Kadode tem uma vida que a deixa frustrada. Sua relação com os pais não é das melhores, mas as coisas pioram ainda mais com o aparecimento de um objeto voador não identificado que afeta a vida dos japoneses.

Oran e suas amigas tentam ter uma vida comum como estudantes, pensando em namoro e no futuro, enquanto uma nave de origem desconhecida paira nos céus de Tóquio por três anos até então.

Apesar da presença de OVNIs na cidade, as pessoas já se acostumaram e esboçam levar uma vida comum. Mas nem todo mundo está tão tranquilo.

Tudo no mundo parece normal, mas não está. A vida das pessoas pode mudar de repente por culpa da presença da nave-mãe que flutua no céu de Tóquio e de seus possíveis tripulantes.

Kadode sofria com bullying na escola e Oran não aceitava isso. Mas ela não tinha a coragem para enfrentar os colegas da turma e sofre com isso.

Kadode se esforça para fazer bom uso de um certo poder que conseguiu, para tornar o mundo um lugar bem melhor.

Motode Ai é uma garota que também sofreu com o incidente chamado de 31/8. Seu sofrimento aumentou com a perda de uma amiga, mas ela ainda consegue ser positiva no meio de tanto caos.

Kadode e Oran já estão prestes a terminar o ensino médio e seguir com seus próximos passos na vida, seja indo para a faculdade ou começando a trabalhar. Mas esse futuro está longe de ser garantido.

Oran agora está na universidade e precisa descobrir o que deseja fazer de agora em diante. Com isso, ela conhece novas pessoas, além de novas situações...

A situação dos invasores está cada vez pior, eles sendo tratados como pestes a serem eliminadas. Mas algo está para acontecer e mudar muita coisa.

Enquanto o Governo Japonês se empenha para arranjar um modo de se livrar dos chamados "invasores", um grupo tenta se levantar contra a violência e pede pela coexistência entre humanos e os estranhos visitantes extraterrestres.

A caça aos chamados invasores continua intensificada, causando muita indignação nos pequenos extraterrestres. Apesar da ira contra os humanos, eles não serão os culpados por uma possível tragédia que logo poderá acontecer.

O invasor dentro do garoto chamado Oba conta segredos do passado de Oran e revela sua preocupação pelo que ela poderá fazer se recuperar certas memórias que deveriam estar perdidas.

A nave-mãe já começou a se despedaçar e ameaça as pessoas que estão abaixo dela. O governo descobre traições e o caos já está tomando grandes proporções.

Está cada vez mais evidente que a nave-mãe se tornou uma grande ameaça para os habitantes de Tóquio, mas poucos sabem que o mundo inteiro está em perigo.

Oran está conformada de que Oba tem seu caminho a seguir, mas não imagina que ele pode ter a esperança da sobrevivência da humanidade em suas mãos.

O mundo está desmoronando aos poucos e um sobrevivente improvável pode ser a esperança de um mundo melhor.