Um homem que caiu no deserto não tem memória. Ele se chama Daisuke e se dá bem com Koji Kabuto, que o pegou. À medida que forças não identificadas atacam a Terra, um robô gigante chamado Grendizer aparece.

Duke derrota as Forças Aliadas de Vega, mas perde os sentidos e voa para longe, pousando na Ilha Ookami. Koji o segue e lá eles conhecem Hikaru, a sacerdotisa do santuário da ilha. Logo em seguida Koji descobre que Kasado, seu arqui-inimigo, está atacando a Terra.

A raiva de Duke aumenta contra o desprezível Kasado. Ele quase faz com que Grendizer fique fora de controle, mas se lembra de sua promessa a Koji e para. Duke, que se arrepende de ter pilotado novamente, é cercado por gritos de gratidão.

O reencontro com a amiga de infância Naida traz um breve momento de paz para Duke. No entanto, ela se aproximou de Duke como uma inimiga de seu irmão Sirius. A lâmina do amor e do ódio está se aproximando.

A irmã de Duke, Maria, veio à Terra atrás de seu irmão. No entanto, Maria olha para o inexplorado planeta Terra com arrogância. Enquanto isso, o Exército de Vega se prepara para atacar novamente.

Teronna, uma Cavaleira Starker que pode ser considerada a melhor amiga de Duke, desembarcou na Terra. Diferentemente do Exército de Vega, Teronna oferece um jogo justo, mas ela condena Duke como um criminoso planetário.

A investigação das ruínas superantigas na Ilha Ookami está progredindo e seu relacionamento com Grendizer está prestes a ser revelado. Enquanto isso, Zuril, o secretário da ciência assume o Vega Star e apresenta uma nova arma que será seu trunfo na conquista de Grendizer. Grendizer é arrastado para um campo de batalha inesperado e passa por dificuldades. Naquela hora, uma sombra misteriosa se aproxima.

Duke recebe uma mensagem da Besta Disco e se reúne com Rubina, que desceu à Terra. Duke começa a contar a verdade sobre a tragédia no planeta Fleed.

O Laboratório de Energia Fóton é finalmente atacado diretamente pelas Forças Aliadas de Vega. Ele é invadido por uma unidade de combate corpo a corpo liderada por Blacky, e o lugar se torna um campo de batalha. Duke, que foi preso por suspeita de ser um espião, é salvo por Umon.

Koji e os outros ativam o novo Mazinger e finalmente começam um contra-ataque. Por outro lado, um homem mascarado mirando em Duke estava esperando por ele na Wolf Island. Duke e Teronna fazem uma trégua temporária para contra-atacar.

Berlim foi destruída pelo Super Canhão de Curva Vega. A malícia está se espalhando na Terra, e Duke está sendo caçado. Para impedir mais conflitos, Rubina e Duke se encontram secretamente.

Koji e seus amigos pedem a ajuda de Hikaru para destruir o Super Canhão de Curva Vega e partir para o espaço. A Vega Star envia a mais forte besta Vega para revidar. Duke se reúne com Rubina e Teronna, e os três compartilham seus sentimentos na lua.

Flores vermelhas foram espalhadas. Duke, que foi engolido pela raiva, mais uma vez faz o Grendizer enlouquecer. Se não matarem Duke, o Grendizer não vai parar? A hora de Koji fazer uma escolha está se aproximando.