Dois anos após um incidente alterar todo o planeta, Shizuru ainda não desistiu de encontrar sua amiga, Yoka, com quem ela se desentendeu antes do mundo mudar. Ao encontrar uma pista sobre o paradeiro de Yoka, Shizuru toma uma importante decisão.

O trem que leva Shizuru e suas amigas parte da Estação Agano. Através da janela, elas observam paisagem, os trilhos que conectam as cidades que mudaram e seguem rumo a Ikebukuro. Então, uma misteriosa pessoa aparece vindo de longe...

O grupo chega em Higashi-Agano, a primeira estação depois que saíram de Agano. Lá, elas são recebidas com uma grande hospitalidade de seus moradores, que parecem viver tranquilamente, apesar de terem cogumelos na cabeça. Akira, no entanto, sente que algo está errado.

Após escapar do ataque do povo cogumelo de Higashi-Agano, o grupo segue sua jornada em direção a Ikebukuro. Akira continua escondendo que um cogumelo está nascendo nela, mas suas amigas começam a desconfiar que algo está estranho.

Shizuru e Reimi são capturadas por pequenos soldados no Parque Inariyama. Com a vida de Akira em jogo, as meninas lutam contra o tempo e tentam convencer uma moradora local a libertá-las.

Após Pochi passar mal e o grupo se incomodar com a insensibilidade de Shizuru, Nadeshiko confronta a amiga e pergunta o que aconteceu entre ela e Yoka. Shizuru relembra sua última conversa com Yoka, embora ainda não entenda o que a possa ter incomodado.

Shizuru foi capturada por Kuroki, a rainha dos zumbis. Akira usa conhecimentos comuns de zumbis para ir ao resgate de Shizuru com suas amigas. Porém, será que os zumbis do 7G são os mesmos que elas viram nos filmes?!

Seguindo sua jornada até Ikebukuro, o grupo faz uma parada em Oizumi-gakuen, que se transformou na "Terra de NeriAli". Animadas para visitar o mundo do seu querido anime, as meninas logo percebem que algo está diferente ao chegar lá.

Continuando sua jornada, o grupo encontra o eremita do barco de cisne mais uma vez. Em Ikebukuro, Pontaro procura ter total controle sobre Yoka.

Faltando duas paradas até Ikebukuro, Shizuru e suas amigas encontram um grupo de animais estranhos de Agano no caminho, sendo um deles o pai de Shizuru. Entretanto, a aparência desses animais está um tanto diferente...

O Apogeu finalmente chega em Ikebukuro. Pochi-san logo sente o cheiro de Yoka, permitindo que o grupo se encontre com a amiga. Porém, elas logo percebem a diferença em Yoka...

Yoka é sequestrada por Pontaro e, sem pensar duas vezes, Shizuru e suas amigas vão ao resgate da amiga. É tudo ou nada para Shizuru fazer as pazes com Yoka e resolver suas questões do passado.