas. Porém, a caminho de casa, depois de se separar de Aoi, Shunsuke é cercado por um grupo de antikaijins...

Rino, que se preparou para a própria morte, confia a "Nomi" uma "chave", que ele a entrega a sua filha, Aoi. Aoi se reúne com Issamu depois que ele recupera a consciência, dizendo com um sorriso que protegeu o Kingstone. Nobuhiko, que alcançou um novo auge negando os métodos de Danker e clamando por mudanças nos Gorgom, vai com sua amada Road Sector de volta a sua cidade natal.

Nobuhiko, que alcançou o poder sobre os kaijins, notifica o primeiro-ministro Dounami que os humanos devem aceitá-lo e responder ao seu comando. Enquanto isso, na caverna marinha onde "Baleia" ainda está fornecendo tratamento, um milagre ocorre graças ao poder de Aoi, que se junta a eles. Issamu, que é regenerado por um milagre, pronuncia as palavras "Heat Heaven" com grande determinação.

Black Sun transcende o tempo e se lança ao céu. Acreditando em sua própria justiça e pelo bem do planeta, ele vai ao encontro de Shadow Moon para destroná-lo, travando uma batalha final que definirá o destino de ambos. Após uma batalha feroz, Nobuhiko confia o Kingstone a Issamu e retorna a Yukari. Mas, nos bastidores, uma sombra que estava observando tudo está à espreita de forma suspeita...