Joe Logan mora no subúrbio com sua esposa e filho. Uma noite a sua casa é atacada por uma gangue de ladrões. Joe acorda em um hospital onde é visitado pelos agentes Mike e Emma do FBI. Eles pedem sua ajuda na investigação.

Higan, ex-Joe Logan, interroga o chefe ninja em uma casa abandonada.

Yamaji responde as perguntas de um de seus tenentes chamado Lil.

O misterioso benfeitor avisa Higan que é impossível ele se infiltrar na cidade de AUZA sem qualquer ajuda. Enquanto isso, Mike e Emma saem do acidente com ferimentos leves e retomam a investigação sobre AUZA e os ninjas.

Continuando sua investigação sobre os ninjas, Mike usa informações de Emma para rastrear Jason. Ele tem uma vingança contra AUZA e concorda em ajudar a Mike rackeando um dos seus sites.

Aska resgata Higan dos escombros e trata seus ferimentos. Acontece que Aska é Emma, uma ninja que não só foi enviada para se infiltrar no escalão do FBI, mas também foi a misteriosa benfeitora que ajudou Higan.

Higan consegue se unir com Gusoku Gear, conhecido como "Kamui", e usa seu poder para derrotar a Lil. Ele envia a cabeça mutilada de Lil para a sede de AUZA como um aviso de sua intenção em acabar com a organização.

Joseph sonha em assumir o controle total da infraestrutura energética do país e tem usado a organização ninja de Yamaji como o seu exército privado.

Joseph e Yamaji sofrem um desgaste. O sempre impaciente Joseph está ficando cada vez mais frustrado depois de sofrer vários acidentes nas instalações de AUZA, deixando os funcionários do governo com medo em cooperar com ele.

Mike e Jason querem divulgar ao público os dados ultrassecretos que hackearam de AUZA, mas descobrem que não podem porque o HD externo de Emma está codificado.

Joseph envia os seus mercenários para atacar o esconderijo ninja após cortar vínculos com Yamaji. No entanto, Yamaji já esperava isso e contra-ataca enviando seus ninjas para assumir o controle do quartel-general de AUZA.

Dilly segue suas ordens e protege Joseph, optando por lutar contra Yamaji. Higan tem um visitante surpresa que implora sinceramente para que ele acabe com as trágicas contradições do clã ninja que permaneceu preso pela história.

Higan e Yamaji se envolvem em uma batalha final, na qual Zai também participa. Mike segue seu instinto e o rastreia. Porém, após ser encurralado, Joseph aperta o botão para explodir os reatores de AUZA.